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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7057 | |||||||||
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タイトル | Dimer of full length ARC6 | |||||||||
![]() | Stromal portion of ARC6 | |||||||||
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![]() | ARC6 / plastid / chloroplast / FtsZ / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.5 Å | |||||||||
![]() | Sung MW | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The chloroplast division protein ARC6 acts to inhibit disassembly of GDP-bound FtsZ2. 著者: Min Woo Sung / Rahamthulla Shaik / Allan D TerBush / Katherine W Osteryoung / Stanislav Vitha / Andreas Holzenburg / ![]() 要旨: Chloroplasts host photosynthesis and fulfill other metabolic functions that are essential to plant life. They have to divide by binary fission to maintain their numbers throughout cycles of cell ...Chloroplasts host photosynthesis and fulfill other metabolic functions that are essential to plant life. They have to divide by binary fission to maintain their numbers throughout cycles of cell division. Chloroplast division is achieved by a complex ring-shaped division machinery located on both the inner (stromal) and the outer (cytosolic) side of the chloroplast envelope. The inner division ring (termed the Z ring) is formed by the assembly of tubulin-like FtsZ1 and FtsZ2 proteins. ARC6 is a key chloroplast division protein that interacts with the Z ring. ARC6 spans the inner envelope membrane, is known to stabilize or maintain the Z ring, and anchors the Z ring to the inner membrane through interaction with FtsZ2. The underlying mechanism of Z ring stabilization is not well-understood. Here, biochemical and structural characterization of ARC6 was conducted using light scattering, sedimentation, and light and transmission EM. The recombinant protein was purified as a dimer. The results indicated that a truncated form of ARC6 (tARC6), representing the stromal portion of ARC6, affects FtsZ2 assembly without forming higher-order structures and exerts its effect via FtsZ2 dynamics. tARC6 prevented GDP-induced FtsZ2 disassembly and caused a significant net increase in FtsZ2 assembly when GDP was present. Single particle analysis and 3D reconstruction were performed to elucidate the structural basis of ARC6 activity. Together, the data reveal that a dimeric form of tARC6 binds to FtsZ2 filaments and does not increase FtsZ polymerization rates but rather inhibits GDP-associated FtsZ2 disassembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 166.1 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.9 KB 9.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 37.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 398.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 398.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Stromal portion of ARC6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : full length ARC6
全体 | 名称: full length ARC6 |
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要素 |
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-超分子 #1: full length ARC6
超分子 | 名称: full length ARC6 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: fullARC6
分子 | 名称: fullARC6 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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配列 | 文字列: D F Y Q V L G A Q T H F L T D G I R R A F E A R V S K P P Q F G F S D D A L I S R R Q I L Q A A C E T L S N P R S R R E Y N E G L L D D E E A T V I T D V P W D K V P G A L ...文字列: D F Y Q V L G A Q T H F L T D G I R R A F E A R V S K P P Q F G F S D D A L I S R R Q I L Q A A C E T L S N P R S R R E Y N E G L L D D E E A T V I T D V P W D K V P G A L C V L Q E G G E T E I V L R V G E A L L K E R L P K S F K Q D V V L V M A L A F L D V S R D A M A L D P P D F I T G Y E F V E E A L K L L Q E E G A S S L A P D L R A Q I D E T L E E I T P R Y V L E L L G L P L G D D Y A A K R L N G L S G V R N I L W S V G G G G A S A L V G G L T R E K F M N E A F L R M T A A E Q V D L F V A T P S N I P A E S F E V Y E V A L A L V A Q A F I G K K P H L L Q D A D K Q F Q Q L Q Q A K V M A M E I P A M L Y D T R N N W E I D F G L E R G L C A L L I G K V D E C R M W L G L D S E D S Q Y R N P A I V E F V L E N S N R D D N D D L P G L C K L L E T W L A G V V F P R F R D T K D K K F K L G D Y Y D D P M V L S Y L E R V E V V Q G S P L A A A A A M A R I G A E H V K A S A M Q A L Q K V F P S R Y T D R N S A E P K D V Q E T V F S V D P V G N N V G R D G E P G V F I A E A V R P S E N F E T N D Y A I R A G V S E S S V D E T T V E M S V A D M L K E A S V K I L A A G V A I G L I S L F S Q K Y F L K S S S S F Q R K D M V S S M E S D V A T I G S V R A D D S E A L P R M D A R T A E N I V S K W Q K I K S L A F G P D H R I E M L P E V L D G R M L K I W T D R A A E T A Q L G L V Y D Y T L L K L S V D S V T V S A D G T R A L V E A T L E E S A C L S D L V H P E N N A T D V R T Y T T R Y E V F W S K S G W K I T E G S V L A S |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.07 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% Uranyl Acetate |
グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EX |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: SIA 15C (3k x 3k) / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: reference free class averages |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 1.9) / 使用した粒子像数: 4215 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |