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- EMDB-70678: Herpes simplex virus type 1 (HSV-1) A-capsid pUL6 portal protein,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70678
タイトルHerpes simplex virus type 1 (HSV-1) A-capsid pUL6 portal protein, dodecameric complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Dodecameric complex of pUL6 with bound loops from scaffolding protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid scaffolding protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid portal protein
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / chromosome organization / virion component / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus portal protein / Herpesvirus UL6 like / Peptidase S21 / Herpesvirus protease superfamily / Assemblin (Peptidase family S21)
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid portal protein / Capsid scaffolding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Crofut EH / Kashyap S / Stevens A / Jih J / Liu Y-T / Zhou ZH
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R01DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI151055 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)5T32AR071307 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM145388 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR23057 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a new capsid form and comparison with A-, B- and C-capsids clarify herpesvirus assembly
著者: Stevens A / Kashyap S / Crofut EH / Alvarez-Cabrera AL / Jih J / Liu Y-T / Zhou ZH
履歴
登録2025年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70678.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å		1.1 Å/pix.
x 480 pix.
= 528. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.228
最小 - 最大-1.5983729 - 2.326426
平均 (標準偏差)0.0041399496 (±0.057024702)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 528.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70678_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70678_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70678_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dodecameric complex of pUL6 with bound loops from scaffolding protein

全体名称: Dodecameric complex of pUL6 with bound loops from scaffolding protein
要素
  • 複合体: Dodecameric complex of pUL6 with bound loops from scaffolding protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid scaffolding protein
    • タンパク質・ペプチド: Capsid portal protein

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超分子 #1: Dodecameric complex of pUL6 with bound loops from scaffolding protein

超分子名称: Dodecameric complex of pUL6 with bound loops from scaffolding protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Capsid scaffolding protein

分子名称: Capsid scaffolding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 66.501609 KDa
配列文字列: MAADAPGDRM EEPLPDRAVP IYVAGFLALY DSGDSGELAL DPDTVRAALP PDNPLPINVD HRAGCEVGRV LAVVDDPRGP FFVGLIACV QLERVLETAA SAAIFERRGP PLSREERLLY LITNYLPSVS LATKRLGGEA HPDRTLFAHV ALCAIGRRLG T IVTYDTGL ...文字列:
MAADAPGDRM EEPLPDRAVP IYVAGFLALY DSGDSGELAL DPDTVRAALP PDNPLPINVD HRAGCEVGRV LAVVDDPRGP FFVGLIACV QLERVLETAA SAAIFERRGP PLSREERLLY LITNYLPSVS LATKRLGGEA HPDRTLFAHV ALCAIGRRLG T IVTYDTGL DAAIAPFRHL SPASREGARR LAAEAEIALS GRTWAPGVEA LTHTLLSTAV NNMMLRDRWS LVAERRRQAG IA GHTYLQA SEKFKMWGAE PVSAPARGYK NGAPESTDIP PGSIAAAPQG DRCPIVRQRG VALSPVLPPM NPVPTSGTPA PAP PGDGSY LWIPASHYNQ LVAGHAAPQP QPHSAFGFPA AAGAVAYGPH GAGLSQHYPP HVAHQYPGVL FSGPSPLEAQ IAAL VGAIA ADRQAGGQPA AGDPGVRGSG KRRRYEAGPS ESYCDQDEPD ADYPYYPGEA RGGPRGVDSR RAARQSPGTN ETITA LMGA VTSLQQELAH MRARTSAPYG MYTPVAHYRP QVGEPEPTTT HPALCPPEAV YRPPPHSAPY GPPQGPASHA PTPPYA PAA CPPGPPPPPC PSTQTRAPLP TEPAFPPAAT GSQPEASNAE AGALVNASSA AHVDVDTARA ADLFVSQMMG AR

UniProtKB: Capsid scaffolding protein

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分子 #2: Capsid portal protein

分子名称: Capsid portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 74.178523 KDa
配列文字列: MTAPRSWAPT TRARGDTEAL CSPEDGWVKV HPTPGTMLFR EILHGQLGYT EGQGVYNVVR SSEATTRQLQ AAIFHALLNA TTYRDLEAD WLGHVAARGL QPQRLVRRYR NAREADIAGV AERVFDTWRN TLRTTLLDFA HGLVACFAPG GPSGPSSFPK Y IDWLTCLG ...文字列:
MTAPRSWAPT TRARGDTEAL CSPEDGWVKV HPTPGTMLFR EILHGQLGYT EGQGVYNVVR SSEATTRQLQ AAIFHALLNA TTYRDLEAD WLGHVAARGL QPQRLVRRYR NAREADIAGV AERVFDTWRN TLRTTLLDFA HGLVACFAPG GPSGPSSFPK Y IDWLTCLG LVPILRKRQE GGVTQGLRAF LKQHPLTRQL ATVAEAAERA GPGFFELALA FDSTRVADYD RVYIYYNHRR GD WLVRDPI SGQRGECLVL WPPLWTGDRL VFDSPVQRLF PEIVACHSLR EHAHVCRLRN TASVKVLLGR KSDSERGVAG AAR VVNKVL GEDDETKAGS AASRLVRLII NMKGMRHVGD INDTVRSYLD EAGGHLIDAP AVDGTLPGFG KGGNSRGSAG QDQG GRAPQ LRQAFRTAVV NNINGVLEGY INNLFGTIER LRETNAGLAT QLQERDRELR RATAGALERQ QRAADLAAES VTGGC GSRP AGADLLRADY DIIDVSKSMD DDTYVANSFQ HPYIPSYAQD LERLSRLWEH ELVRCFKILC HRNNQGQETS ISYSSG AIA AFVAPYFESV LRAPRVGAPI TGSDVILGEE ELWDAVFKKT RLQTYLTDIA ALFVADVQHA ALPPPPSPVG ADFRPGA SP RGRSRSRSPG RTAPGAPDQG GGIGHRDGRR DGRR

UniProtKB: Capsid portal protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 363576
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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