[日本語] English
万見
- EMDB-70469: BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70469
タイトルBG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: BG18 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BG18 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードMPER / HIV-1 / gp41 / broadly neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ozorowski G / Phulera S / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Virus glycoprotein nanodisc platform for vaccine design.
著者: Kimmo Rantalainen / Alessia Liguori / Gabriel Ozorowski / Claudia Flynn / Jon M Steichen / Olivia Swanson / Patrick J Madden / Sabyasachi Baboo / Swastik Phulera / Anant Gharpure / Danny Lu / ...著者: Kimmo Rantalainen / Alessia Liguori / Gabriel Ozorowski / Claudia Flynn / Jon M Steichen / Olivia Swanson / Patrick J Madden / Sabyasachi Baboo / Swastik Phulera / Anant Gharpure / Danny Lu / Oleksandr Kalyuzhniy / Patrick Skog / Sierra Terada / Monolina Shil / Jolene K Diedrich / Erik Georgeson / Ryan Tingle / Saman Eskandarzadeh / Wen-Hsin Lee / Nushin Alavi / Diana Goodwin / Michael Kubitz / Sonya Amirzehni / Sunny Himansu / Devin Sok / Jeong Hyun Lee / John R Yates / James C Paulson / Shane Crotty / Torben Schiffner / Andrew B Ward / William R Schief /
要旨: Transmembrane glycoproteins of enveloped viruses are the targets of neutralizing antibodies and essential vaccine antigens. mRNA-LNP technology allows in situ production of transmembrane ...Transmembrane glycoproteins of enveloped viruses are the targets of neutralizing antibodies and essential vaccine antigens. mRNA-LNP technology allows in situ production of transmembrane glycoproteins upon immunization, but biophysical characterization of transmembrane antigens and in vitro analysis of post-immunization antibody responses typically rely on soluble proteins. Here, we present a methodological platform for assembling transmembrane glycoprotein vaccine candidates into lipid nanodiscs. We demonstrate the utility of the nanodiscs in HIV membrane proximal external region (MPER)-targeting vaccine development by binding assays using surface plasmon resonance (SPR), ex vivo B cell sorting with fluorescence-activated cell sorting (FACS), and by determining the structure of a prototypical HIV MPER-targeting immunogen nanodisc in complex with three broadly neutralizing antibodies (bnAbs), including the MPER bnAb 10E8, to 3.5 Å by cryogenic electron microscopy (cryo-EM), providing a template for structure-based immunogen design for MPER. Overall, the platform offers a tool for accelerating the development of next-generation viral vaccines.
履歴
登録2025年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_70469.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70469.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 400 pix.
= 413.56 Å		1.03 Å/pix.
x 400 pix.
= 413.56 Å		1.03 Å/pix.
x 400 pix.
= 413.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0339 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.9169398 - 1.5333265
平均 (標準偏差)-0.00019510875 (±0.027871469)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 413.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_70469_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_70469_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_70469_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs

全体名称: BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs
要素
  • 複合体: BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs
    • タンパク質・ペプチド: BG18 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BG18 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC01 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3BC315 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs

超分子名称: BG505 MD39.3 SOSIP.664 in complex with 3BC315, BG18 and VRC01 Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
分子 #1: BG18 Fab heavy chain

分子名称: BG18 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.043186 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLRESGPG LVKPSETLSL SCTVSNDSRP SDHSWTWVRQ SPGKALEWIG DIHYNGATTY NPSLRSRVRI ELDQSIPRFS LKMTSMTAA DTGMYYCARN AIRIYGVVAL GEWFHYGMDV WGQGTAVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
QVQLRESGPG LVKPSETLSL SCTVSNDSRP SDHSWTWVRQ SPGKALEWIG DIHYNGATTY NPSLRSRVRI ELDQSIPRFS LKMTSMTAA DTGMYYCARN AIRIYGVVAL GEWFHYGMDV WGQGTAVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSC

-
分子 #2: BG18 Fab light chain

分子名称: BG18 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.937352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SSELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGAPLTSR FTYWYRQKPG QAPVLIISRS SQRSSGWSGR FSASWSGTTV TLTIRGVQAD DEADYYCQS SDTSDSYKMF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
SSELTQPPSV SVSPGQTARI TCSGAPLTSR FTYWYRQKPG QAPVLIISRS SQRSSGWSGR FSASWSGTTV TLTIRGVQAD DEADYYCQS SDTSDSYKMF GGGTKLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

-
分子 #3: VRC01 Fab heavy chain

分子名称: VRC01 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.367631 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGGQ MKKPGESMRI SCRASGYEFI DCTLNWIRLA PGKRPEWMGW LKPRGGAVNY ARPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVD DTAVYFCTRG KNCDYNWDFE HWGRGTPVIV SSPSTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
QVQLVQSGGQ MKKPGESMRI SCRASGYEFI DCTLNWIRLA PGKRPEWMGW LKPRGGAVNY ARPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVD DTAVYFCTRG KNCDYNWDFE HWGRGTPVIV SSPSTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK AEPKSC

-
分子 #4: VRC01 Fab light chain

分子名称: VRC01 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.172686 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGETAI ISCRTSQYGS LAWYQQRPGQ APRLVIYSGS TRAAGIPDRF SGSRWGPDYN LTISNLESGD FGVYYCQQY EFFGQGTKVQ VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGETAI ISCRTSQYGS LAWYQQRPGQ APRLVIYSGS TRAAGIPDRF SGSRWGPDYN LTISNLESGD FGVYYCQQY EFFGQGTKVQ VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE QLKSGTASVV CLLNNFYPRE AKVQWKVDNA LQSGNSQESV T EQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLR SPVTKSFNRG EC

-
分子 #5: 3BC315 Fab heavy chain

分子名称: 3BC315 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.99924 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE MKDPGASVKV SCRASGYKFT DYYMHWVRQA PGQGLEWVGW VNTNGGFTKY GAKFQGRVTV TRDTSTNTVF LELSRLTFG DTAMYFCARP MRPVSHGIDY SGLFVFQFWG RGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
QVQLVQSGAE MKDPGASVKV SCRASGYKFT DYYMHWVRQA PGQGLEWVGW VNTNGGFTKY GAKFQGRVTV TRDTSTNTVF LELSRLTFG DTAMYFCARP MRPVSHGIDY SGLFVFQFWG RGTMVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSCD

-
分子 #6: 3BC315 Fab light chain

分子名称: 3BC315 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.009605 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPASV SASPGQSITI SCSGTRSDVG GYDFVSWYQQ HPGKVPKLII YEVTKRPSGI PQRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CCSYANYDKL ILGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP ...文字列:
QSALTQPASV SASPGQSITI SCSGTRSDVG GYDFVSWYQQ HPGKVPKLII YEVTKRPSGI PQRFSGSKSG NTASLTISGL QADDEADYY CCSYANYDKL ILGGGTKLTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADGSPV K AGVETTKP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

-
分子 #7: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 71.434477 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CQNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV IIRSENI TNNAKNILVQ LNTSVQINCT RPNNNTVKSI RIGPGQAFYY TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFAQSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG SHSGS GGSG SGGHAAVGIG AVSLGFLGAA GSTMGAASMT LTVQARNLLS GIVQQQSNLL RAPEPQQHLL KDTHWGIKQL QARVLA VEH YLRDQQLLGI WGCSGKLICC TNVPWNSSWS NRNLSEIWDN MTWLQWDKEI SNYTQIIYGL LEESQNQQEK NEQDLLA LD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160, Envelope glycoprotein gp160

-
分子 #18: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 39 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 190000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: ab initio reconstruction from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 243503
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る