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- EMDB-70343: BG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70343
タイトルBG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fabs isolated from HVTN302 human trial after dose 3 of mRNA-gp151-CD4KO immunization
マップデータmain map
試料
  • 複合体: BG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fabs isolated from HVTN302 human trial after dose 3 of mRNA-gp151-CD4KO immunization
キーワードHVTN 302 / clinical trial / HIV-1 / Env / vaccine-elicited / EMPEM / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Lee W-H / Ozorowski G / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: Vaccination with mRNA-encoded membrane-anchored HIV envelope trimers elicited tier 2 neutralizing antibodies in a phase 1 clinical trial.
著者: K Rachael Parks / Zoe Moodie / Mary A Allen / Catherine Yen / Briana D Furch / Kellie J MacPhee / Gabriel Ozorowski / Jack Heptinstall / William O Hahn / Zihan Zheng / Huiyin Lu / Shannon ...著者: K Rachael Parks / Zoe Moodie / Mary A Allen / Catherine Yen / Briana D Furch / Kellie J MacPhee / Gabriel Ozorowski / Jack Heptinstall / William O Hahn / Zihan Zheng / Huiyin Lu / Shannon Grant / Elize Domin / Michael O Duff / Aaron Seese / Constanza Marini-Macouzet / Lamar Ballweber-Fleming / Wen-Hsin Lee / Christopher A Cottrell / Alessia Liguori / Erik Georgeson / Nushin Alavi / Michael Kubitz / Nicole Phelps / Kelly E Seaton / Kristen W Cohen / Maija A Anderson / Kajari Mondal / Dagna S Laufer / James G Kublin / Andrew B Ward / Ollivier Hyrien / Stephen C De Rosa / Sunny Himansu / Brett Leav / Caroline Reuter / Georgia D Tomaras / David Montefiori / Stephen R Walsh / Ian Frank / Magdalena E Sobieszczyk / Paul A Goepfert / Kathryn E Stephenson / Lindsey R Baden / Hong Van Tieu / Michael C Keefer / Jesse Clark / Sharon A Riddler / William R Schief / M Juliana McElrath /
要旨: mRNA technology might accelerate development of an urgently needed preventive human immunodeficiency virus (HIV) vaccine. We evaluated the safety and immunogenicity of three mRNA-encoded envelope ...mRNA technology might accelerate development of an urgently needed preventive human immunodeficiency virus (HIV) vaccine. We evaluated the safety and immunogenicity of three mRNA-encoded envelope trimers, including two doses of soluble and membrane-anchored forms, in a randomized, open-label, phase 1 clinical trial. Vaccines were generally well tolerated, although 6.5% (7 of 108) of participants developed urticaria, a higher proportion than seen with other mRNA vaccines. mRNA-encoded trimers induced strong envelope-specific B and T cell responses. Immunization with membrane-anchored trimers, intended to obscure epitopes at the trimer base targeted by nonneutralizing antibodies, reduced the frequency of base-binding serum antibodies in comparison with soluble trimers. Three immunizations elicited autologous tier 2 serum neutralizing antibodies in 80% of vaccinees receiving the membrane-anchored trimers, in contrast to only 4% receiving the soluble trimer. Thus, with demonstration of more favorable safety, mRNA-encoded membrane-anchored HIV envelope trimers represent a promising platform for HIV vaccine clinical development.
履歴
登録2025年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70343.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70343.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 362.88 Å		3.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 362.88 Å		3.78 Å/pix.
x 96 pix.
= 362.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.050948802 - 0.098106615
平均 (標準偏差)0.00006224877 (±0.004744259)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 362.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_70343_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_70343_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fa...

全体名称: BG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fabs isolated from HVTN302 human trial after dose 3 of mRNA-gp151-CD4KO immunization
要素
  • 複合体: BG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fabs isolated from HVTN302 human trial after dose 3 of mRNA-gp151-CD4KO immunization

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超分子 #1: BG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fa...

超分子名称: BG505 MD39.3-CC5 SOSIP in complex with V1V3 epitope polyclonal Fabs isolated from HVTN302 human trial after dose 3 of mRNA-gp151-CD4KO immunization
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 16.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6v0r


詳細: coordinates converted to map using UCSF Chimera molmap and low pass filtered to 40 A
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 4700
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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