[日本語] English
万見
- EMDB-70169: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70169
タイトルSubtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3A-KO Tetrahymena thermophila
マップデータMap of RSP3A-KO
試料
  • 複合体: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3A-KO Tetrahymena thermophila
キーワードAxoneme / 96nm repeat / Cilia / RSP3A-Ko / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.26 Å
データ登録者Bicka MB / Ghanaeian AG / Black CB / Joachimiak EJ / Osinka AO / Majhi SM / Konopka AK / Bulska EB / Bui HB / Wloga DW
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Cell Mol Life Sci / 年: 2025
タイトル: Heterogeneity of radial spoke components in Tetrahymena cilia.
著者: Marta Bicka / Avrin Ghanaeian / Corbin Black / Ewa Joachimiak / Anna Osinka / Sumita Majhi / Anna Konopka / Ewa Bulska / Khanh Huy Bui / Dorota Wloga /
要旨: Radial spokes, RS1, RS2, and RS3, are T-shaped, multiprotein complexes that transmit regulatory signals from the central apparatus to outer doublet complexes, including dynein arms. Radial spokes, ...Radial spokes, RS1, RS2, and RS3, are T-shaped, multiprotein complexes that transmit regulatory signals from the central apparatus to outer doublet complexes, including dynein arms. Radial spokes, especially RS3, differ in their morphology, protein composition, and RS base-docked IDAs. Spokes' defects alter cilia beating frequency, waveform, and amplitude, leading, in humans, to primary ciliary dyskinesia and male infertility. The role of the particular spokes remains unclear. Ciliate Tetrahymena thermophila has three RSP3 paralogs and two or three paralogs of some other RSPs. Using multiple complementary approaches, we demonstrated that Tetrahymena forms RS1 and RS2 subtypes, each with a core composed of various RSP3 paralogs and one type of RSP3-less RS3. We elucidated proteomes of RS1 and RS2 subtypes, RS3, and identified novel RS proteins, including enzymatic proteins involved in local regulation of ADP/ATP levels, the guanylate nucleotide pathway, and protein phosphorylation, whose presence further diversifies RSs' properties and likely functions.
履歴
登録2025年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_70169.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of RSP3A-KO
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.48 Å/pix.
x 168 pix.
= 1424.64 Å		8.48 Å/pix.
x 168 pix.
= 1424.64 Å		8.48 Å/pix.
x 168 pix.
= 1424.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.48 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.506
最小 - 最大-26.484214999999999 - 66.277339999999995
平均 (標準偏差)1.0436443 (±10.799238000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 1424.6399 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_70169_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of RSP3A-KO

ファイルemd_70169_half_map_1.map
注釈Half map of RSP3A-KO
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of RSP3A-KO

ファイルemd_70169_half_map_2.map
注釈Half map of RSP3A-KO
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repe...

全体名称: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3A-KO Tetrahymena thermophila
要素
  • 複合体: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3A-KO Tetrahymena thermophila

-
超分子 #1: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repe...

超分子名称: Subtomogram Averaged Cryo-ET Structure of the 96-nm Axonemal Repeat in RSP3A-KO Tetrahymena thermophila
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 4.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.004 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.002 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2090
抽出トモグラム数: 35 / 使用した粒子像数: 2090
CTF補正タイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る