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万見
- EMDB-70262: Structure of human MPC IMS-open -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70262
タイトルStructure of human MPC IMS-open
マップデータ
試料
  • 複合体: MPC1-2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial pyruvate carrier 2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial pyruvate carrier 1/MBP chimera protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate import into mitochondria / inner mitochondrial membrane protein complex / pyruvate transmembrane transporter activity / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Pyruvate metabolism / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...pyruvate import into mitochondria / inner mitochondrial membrane protein complex / pyruvate transmembrane transporter activity / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / Pyruvate metabolism / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / mitochondrial inner membrane / DNA damage response / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial pyruvate carrier / Mitochondrial pyruvate carriers / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial pyruvate carrier 2 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Mitochondrial pyruvate carrier 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Qi X / Sun Y / Wang Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR230054 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human MPC IMS-open
著者: Qi X / Sun Y / Wang Y
履歴
登録2025年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70262.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.74 Å/pix.
x 340 pix.
= 250.92 Å		0.74 Å/pix.
x 340 pix.
= 250.92 Å		0.74 Å/pix.
x 340 pix.
= 250.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.738 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.5
最小 - 最大-44.580739999999999 - 59.027386
平均 (標準偏差)-0.030044032 (±0.90450865)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 250.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MPC1-2

全体名称: MPC1-2
要素
  • 複合体: MPC1-2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial pyruvate carrier 2
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial pyruvate carrier 1/MBP chimera protein

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超分子 #1: MPC1-2

超分子名称: MPC1-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Mitochondrial pyruvate carrier 2

分子名称: Mitochondrial pyruvate carrier 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.786404 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAAGARGLR ATYHRLLDKV ELMLPEKLRP LYNHPAGPRT VFFWAPIMKW GLVCAGLADM ARPAEKLSTA QSAVLMATGF IFSRYSLVI IPKNWSLFAV NFFVGAAGAS QLFRIWRYNQ ELKAKDLGRK LLEAARAGQL DEVRILLANG ADVNAADNTG T TPLHLAAY ...文字列:
MSAAGARGLR ATYHRLLDKV ELMLPEKLRP LYNHPAGPRT VFFWAPIMKW GLVCAGLADM ARPAEKLSTA QSAVLMATGF IFSRYSLVI IPKNWSLFAV NFFVGAAGAS QLFRIWRYNQ ELKAKDLGRK LLEAARAGQL DEVRILLANG ADVNAADNTG T TPLHLAAY SGHLEIVEVL LKHGADVDAS DVFGYTPLHL AAYWGHLEIV EVLLKNGADV NAMDSDGMTP LHLAAKWGYL EI VEVLLKH GADVNAQDKF GKTAFDISID NGNEDLAEIL QKLN

UniProtKB: Mitochondrial pyruvate carrier 2

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分子 #2: Mitochondrial pyruvate carrier 1/MBP chimera protein

分子名称: Mitochondrial pyruvate carrier 1/MBP chimera protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 53.069273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGALVRKAA DYVRSKDFRD YLMSTHFWGP VANWGLPIAA INDMKKSPEI ISGRMTFALC CYSLTFMRFA YKVQPRNWLL FACHATNEV AQLIQGGRLI KHEMTKTASA GGGGSGGGGS GGGGSEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV E HPDKLEEK ...文字列:
MAGALVRKAA DYVRSKDFRD YLMSTHFWGP VANWGLPIAA INDMKKSPEI ISGRMTFALC CYSLTFMRFA YKVQPRNWLL FACHATNEV AQLIQGGRLI KHEMTKTASA GGGGSGGGGS GGGGSEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV E HPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YN KDLLPNP PKTWEEIPAL DKELKAKGKS ALMFNLQEPY FTWPLIAADG GYAFKYENGK YDIKDVGVDN AGAKAGLTFL IDL IKNKHM NADTDYSIAE AAFNKGETAM TINGPWAWSN IDTSKVNYGV TVLPTFKGQP SKPFVGVLSA GINAASPNKE LAKE FLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKSYEEELVK DPRVAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVD AALA AAQ

UniProtKB: Mitochondrial pyruvate carrier 1, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 382439
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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