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- EMDB-70119: Pr/Pr homodimer of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70119
タイトルPr/Pr homodimer of Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome 2
マップデータFull map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophytochrome
キーワードPhotoreceptor / Bacteriophytochrome / SIGNALING PROTEIN
生物種Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Karki P / Stojkovic EA / Schmidt M
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-STC-1231306 米国
National Science Foundation (NSF, United States)6227 米国
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Struct Dyn / 年: 2025
タイトル: Structures of myxobacterial phytochrome revealed by cryo-EM using the Spotiton technique and with x-ray crystallography.
著者: Prabin Karki / David Menendez / William Budell / Shishir Dangi / Carolina Hernandez / Joshua Mendez / Srinivasan Muniyappan / Shibom Basu / Peter Schwander / Tek N Malla / Emina A Stojković / Marius Schmidt /
要旨: Phytochromes are red-light photoreceptors first identified in plants, with homologs found in bacteria and fungi, that regulate a variety of critical physiological processes. They undergo a reversible ...Phytochromes are red-light photoreceptors first identified in plants, with homologs found in bacteria and fungi, that regulate a variety of critical physiological processes. They undergo a reversible photocycle between two distinct states: a red-light-absorbing Pr form and a far-red light-absorbing Pfr form. This Pr/Pfr photoconversion controls the activity of a C-terminal enzymatic domain, typically a histidine kinase (HK). However, the molecular mechanisms underlying light-induced regulation of HK activity in bacteria remain poorly understood, as only a few structures of unmodified bacterial phytochromes with HK activity are known. Recently, cryo-EM structures of a wild-type bacterial phytochrome with HK activity are solved that reveal homodimers in both the Pr and Pfr states, as well as a heterodimer with individual monomers in distinct Pr and Pfr states. Cryo-EM structures of a truncated version of the same phytochrome-lacking the HK domain-also show a homodimer in the Pfr state and a Pr/Pfr heterodimer. Here, we describe in detail how structural information is obtained from cryo-EM data on a full-length intact bacteriophytochrome, and how the cryo-EM structure can contribute to the understanding of the function of the phytochrome. In addition, we compare the cryo-EM structure to an unusual x-ray structure that is obtained from a fragmented full-length phytochrome crystallized in the Pr-state.
履歴
登録2025年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70119.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 216 pix.
= 358.128 Å		1.66 Å/pix.
x 216 pix.
= 358.128 Å		1.66 Å/pix.
x 216 pix.
= 358.128 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.658 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.171
最小 - 最大-0.83089566 - 1.5554789
平均 (標準偏差)-0.000498397 (±0.041415203)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 358.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_70119_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_70119_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome

全体名称: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriophytochrome

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超分子 #1: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome

超分子名称: Stigmatella aurantiaca bacteriophytochrome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
分子量理論値: 81 KDa

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分子 #1: Bacteriophytochrome

分子名称: Bacteriophytochrome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stigmatella aurantiaca (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ELSQCDREPI HLLGGIQAYG VLLAFRGPDR RLEVVSANTQ ALLGRPPEAL LGKTAAQVLP AELWAQWELL SARGALRVAL PSGPYRALLH ESDGLTVLEL EPAELQPDME ETALELVRRL VSPLAGAKGT RELLQTAANT VRALTGFDRV MVYRFDADWH GEVLAESKRE ...文字列:
ELSQCDREPI HLLGGIQAYG VLLAFRGPDR RLEVVSANTQ ALLGRPPEAL LGKTAAQVLP AELWAQWELL SARGALRVAL PSGPYRALLH ESDGLTVLEL EPAELQPDME ETALELVRRL VSPLAGAKGT RELLQTAANT VRALTGFDRV MVYRFDADWH GEVLAESKRE GMDGFLGMHF PATDIPVQAR ALYTRNPLRL IANARARPVP LVPSVVPELG RPLDLSGSAL RSVSPIHLEY LRNMGVEASF SLSLLKDGAL WGLIACHHLA PLHLSYERRR ACEVLTQLLA LQLSSEERAA EAAEDSHRAA LLGPLATSLG AGGTLEEALA KDGARVLELT GATGAALLLG GEPLLVGRTP SMDEVEALAA WLAPQPFQTS FHTERLGSLY PPLAARADVA AGLLAVRLAP ASSRLALWFR PEAVRTISWA GNPRKPAEPE PGHARLHPRG SFQAWEETVR ETSPAWKRAD LAAAEGFRSA LIGVVLRQAA ELERLSEALS RSNAELDAFG HTVAHDLKEP LRGIQQYAGF VMEDYHGALG PEGRGHMESL MWLAQRSGDM LDGLFEYSRA GRVDLAWGEV NMQEVVDEVL ATLSTRFQAE KLTVRMPRRL PTVRCDGIRI AQVWANLLVN AAKYQEGPER WVEAGFHGPG EPRPGAAGRY ASAYVFYVKD PGIGIAPPFH EAIFEMFRRL HSAKAYGGGT GVGLAIARRL VQLHGGALWV DSAPKQGATF YFTLGRGPG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.47 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF estimation / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 229519
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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