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- EMDB-70448: Cryo-EM structure of OS9-SEL1L-HRD1 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70448
タイトルCryo-EM structure of OS9-SEL1L-HRD1 dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: OS9-SEL1L-HRD1 Dimer
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
    • タンパク質・ペプチド: Protein sel-1 homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Protein OS-9
キーワードERAD / SEL1L / OS9 / HRD1 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosylation-dependent protein binding / negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / protein retention in ER lumen / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hedgehog ligand biogenesis / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / ABC-family proteins mediated transport / XBP1(S) activates chaperone genes ...glycosylation-dependent protein binding / negative regulation of retrograde protein transport, ER to cytosol / protein retention in ER lumen / Hrd1p ubiquitin ligase complex / endoplasmic reticulum mannose trimming / Hedgehog ligand biogenesis / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / endoplasmic reticulum quality control compartment / ABC-family proteins mediated transport / XBP1(S) activates chaperone genes / immature B cell differentiation / Derlin-1 retrotranslocation complex / triglyceride metabolic process / retrograde protein transport, ER to cytosol / ubiquitin-specific protease binding / smooth endoplasmic reticulum / protein secretion / ER Quality Control Compartment (ERQC) / protein targeting / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / ERAD pathway / Notch signaling pathway / endomembrane system / response to endoplasmic reticulum stress / Hh mutants are degraded by ERAD / Hedgehog ligand biogenesis / Defective CFTR causes cystic fibrosis / ABC-family proteins mediated transport / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / ATPase binding / carbohydrate binding / protease binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein stabilization / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain ...Protein OS9-like domain / Protein OS-9-like / Glucosidase II beta subunit-like protein / : / : / Sel1 repeat / Sel1-like repeat / Sel1-like repeats. / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Ring finger domain / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein OS-9 / E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / Protein sel-1 homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Lin L / Maldosevic E / Jomaa A / Qi L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM130292 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Structural basis and pathological implications of the dimeric OS9-SEL1L-HRD1 ERAD Core Complex.
著者: Liangguang Leo Lin / Emir Maldosevic / Linyao Elina Zhou / Ahmad Jomaa / Ling Qi
要旨: The SEL1L-HRD1 complex represents the most conserved branch of endoplasmic reticulum (ER)-associated degradation (ERAD), a critical pathway that clears misfolded proteins to maintain ER proteostasis. ...The SEL1L-HRD1 complex represents the most conserved branch of endoplasmic reticulum (ER)-associated degradation (ERAD), a critical pathway that clears misfolded proteins to maintain ER proteostasis. However, the molecular organization and pathogenic mechanisms of mammalian ERAD have remained elusive. Here, we report the first cryo-EM structure of the core mammalian ERAD complex, comprising the ER lectin OS9, SEL1L, and the E3 ubiquitin ligase HRD1. The structure, validated by mutagenesis and crosslinking assays, reveals a dimeric assembly of the core complex in which SEL1L and OS9 form a claw-like configuration in the ER lumen that mediates substrate engagement, while HRD1 dimerizes within the membrane to facilitate substrate translocation. Pathogenic SEL1L mutations at the SEL1L-OS9 (Gly585Asp) and SEL1L-HRD1 (Ser658Pro) interfaces disrupt complex formation and impair ERAD activity. A newly identified disease-associated HRD1 variant (Ala91Asp), located in transmembrane helix 3, impairs HRD1 dimerization and substrate processing, underscoring the functional necessity of this interface and HRD1 dimerization. Finally, the structure also reveals two methionine-rich crevices flanking the HRD1 dimer, suggestive of substrate-conducting channels analogous to those in the ER membrane protein complex (EMC). These findings establish a structural framework for mammalian ERAD and elucidate how mutations destabilizing this machinery contribute to human disease.
SUMMARY: The dimeric structure of the human SEL1L-HRD1 ERAD core complex reveals key architectural and functional principles underlying the recognition and processing of misfolded proteins linked to human disease.
履歴
登録2025年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 443.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.652 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.038
最小 - 最大-0.4677961 - 0.6036077
平均 (標準偏差)-0.00024972996 (±0.008883532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ488488488
Spacing488488488
セルA=B=C: 318.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : OS9-SEL1L-HRD1 Dimer

全体名称: OS9-SEL1L-HRD1 Dimer
要素
  • 複合体: OS9-SEL1L-HRD1 Dimer
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin
    • タンパク質・ペプチド: Protein sel-1 homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Protein OS-9

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超分子 #1: OS9-SEL1L-HRD1 Dimer

超分子名称: OS9-SEL1L-HRD1 Dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.744586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFRTAVMMAA SLALTGAVVA HAYYLKHQFY PTVVYLTKSS PSMAVLYIQA FVLVFLLGKV MGKVFFGQLR AAEMEHLLER SWYAVTETC LAFTVFRDDF SPRFVALFTL LLFLKCFHWL AEDRVDFMER SPNISWLFHC RIVSLMFLLG ILDFLFVSHA Y HSILTRGA ...文字列:
MFRTAVMMAA SLALTGAVVA HAYYLKHQFY PTVVYLTKSS PSMAVLYIQA FVLVFLLGKV MGKVFFGQLR AAEMEHLLER SWYAVTETC LAFTVFRDDF SPRFVALFTL LLFLKCFHWL AEDRVDFMER SPNISWLFHC RIVSLMFLLG ILDFLFVSHA Y HSILTRGA SVQLVFGFEY AILMTMVLTI FIKYVLHSVD LQSENPWDNK AVYMLYTELF TGFIKVLLYM AFMTIMIKVH TF PLFAIRP MYLAMRQFKK AVTDAIMSRR AIRNMNTLYP DATPEELQAM DNVCIICREE MVTGAKRLPC NHIFHTSCLR SWF QRQQTC PTCRMDVLRA SLPAQSPPPP EPADQGPPPA PHPPPLLPQP PNFPQGLLPP FPPGMFPLWP PMGPFPPVPP PPSS GEAVA PPSTSAAALS RPSGAATTTA AGTSATAASA TASGPGSGSA PEAGPAPGFP FPPPWMGMPL PPPFAFPPMP VPPAG FAGL TPEELRALEG HERQHLEARL QSLRNIHTLL DAAMLQINQY LTVLASLGPP RPATSVNSTE ETATTVVAAA SSTSIP SSE ATTPTPGASP PAPEMERPPA PESVGTEEMP EDGEPDAAEL RRRRLQKLES PVAH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase synoviolin

