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- EMDB-7075: Xenopus Tropicalis TRPV4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7075
タイトルXenopus Tropicalis TRPV4
マップデータTransient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
試料
  • 細胞器官・細胞要素: TRPV4
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
キーワードIon Channel / TRP channel / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


TRP channels / plasma membrane => GO:0005886 / osmosensory signaling pathway / monoatomic ion channel activity / calcium ion import across plasma membrane / actin filament organization / calcium channel activity / cilium
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3447 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Domain of unknown function DUF3447 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Deng Z / Hite RK
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS099341-01A1 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
American Heart Association17SDG33400229 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM and X-ray structures of TRPV4 reveal insight into ion permeation and gating mechanisms.
著者: Zengqin Deng / Navid Paknejad / Grigory Maksaev / Monica Sala-Rabanal / Colin G Nichols / Richard K Hite / Peng Yuan /
要旨: The transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 participates in multiple biological processes, and numerous TRPV4 mutations underlie several distinct and devastating diseases. Here we present ...The transient receptor potential (TRP) channel TRPV4 participates in multiple biological processes, and numerous TRPV4 mutations underlie several distinct and devastating diseases. Here we present the cryo-EM structure of Xenopus tropicalis TRPV4 at 3.8-Å resolution. The ion-conduction pore contains an intracellular gate formed by the inner helices, but lacks any extracellular gate in the selectivity filter, as observed in other TRPV channels. Anomalous X-ray diffraction analyses identify a single ion-binding site in the selectivity filter, thus explaining TRPV4 nonselectivity. Structural comparisons with other TRP channels and distantly related voltage-gated cation channels reveal an unprecedented, unique packing interface between the voltage-sensor-like domain and the pore domain, suggesting distinct gating mechanisms. Moreover, our structure begins to provide mechanistic insights to the large set of pathogenic mutations, offering potential opportunities for drug development.
履歴
登録2017年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月8日-
マップ公開2018年2月28日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bbj
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7075.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-6.70362 - 13.688321999999999
平均 (標準偏差)0.036700796 (±0.4561089)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.528 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0881.0881.088
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z278.528278.528278.528
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-6.70413.6880.037

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRPV4

全体名称: TRPV4
要素
  • 細胞器官・細胞要素: TRPV4
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4

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超分子 #1: TRPV4

超分子名称: TRPV4 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Xenopis tropicalis TRPV4 purified in DDM and lipids
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4

分子名称: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
分子量理論値: 99.087852 KDa
組換発現生物種: Pichia (菌類)
配列文字列: MADPSHLLKH NASVDIDDSQ GDDGSNHNDS FPLSSLANLF ENEESSAPNE GVRSPQVPGD NKQNLRIRFQ GPFRKGISNP MDLLESTIY ESSAPKKAPM DSLFGYETYH HHPTENRRKR KKILLEKENL NSQAPSPDPP PVIKMFNRHM LFDIVSRGST A ELEGFLPF ...文字列:
MADPSHLLKH NASVDIDDSQ GDDGSNHNDS FPLSSLANLF ENEESSAPNE GVRSPQVPGD NKQNLRIRFQ GPFRKGISNP MDLLESTIY ESSAPKKAPM DSLFGYETYH HHPTENRRKR KKILLEKENL NSQAPSPDPP PVIKMFNRHM LFDIVSRGST A ELEGFLPF LLAQKKRLTD EEFREASTGK TCLTKALMNL NGGKNDTIPM LIDIAEKTGN LREFINSPFR DVYYRGQTAL HI AIERRCK HYVELLVEKG ADVHAQARGR FFQPKDEGGY FYFGELPLSL AACTNQPDIV HYLTENAHKK ADIRRQDSRG NTV LHALVA IADNTRENTK FVTKVYDLLV IKCVKLYPDS SLEAIFNNDS MSPLMMAAKL GKIGIFQHII RLEIKDEEAR HLSR KFRDW AYGPVYSSLY DLSMLDTCGE EVSVLEILVY NSKVENRHEM LAVEPINELL RDKWQKFGAV SFYISVVSYL IAMII FTLI AYYRPMDGTP PYPYRTTMDY MRLAGEIVTL LTGVVFFITN IKDLFMKKCP GVNSLFIDGS FQLLYFIYSV LVIITA VLY LVGIESYLAV MVFALVLGWM NALYFTRGLK LTGTYSIMLQ KILFKDLFRF LLVYLLFMIG YASALVSLLN PCTSQES CI ETSSNCTVPE YPSCRDSSTF SKFLLDLFKL TIGMGDLEMI NSAKYPAVFI ILLVTYIILT FVLLLNMLIA LMGETVGQ V SKESKQIWKL QWATTILDIE RSFPVCMRKA FRSGEMVTVG KNLDGTPDRR WCFRVDEVNW SHWNQNLGII NEDPGRNDG YQYYGFSQTV GRLRRDRWSV VVPRVVELNK APQHSDDVVV PLGNIPQVQT YSQRQENAQN WKKDETHI

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris, pH 8.0
150.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 mMDTT
1.0 mMdodecyl maltoside
0.06 mg/ml1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-Phosphocholine
0.02 mg/ml-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-Phosphoethanolamine
0.02 mg/ml1-Palmitoyl-2-Oleoyl-sn-Glycero-3-Phospho-1-rac-glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2 second blot time.
詳細TRPV4 in DDM and lipids

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1604 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 85253
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model generated in cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: Refined using Frealign with reference map low-pass filtered to 6 Angstroms
使用した粒子像数: 72684
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 17000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: FSC
得られたモデル

PDB-6bbj:
Xenopus Tropicalis TRPV4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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