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- EMDB-70288: Cryo-EM structure of EBV gB prefusion construct C3-GT -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70288
タイトルCryo-EM structure of EBV gB prefusion construct C3-GT
マップデータHalf map B. Vop flipped and resampled in ChimeraX to improve view upon open.
試料
  • 複合体: Prefusion-stabilized Epstein-Barr virus glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B
キーワードfusion protein / VIRAL PROTEIN / engineered protein / stabilized protein / prefusion protein / gB / glycoprotein B
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者McCool RS / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structure and immunogenicity of an engineered soluble prefusion-stabilized EBV gB antigen.
著者: Ryan S McCool / Cory M Acreman / Abigail E Powell / Sofia I Picucci / Daniel J Stieh / Chia-Wei Chou / Jeremy Huynh / Hannah Caruso / Soyoon Park / Jessica O'Rear / Jui-Lin Chen / Brad A ...著者: Ryan S McCool / Cory M Acreman / Abigail E Powell / Sofia I Picucci / Daniel J Stieh / Chia-Wei Chou / Jeremy Huynh / Hannah Caruso / Soyoon Park / Jessica O'Rear / Jui-Lin Chen / Brad A Palanski / Patrick O Byrne / Madeline R Sponholtz / Jeongryeol Kim / Julie E Ledgerwood / Payton A-B Weidenbacher / Jason S McLellan /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV), the causative agent of mononucleosis, is linked to over 140,000 annual cancer-related deaths globally and increases the risk of multiple sclerosis by up to 32-fold. As a ...Epstein-Barr virus (EBV), the causative agent of mononucleosis, is linked to over 140,000 annual cancer-related deaths globally and increases the risk of multiple sclerosis by up to 32-fold. As a herpesvirus, EBV establishes lifelong infection, and over 90% of U.S. adults are EBV-seropositive. Despite its significant disease burden, no approved EBV vaccines or therapeutics exist. Among EBV envelope glycoproteins, the fusion protein (gB) is strictly required for epithelial and B cell infection. Here, using a combination of AlphaFold-guided modeling, rational design, and ThermoMPNN-informed optimization, we engineer a stabilized prefusion gB variant, C3-GT. This construct incorporates two inter-protomeric disulfide bonds and three cavity-filling substitutions, resulting in a melting temperature of 54 °C. Cryo-EM analysis of this construct reveals the prefusion structure of EBV gB, providing insights into the structural transitions required to adopt the postfusion conformation. Murine immunizations and depletion studies with human sera suggest a trend toward improved functional immunogenicity of C3-GT compared to postfusion gB. Collectively, these studies define engineering principles to stabilize class III fusion proteins, provide reagents to interrogate the human antibody response to EBV gB, and lay a foundation for further studies to develop EBV gB-based vaccine candidates.
履歴
登録2025年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月31日-
マップ公開2025年12月31日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70288.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70288.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half map B. Vop flipped and resampled in ChimeraX to improve view upon open.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 358.272 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 358.272 Å		0.93 Å/pix.
x 384 pix.
= 358.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.933 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.013580838 - 1.3917648
平均 (標準偏差)0.00057233695 (±0.0123039195)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 358.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70288_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_70288_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B. Vop flipped and resampled in...

ファイルemd_70288_half_map_1.map
注釈Half map B. Vop flipped and resampled in ChimeraX to improve view upon open.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B. Vop flipped and resampled in...

ファイルemd_70288_half_map_2.map
注釈Half map B. Vop flipped and resampled in ChimeraX to improve view upon open.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prefusion-stabilized Epstein-Barr virus glycoprotein B

全体名称: Prefusion-stabilized Epstein-Barr virus glycoprotein B
要素
  • 複合体: Prefusion-stabilized Epstein-Barr virus glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein B

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超分子 #1: Prefusion-stabilized Epstein-Barr virus glycoprotein B

超分子名称: Prefusion-stabilized Epstein-Barr virus glycoprotein B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: M81
分子量理論値: 251 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein B

分子名称: Envelope glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: C-terminally truncated recombinant ectodomain construct
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
株: M81
分子量理論値: 85.97325 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTRRRVLSVV VLLAALACRL GAQTPEQPAP PATTVQPTAT RQQTSFPFRV CELSSHGDLF RFSSDIQCPS FGTRENHTEG LLMVFKDNC IPYSFKVRSY TKIVTNILIY NGHRADSVTN RHEEKFSVES YETDQMDTIY QCYNAVKMTK DGLTRVYVDR D GVNITVNL ...文字列:
MTRRRVLSVV VLLAALACRL GAQTPEQPAP PATTVQPTAT RQQTSFPFRV CELSSHGDLF RFSSDIQCPS FGTRENHTEG LLMVFKDNC IPYSFKVRSY TKIVTNILIY NGHRADSVTN RHEEKFSVES YETDQMDTIY QCYNAVKMTK DGLTRVYVDR D GVNITVNL KPTGGLCNGV RRYASQTELY DAPGRVEATY RTRTTVNCLI TDMMAKSNSP FEFFVTTTGQ TVEMSPFYDG KN TETFHER ADSFHVRTNY KIVDYDNRGT NPQGERRAFL DKGTYTLSWK LENRTAYCPL QHWQTFDSTI ATETGKSIIF VTQ EGTSLF VTNTTVGIEL PDAFKCIEEQ VNKTMHEKYE AVQDRYTKGQ EAITYFITSG GLLLAWLPLT PRSLATVKNL TELT TPTSS PPSSPSPPAP PAARGSTSAA VLGGSGGNAG NATTPVPPAA PGKSLGTLNN PATVQIQFAY DSLRRQINRM LGDLA RAWC LEQKRQNMVL RELTKINPTT VMSSIYGKAV AAKRLGDVIS VSQCVPVNQA TVTLRKSMRV PGSETMCYSR PLVSFS FIN DTKTYEGQLG TDNEIFLTKK MTEVCQATSQ YYFQSGNEIH VYNDYHHFKT IELDGIATLQ TFISGCGNTS LICNIDF AS LELYSRDEQR ASNVFDLEGI FREYNFQAQN IAGLRKDLDN AVSNGRNQGG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFL G RAAASSLEVL FQGPGHHHHH HHHSAWSHPQ FEKGGGSGGG GSGGSAWSHP QFEK

UniProtKB: Envelope glycoprotein B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
2.0 mMTris base
200.0 mMsodium chlorideNaCl
2.0 mMcalcium chlorideCaCl2
0.02 % (w/v)sodium azideNaN3

詳細: 2 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl, 2 mM CaCl2, and 0.02% (w/v) sodium azide (SEC buffer). CHAPS was added immediately before freezing to a final concentration of 2 mM (0.25x CMC or 0.123% w/v).
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4541 / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 150000

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画像解析

詳細Prefusion stabilized Epstein-Barr virus envelope glycoprotein B
粒子像選択選択した数: 2178814
詳細: Particle picking was performed initially using blob picker. After initial, on-the-fly processing in CryoSparc Live, templates were generated for subsequent template-based picking.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Template-based AlphaFold2 model. PDB 7KDP was used as the template.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 162928
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Template-based, PDB: 7KDP
得られたモデル

PDB-9oal:
Cryo-EM structure of EBV gB prefusion construct C3-GT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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