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- EMDB-70657: Influenza A Virus Group 2 Hemagglutinin (H7, Strain SH13) in Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70657
タイトルInfluenza A Virus Group 2 Hemagglutinin (H7, Strain SH13) in Complex with the Potent Small-Molecule Entry Inhibitor SA-67
マップデータEM map for model building and refinement
試料
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (4R)-N-cyclohexyl-2-(4-fluorophenyl)imidazo[1,2-a]pyrimidin-3-amine
キーワードInfluenza A Virus / Hemagglutinin / Complex / Small-Molecule Inhibitor / Entry / SA-67 / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Xu Y / Xu K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Mechanistic insights into the small-molecule inhibition of influenza A virus entry.
著者: Yan Xu / Varada Anirudhan / Irina N Gaisina / Haijuan Du / Saad Alqarni / Terry W Moore / Michael Caffrey / Balaji Manicassamy / Tongqing Zhou / Lijun Rong / Kai Xu /
要旨: Influenza A virus (IAV) is a zoonotic pathogen responsible for seasonal and pandemic flu. The extensive genetic and antigenic diversity within and between IAV phylogenetic groups presents major ...Influenza A virus (IAV) is a zoonotic pathogen responsible for seasonal and pandemic flu. The extensive genetic and antigenic diversity within and between IAV phylogenetic groups presents major challenges for developing universal vaccines and broad-spectrum antiviral therapies. Current interventions provide limited protection due to the virus's high mutation rate and capacity for immune evasion. Recent advancements in viral hemagglutinin (HA)-targeting small-molecule entry inhibitors offer a promising avenue to overcome these limitations. Here, we present structural and functional analyses of two group 2 HA-specific small-molecule inhibitors recently identified by our team. Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures revealed that these inhibitors bind a conserved pocket within the HA stalk, likely interfering with the conformational rearrangements necessary for membrane fusion and viral entry. Structure-guided mutagenesis confirmed the critical roles of key interacting residues and uncovered distinct resistance profiles between the two compounds, as well as in comparison to Arbidol, a previously reported HA inhibitor. Notably, our structural analysis highlights intrinsic barriers to achieving cross-group inhibition with current small-molecule designs. To address this, we propose an alternative strategy for broadening antiviral coverage. Together, these findings provide mechanistic insights into IAV entry inhibition and a foundation for the rational design of next-generation anti-influenza therapeutics.
履歴
登録2025年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70657.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70657.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map for model building and refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 323.64 Å		0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 323.64 Å		0.9 Å/pix.
x 360 pix.
= 323.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.899 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.2956314 - 0.66462237
平均 (標準偏差)0.0003084206 (±0.014581223)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 323.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70657_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_70657_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_70657_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus

全体名称: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
要素
  • ウイルス: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (4R)-N-cyclohexyl-2-(4-fluorophenyl)imidazo[1,2-a]pyrimidin-3-amine

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超分子 #1: Influenza A virus

超分子名称: Influenza A virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 11320 / 生物種: Influenza A virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Hemagglutinin HA1

分子名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 36.526305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNTQILVFAL IAIIPTNADK ICLGHHAVSN GTKVNTLCER GVEVVNATET VERTNIPRIC SKGKRTVDLG QCGLLGTITG PPQCDQFLE FSADLIIERR EGSDVCYPGK FVNEEALRQI LRESGGIDKE AMGFTYSGIR TNGATSSCRR SGSSFYAEMK W LLSNTDNA ...文字列:
MNTQILVFAL IAIIPTNADK ICLGHHAVSN GTKVNTLCER GVEVVNATET VERTNIPRIC SKGKRTVDLG QCGLLGTITG PPQCDQFLE FSADLIIERR EGSDVCYPGK FVNEEALRQI LRESGGIDKE AMGFTYSGIR TNGATSSCRR SGSSFYAEMK W LLSNTDNA AFPQMTKSYK NTRKNPALIV WGIHHSGSTA EQTKLYGSGN KLVTVGSSNY QQSFVPSPGA RTQVNGQSGR ID FHWLMLN PNDTVTFSFN GAFIAPDRAS FLRGKSMGIQ SGVQVDADCE GDCYYSGGTI ISNLPFQNID SRAVGKCPRY VKQ RSLLLA TGMKNVPEI

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 19.850803 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GLFGAIAGFI ENGWEGLIDG WYGFRHQNAQ GEGTAADYKS TQSAIDCITG KLNRLIEKTN QQFELIDNEF TEVEKQIGNV INWTRDSIT EVWSYNAELL VAMENQHTID LADSEMDKLY ERVKRQLREN AEEDGTGCFE IFHKCDDDCM ASIRNNTYDH S KYREEAMQ NRIQ

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: (4R)-N-cyclohexyl-2-(4-fluorophenyl)imidazo[1,2-a]pyrimidin-3-amine

分子名称: (4R)-N-cyclohexyl-2-(4-fluorophenyl)imidazo[1,2-a]pyrimidin-3-amine
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: A1CC2
分子量理論値: 310.369 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 5mM HEPES buffer pH7.2, 150nM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 273 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細1mg/ml in HBS buffer, purfied from HEK293 recombinant expression and purified with NiNTA resin via Hisx6 tag

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6403039
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 155278
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 3

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8tnl


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: complete model of PDB 8TNL
精密化プロトコル: OTHER / 温度因子: 112
得られたモデル

PDB-9onz:
Influenza A Virus Group 2 Hemagglutinin (H7, Strain SH13) in Complex with the Potent Small-Molecule Entry Inhibitor SA-67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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