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万見
- EMDB-70549: Cryo-landed and laser rehydrated beta-galactosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70549
タイトルCryo-landed and laser rehydrated beta-galactosidase
マップデータUnsharpened map of beta-galactosidase laser rehydrated within laser spots.
試料
  • 複合体: Cryo-landed and laser rehydrated Beta Galactosidase
    • タンパク質・ペプチド: Beta Galactosidase
キーワードComplex / Protein / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Mertz KL / Jordahl D / Hemme CA / Probasco MD / Forbes DS / Ducos PL / Salome AZ / Quarmby ST / Grant T / Coon JJ
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118110 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM135066 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2137424 米国
引用ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2025
タイトル: Laser-Induced Rehydration of Cryo-Landed Proteins Restores Native Structure.
著者: Keaton L Mertz / Drew Jordahl / Colin A Hemme / Mitchell D Probasco / Dylan S Forbes / Peter L Ducos / Austin Z Salome / Michael S Westphall / Scott T Quarmby / Timothy Grant / Joshua J Coon /
要旨: The use of native mass spectrometry (MS) to land biological molecules for subsequent cryogenic electron microscopy (cryoEM) imaging and three-dimensional reconstruction has gained momentum in recent ...The use of native mass spectrometry (MS) to land biological molecules for subsequent cryogenic electron microscopy (cryoEM) imaging and three-dimensional reconstruction has gained momentum in recent years as a means to overcome long-standing challenges posed by traditional cryoEM sample preparation. However, recent results obtained with this approach have been constrained by low resolution and the compaction of cryo-landed particles, likely due to dehydration during exposure to vacuum. Here, we describe a new sample preparation method that uses a laser integrated into a cryogenic soft-landing apparatus to liquefy precisely deposited amorphous ice, rehydrating particles, and restoring their solution structure prior to rapid revitrification via the thermal mass of the grid. With this technique, we demonstrate the reconstruction of cryo-landed, rehydrated, and revitrified β-galactosidase that is comparable in resolution to that achieved with plunge freezing. Furthermore, these particles are not compacted, matching the known structure and conformation obtained with traditionally plunge-frozen particles. These results establish the viability of coupling native MS with cryoEM for high-resolution structural determination without the limitations imposed by conventional sample preparation, and they open a path to solving previously inaccessible molecules and to integrating MS capabilities such as gas-phase purification to complex samples such as cell lysates.
履歴
登録2025年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70549.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map of beta-galactosidase laser rehydrated within laser spots.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.95 Å/pix.
x 288 pix.
= 560.16 Å		1.95 Å/pix.
x 288 pix.
= 560.16 Å		1.95 Å/pix.
x 288 pix.
= 560.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.945 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.04
最小 - 最大-6.3797374 - 20.705559000000001
平均 (標準偏差)0.0075313183 (±0.67036337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-144-144-144
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 560.16003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 2 of inside laser spot

ファイルemd_70549_half_map_1.map
注釈half map 2 of inside laser spot
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 of inside laser spot

ファイルemd_70549_half_map_2.map
注釈half map 1 of inside laser spot
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-landed and laser rehydrated Beta Galactosidase

全体名称: Cryo-landed and laser rehydrated Beta Galactosidase
要素
  • 複合体: Cryo-landed and laser rehydrated Beta Galactosidase
    • タンパク質・ペプチド: Beta Galactosidase

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超分子 #1: Cryo-landed and laser rehydrated Beta Galactosidase

超分子名称: Cryo-landed and laser rehydrated Beta Galactosidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 465 KDa

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分子 #1: Beta Galactosidase

分子名称: Beta Galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEA VPESWLECDL PEADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN P TGCYSLTF NVDESWLQEG QTRIIFDGVN SAFHLWCNGR WVGYGQDSRL ...文字列:
MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEA VPESWLECDL PEADTVVVPS NWQMHGYDAP IYTNVTYPIT VNPPFVPTEN P TGCYSLTF NVDESWLQEG QTRIIFDGVN SAFHLWCNGR WVGYGQDSRL PSEFDLSAFL RA GENRLAV MVLRWSDGSY LEDQDMWRMS GIFRDVSLLH KPTTQISDFH VATRFNDDFS RAV LEAEVQ MCGELRDYLR VTVSLWQGET QVASGTAPFG GEIIDERGGY ADRVTLRLNV ENPK LWSAE IPNLYRAVVE LHTADGTLIE AEACDVGFRE VRIENGLLLL NGKPLLIRGV NRHEH HPLH GQVMDEQTMV QDILLMKQNN FNAVRCSHYP NHPLWYTLCD RYGLYVVDEA NIETHG MVP MNRLTDDPRW LPAMSERVTR MVQRDRNHPS VIIWSLGNES GHGANHDALY RWIKSVD PS RPVQYEGGGA DTTATDIICP MYARVDEDQP FPAVPKWSIK KWLSLPGETR PLILCEYA H AMGNSLGGFA KYWQAFRQYP RLQGGFVWDW VDQSLIKYDE NGNPWSAYGG DFGDTPNDR QFCMNGLVFA DRTPHPALTE AKHQQQFFQF RLSGQTIEVT SEYLFRHSDN ELLHWMVALD GKPLASGEV PLDVAPQGKQ LIELPELPQP ESAGQLWLTV RVVQPNATAW SEAGHISAWQ Q WRLAENLS VTLPAASHAI PHLTTSEMDF CIELGNKRWQ FNRQSGFLSQ MWIGDKKQLL TP LRDQFTR APLDNDIGVS EATRIDPNAW VERWKAAGHY QAEAALLQCT ADTLADAVLI TTA HAWQHQ GKTLFISRKT YRIDGSGQMA ITVDVEVASD TPHPARIGLN CQLAQVAERV NWLG LGPQE NYPDRLTAAC FDRWDLPLSD MYTPYVFPSE NGLRCGTREL NYGPHQWRGD FQFNI SRYS QQQLMETSHR HLLHAEEGTW LNIDGFHMGI GGDDSWSPSV SAEFQLSAGR YHYQLV WCQ K

UniProtKB: Beta-galactosidase

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH3CO2 / 構成要素 - 名称: Ammonium Acetate
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 4

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 428 / 平均電子線量: 57.96 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cisTEM / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 詳細: Map-to-Model, PDB 6CVM / 使用した粒子像数: 5684
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cisTEM
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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