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万見
- EMDB-70485: Human Stomatin Complex in Native Membrane Vesicles -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70485
タイトルHuman Stomatin Complex in Native Membrane Vesicles
マップデータHuman Stomatin
試料
  • 複合体: Human stomatin
    • タンパク質・ペプチド: Stomatin
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water
キーワードStomatin / SPFH domain protein / Membrane microdomain / Lipid raft / Membrane-associated protein / Homo-oligomer / Membrane curvature / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of viral process / host-mediated activation of viral genome replication / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding / azurophil granule membrane / RHOB GTPase cycle / ion channel inhibitor activity / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle ...positive regulation of viral process / host-mediated activation of viral genome replication / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / RNA polymerase binding / azurophil granule membrane / RHOB GTPase cycle / ion channel inhibitor activity / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / tertiary granule membrane / RHOH GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / positive regulation of protein targeting to membrane / specific granule membrane / Stimuli-sensing channels / melanosome / blood microparticle / vesicle / cytoskeleton / membrane raft / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Band-7 stomatin-like / Band 7/stomatin-like, conserved site / Band 7 protein family signature. / Stomatin/HflK/HflC family / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Stoner J / Fu Z
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Stomatin Complex in Native Membrane Vesicles at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Stoner J / Fu Z
履歴
登録2025年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 316.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human Stomatin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 436 pix.
= 367.984 Å		0.84 Å/pix.
x 436 pix.
= 367.984 Å		0.84 Å/pix.
x 436 pix.
= 367.984 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.064
最小 - 最大-0.3639476 - 0.5880347
平均 (標準偏差)0.00060654816 (±0.015685773)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ436436436
Spacing436436436
セルA=B=C: 367.98398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_70485_half_map_1.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map1

ファイルemd_70485_half_map_2.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human stomatin

全体名称: Human stomatin
要素
  • 複合体: Human stomatin
    • タンパク質・ペプチド: Stomatin
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human stomatin

超分子名称: Human stomatin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Stomatin

分子名称: Stomatin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.950137 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGGGGSPSRL EEELRRRLTE PAEKRHTRDS EAQRLPDSFK DSPSKGLGPC GWILVAFSFL FTVITFPISI WMCIKIIKEY ERAIIFRLG RILQGGAKGP GLFFILPCTD SFIKVDMRTI SFDIPPQEIL TKDSVTISVD GVVYYRVQNA TLAVANITNA D SATRLLAQ ...文字列:
MGGGGSPSRL EEELRRRLTE PAEKRHTRDS EAQRLPDSFK DSPSKGLGPC GWILVAFSFL FTVITFPISI WMCIKIIKEY ERAIIFRLG RILQGGAKGP GLFFILPCTD SFIKVDMRTI SFDIPPQEIL TKDSVTISVD GVVYYRVQNA TLAVANITNA D SATRLLAQ TTLRNVLGTK NLSQILSDRE EIAHNMQSTL DDATDAWGIK VERVEIKDVK LPVQLQRAMA AEAEASREAR AK VIAAEGE MNASRALKEA SMVITESPAA LQLRYLQTLT TIAAEKNSTI VFPLPIDMLQ GIIGAKHSHL G

UniProtKB: Stomatin

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 942 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 698428
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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