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分子 #2: Protein sel-1 homolog 1

分子名称: Protein sel-1 homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 88.435148 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQVRVRLSLL LLCAVLLGSA AATSDDKTNQ DDSLDSKSSL PTDESVKDHT TTGKVVAGQI FVDSEEAEVE SLLQDEEDSS KTQEEEISF LESPNPSSKT YEELKRVRKP VLTAIEGTAH GEPCHFPFLF LDKEYDECTS DGREDGRLWC ATTYDYKTDE K WGFCETEE ...文字列:
MQVRVRLSLL LLCAVLLGSA AATSDDKTNQ DDSLDSKSSL PTDESVKDHT TTGKVVAGQI FVDSEEAEVE SLLQDEEDSS KTQEEEISF LESPNPSSKT YEELKRVRKP VLTAIEGTAH GEPCHFPFLF LDKEYDECTS DGREDGRLWC ATTYDYKTDE K WGFCETEE DAAKRRQMQE AEMIYQAGMK ILNGSNRKSQ KREAYRYLQK AAGMNHTKAL ERVSYALLFG DYLTQNIQAA KE MFEKLTE EGSPKGQTGL GFLYASGLGV NSSQAKALVY YTFGALGGNL IAHMILGYRY WAGIGVLQSC ESALTHYRLV ANH VASDIS LTGGSVVQRI RLPDEVENPG MNSGMLEEDL IQYYQFLAEK GDVQAQVGLG QLHLHGGRGV EQNHQRAFDY FNLA ANAGN SHAMAFLGKM YSEGSDIVPQ SNETALHYFK KAADMGNPVG QSGLGMAYLY GRGVQVNYDL ALKYFQKAAE QGWVD GQLQ LGSMYYNGIG VKRDYKQALK YFNLASQGGH ILAFYNLAQM HASGTGVMRS CHTAVELFKN VCERGRWSER LMTAYN SYK DEDYNAAVVQ YLLLAEQGYE VAQSNAAFIL DQREATIVGE NETYPRALLH WNRAASQGYT VARIKLGDYH FYGFGTD VD YETAFIHYRL ASEQQHSAQA MFNLGYMHEK GLGIKQDIHL AKRFYDMAAE ASPDAQVPVF LALCKLGVVY FLQYIREA N IRDLFTQLDM DQLLGPEWDL YLMTIIALLL GTVIAYRQRQ HQDIPVPRPP GPRPAPPQQE GPPEQQPPQ

UniProtKB: Protein sel-1 homolog 1

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分子 #3: Isoform 2 of Protein OS-9

分子名称: Isoform 2 of Protein OS-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.335352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAETLLSSL LGLLLLGLLL PASLTGGVGS LNLEELSEMR YGIEILPLPV MGGQSQSSDV VIVSSKYKQR YECRLPAGAI HFQREREEE TPAYQGPGIP ELLSPMRDAP CLLKTKDWWT YEFCYGRHIQ QYHMEDSEIK GEVLYLGYYQ SAFDWDDETA K ASKQHRLK ...文字列:
MAAETLLSSL LGLLLLGLLL PASLTGGVGS LNLEELSEMR YGIEILPLPV MGGQSQSSDV VIVSSKYKQR YECRLPAGAI HFQREREEE TPAYQGPGIP ELLSPMRDAP CLLKTKDWWT YEFCYGRHIQ QYHMEDSEIK GEVLYLGYYQ SAFDWDDETA K ASKQHRLK RYHSQTYGNG SKCDLNGRPR EAEVRFLCDE GAGISGDYID RVDEPLSCSY VLTIRTPRLC PHPLLRPPPS AA PQAILCH PSLQPEEYMA YVQRQADSKQ YGDKIIEELQ DLGPQVWSET KSGVAPQKMA GASPTKDDSK DSDFWKMLNE PED QAPGGE EVPAEEQDPS PEAADSASGA PNDFQNNVQV KVIRSPADLI RFIEELKGGT KKGKPNIGQE QPVDDAAEVP QREP EKERG DPERQREMEE EEDEDEDEDE DEDERQLLGE FEKELEGILL PSDRDRLRSE VKAGMERELE NIIQETEKEL DPDGL KKES ERDRAMLALT STLNKLIKRL EEKQSPELVK KHKKKRVVPK KPPPSPQPTG KIEIKIVRPW AEGTEEGARW LTDEDT RNL KEIFFNILVP GAEEAQKERQ RQKELESNYR RVWGSPGGEG TGDLDEFDF

UniProtKB: Protein OS-9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 192786
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9og0:
Cryo-EM structure of OS9-SEL1L-HRD1 dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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