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- EMDB-70321: Cryo-EM Structure of the Legionella pneumophila delta dis3 OMC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70321
タイトルCryo-EM Structure of the Legionella pneumophila delta dis3 OMC
マップデータPrimary EM map
試料
  • 複合体: Outer membrane complex of the Dot/Icm T4SS purified from a Dis3 deletion strain of Legionella pneumophila
キーワードT4SS / outer membrane / translocon / MEMBRANE PROTEIN
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Roberts JR
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM)S10OD030275 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI118932 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32AI150027 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2241144 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2025
タイトル: The Legionella pneumophila Dot/Icm Type IV Secretion System is Structurally and Functionally Resilient in Absence of Species-specific Proteins Dis2 and Dis3.
著者: Jacquelyn R Roberts / Arwen E Frick-Cheng / Henry J Styron / Clarissa L Durie / Louise Chang / Melanie D Ohi /
要旨: Legionella pneumophila is a pathogenic Gram-negative bacterium that causes Legionnaires' disease. The main virulence factor of L. pneumophila is the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS), which ...Legionella pneumophila is a pathogenic Gram-negative bacterium that causes Legionnaires' disease. The main virulence factor of L. pneumophila is the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS), which translocates effector proteins into the cytoplasm of the host cell, allowing the bacterium to establish a replicative niche. The outer membrane core complex (OMCC), the T4SS machinery localized between the inner and outer membranes, is composed of at least nine proteins organized into various sub-complexes that include the dome, outer membrane cap (OMC), periplasmic ring (PR), and stalk. In this study we describe how two uncharacterized Dot/Icm T4SS components, Dis2 and Dis3, contribute to the structure of the T4SS, the ability of the T4SS to translocate effectors, and the pathogenicity of L. pneumophila. Using cryo-electron microscopy we show that OMCCs purified from a Δdis2 strain are only missing the density for Dis2, while OMCCs purified from the Δdis3 strain lack densities for Dis3 and DotF in the OMC. Despite missing these proteins, the OMC and PR of both mutant OMCCs remain structurally stable. Strains lacking dis2 and or dis3 efficiently replicate in human macrophages; however, they have subtle differences in translocation efficiency for four tested substrates. Combined these data indicate that Dis2 or Dis3 are not required for the stability or global organization of the OMCC, but each protein may contribute to the efficient translocation of specific effectors.
履歴
登録2025年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70321.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 510 pix.
= 550.8 Å		1.08 Å/pix.
x 510 pix.
= 550.8 Å		1.08 Å/pix.
x 510 pix.
= 550.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-0.503609 - 0.85680807
平均 (標準偏差)0.0029050421 (±0.03359272)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 550.80005 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_70321_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_70321_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Outer membrane complex of the Dot/Icm T4SS purified from a Dis3 d...

全体名称: Outer membrane complex of the Dot/Icm T4SS purified from a Dis3 deletion strain of Legionella pneumophila
要素
  • 複合体: Outer membrane complex of the Dot/Icm T4SS purified from a Dis3 deletion strain of Legionella pneumophila

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超分子 #1: Outer membrane complex of the Dot/Icm T4SS purified from a Dis3 d...

超分子名称: Outer membrane complex of the Dot/Icm T4SS purified from a Dis3 deletion strain of Legionella pneumophila
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15121
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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