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- EMDB-70263: The Erlin1/2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70263
タイトルThe Erlin1/2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of 13 Erlin1/2 heterodimers
    • タンパク質・ペプチド: Erlin-1
    • タンパク質・ペプチド: Erlin-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSPFH / ER / Erlin1 / Erlin2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cholesterol biosynthetic process / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / SREBP signaling pathway / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / cholesterol binding / cholesterol metabolic process / ERAD pathway / Signaling by FGFR1 in disease / Defective CFTR causes cystic fibrosis ...regulation of cholesterol biosynthetic process / Signaling by plasma membrane FGFR1 fusions / SREBP signaling pathway / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / cholesterol binding / cholesterol metabolic process / ERAD pathway / Signaling by FGFR1 in disease / Defective CFTR causes cystic fibrosis / ABC-family protein mediated transport / membrane raft / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Erlin1/2 / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Gao J / Shao S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)AG073277 米国
David and Lucile Packard Foundation 米国
Richard and Susan Smith Family Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structures of human organellar SPFH protein complexes.
著者: Jingjing Gao / Dawafuti Sherpa / Nikita Kupko / Haruka Chino / Jianwei Zeng / Sichen Shao /
要旨: Stomatin, Prohibitin, Flotillin, and HflK/C (SPFH) family proteins are found in all kingdoms of life and in multiple eukaryotic organelles. SPFH proteins assemble into homo- or hetero-oligomeric ...Stomatin, Prohibitin, Flotillin, and HflK/C (SPFH) family proteins are found in all kingdoms of life and in multiple eukaryotic organelles. SPFH proteins assemble into homo- or hetero-oligomeric rings that form domed structures. Most SPFH assemblies also abut a cellular membrane, where they are implicated in diverse functions ranging from membrane organization to protein quality control. However, the precise architectures of different SPFH complexes remain unclear. Here, we report single-particle cryo-EM structures of the endoplasmic reticulum (ER)-resident Erlin1/2 complex and the mitochondrial prohibitin (PHB1/2) complex, revealing assemblies of 13 heterodimers of Erlin1 and Erlin2 and 11 heterodimers of PHB1 and PHB2, respectively. We also describe key interactions underlying the architecture of each complex and conformational heterogeneity of the PHB1/2 complex. Our findings elucidate the distinct stoichiometries and properties of human organellar SPFH complexes and highlight common principles of SPFH complex organization.
履歴
登録2025年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年12月24日-
現状2025年12月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70263.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70263.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 424.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.6385877 - 1.001736
平均 (標準偏差)0.002133545 (±0.035818852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 424.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_70263_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_70263_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70263_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_70263_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 13 Erlin1/2 heterodimers

全体名称: Complex of 13 Erlin1/2 heterodimers
要素
  • 複合体: Complex of 13 Erlin1/2 heterodimers
    • タンパク質・ペプチド: Erlin-1
    • タンパク質・ペプチド: Erlin-2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of 13 Erlin1/2 heterodimers

超分子名称: Complex of 13 Erlin1/2 heterodimers / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Erlin-1

分子名称: Erlin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.429402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSGSMTQAR VLVAAVVGLV AVLLYASIHK IEEGHLAVYY RGGALLTSPS GPGYHIMLP FITTFRSVQT TLQTDEVKNV PCGTSGGVMI YIDRIEVVNM LAPYAVFDIV RNYTADYDKT LIFNKIHHEL N QFCSAHTL ...文字列:
MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KGSGSMTQAR VLVAAVVGLV AVLLYASIHK IEEGHLAVYY RGGALLTSPS GPGYHIMLP FITTFRSVQT TLQTDEVKNV PCGTSGGVMI YIDRIEVVNM LAPYAVFDIV RNYTADYDKT LIFNKIHHEL N QFCSAHTL QEVYIELFDQ IDENLKQALQ KDLNLMAPGL TIQAVRVTKP KIPEAIRRNF ELMEAEKTKL LIAAQKQKVV EK EAETERK KAVIEAEKIA QVAKIRFQQK VMEKETEKRI SEIEDAAFLA REKAKADAEY YAAHKYATSN KHKLTPEYLE LKK YQAIAS NSKIYFGSNI PNMFVDSSCA LKYSDIRTGR ESSLPSKEAL EPSGENVIQN KESTG

UniProtKB: Erlin-1

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分子 #2: Erlin-2

分子名称: Erlin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.884473 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAQLGAVVAV ASSFFCASLF SAVHKIEEGH IGVYYRGGAL LTSTSGPGFH LMLPFITSYK SVQTTLQTDE VKNVPCGTSG GVMIYFDRI EVVNFLVPNA VYDIVKNYTA DYDKALIFNK IHHELNQFCS VHTLQEVYIE LFDQIDENLK LALQQDLTSM A PGLVIQAV ...文字列:
MAQLGAVVAV ASSFFCASLF SAVHKIEEGH IGVYYRGGAL LTSTSGPGFH LMLPFITSYK SVQTTLQTDE VKNVPCGTSG GVMIYFDRI EVVNFLVPNA VYDIVKNYTA DYDKALIFNK IHHELNQFCS VHTLQEVYIE LFDQIDENLK LALQQDLTSM A PGLVIQAV RVTKPNIPEA IRRNYELMES EKTKLLIAAQ KQKVVEKEAE TERKKALIEA EKVAQVAEIT YGQKVMEKET EK KISEIED AAFLAREKAK ADAECYTAMK IAEANKLKLT PEYLQLMKYK AIASNSKIYF GKDIPNMFMD SAGSVSKQFE GLA DKLSFG LEDEPLETAT KEN

UniProtKB: Erlin-2

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 26 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.32 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95469
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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