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- EMDB-6902: Yeast TRiC/CCT with PA tag insertion in CCT6 subunits -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6902
タイトルYeast TRiC/CCT with PA tag insertion in CCT6 subunits
マップデータYeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits
試料
  • 複合体: Yeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta
機能・相同性
機能・相同性情報


Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperonin-containing T-complex / : / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperonin-containing T-complex / : / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. ...T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / : / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit beta / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit eta / T-complex protein 1 subunit theta
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.4 Å
データ登録者Wang H / Takagi J / Cong Y
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Yeast Inner-Subunit PA-NZ-1 Labeling Strategy for Accurate Subunit Identification in a Macromolecular Complex through Cryo-EM Analysis.
著者: Huping Wang / Wenyu Han / Junichi Takagi / Yao Cong /
要旨: Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has been established as one of the central tools in the structural study of macromolecular complexes. Although intermediate- or low-resolution structural ...Cryo-electron microscopy (cryo-EM) has been established as one of the central tools in the structural study of macromolecular complexes. Although intermediate- or low-resolution structural information through negative staining or cryo-EM analysis remains highly valuable, we lack general and efficient ways to achieve unambiguous subunit identification in these applications. Here, we took advantage of the extremely high affinity between a dodecapeptide "PA" tag and the NZ-1 antibody Fab fragment to develop an efficient "yeast inner-subunit PA-NZ-1 labeling" strategy that when combined with cryo-EM could precisely identify subunits in macromolecular complexes. Using this strategy combined with cryo-EM 3D reconstruction, we were able to visualize the characteristic NZ-1 Fab density attached to the PA tag inserted into a surface-exposed loop in the middle of the sequence of CCT6 subunit present in the Saccharomyces cerevisiae group II chaperonin TRiC/CCT. This procedure facilitated the unambiguous localization of CCT6 in the TRiC complex. The PA tag was designed to contain only 12 amino acids and a tight turn configuration; when inserted into a loop, it usually has a high chance of maintaining the epitope structure and low likelihood of perturbing the native structure and function of the target protein compared to other tagging systems. We also found that the association between PA and NZ-1 can sustain the cryo freezing conditions, resulting in very high occupancy of the Fab in the final cryo-EM images. Our study demonstrated the robustness of this strategy combined with cryo-EM in efficient and accurate subunit identification in challenging multi-component complexes.
履歴
登録2018年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月25日-
マップ公開2018年4月25日-
更新2018年4月25日-
現状2018年4月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0053
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0053
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6902.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6902.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Yeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å		1.3 Å/pix.
x 256 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0053 / ムービー #1: 0.0053
最小 - 最大-0.016169377 - 0.034177776
平均 (標準偏差)0.00008937777 (±0.0030757887)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0160.0340.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits

全体名称: Yeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits
要素
  • 複合体: Yeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit zeta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit eta
    • タンパク質・ペプチド: T-complex protein 1 subunit theta

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超分子 #1: Yeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits

超分子名称: Yeast TRiC/CCT with PA tag in CCT6 subunits / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: TRiC incubation with PA tag antibody NZ-1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: T-complex protein 1 subunit alpha

分子名称: T-complex protein 1 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSQLFNNSRS DTLFLGGEK I SGDDIRNQ NV LATMAVA NVV KSSLGP VGLD KMLVD DIGDF TVTN DGATIL SLL DVQHPAG KI LVELAQQQ D REIGDGTTS VVIIASELLK RANELVKNK I HPTTIITG FR VALREAI RFI NEVLST SVDTLGKETL ...文字列:
MSQLFNNSRS DTLFLGGEK I SGDDIRNQ NV LATMAVA NVV KSSLGP VGLD KMLVD DIGDF TVTN DGATIL SLL DVQHPAG KI LVELAQQQ D REIGDGTTS VVIIASELLK RANELVKNK I HPTTIITG FR VALREAI RFI NEVLST SVDTLGKETL INIA KTSMS SKIIG ADSD FFSNMV VDA LLAVKTQ NS KGEIKYPV K AVNVLKAHG KSATESLLVP GYALNCTVA S QAMPKRIA GG NVKIACL DLN LQKARM AMGV QINID DPEQL EQIR KREAGI VLE RVKKIID AG AQVVLTTK G IDDLCLKEF VEAKIMGVRR CKKEDLRRI A RATGATLV SS MSNLEGE ETFESSYLGL CDE VVQAKF SDDE CILIK GTSKH SSSS IILRGA NDY SLDEMER SL HDSLSVVK R TLESGNVVP GGGCVEAALN IYLDNFATT V GSREQLAI AE FAAALLI IPK TLAVNA AKDS SELVA KLRSY HAAS QMAKPE DVK RRSYRNY GL DLIRGKIV D EIHAGVLEP TISKVKSLKS ALEACVAIL R IDTMITVD PE PPKEDPH DH

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分子 #2: T-complex protein 1 subunit beta

分子名称: T-complex protein 1 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVGD GTTSVTVLSA ELLREAEKLI DQSKIHPQTI IEGYRLASAA ALDALTKAAV DNSHDKTMFR EDLIHIAKTT LSSKILSQDK ...文字列:
MSVQIFGDQV TEERAENARL SAFVGAIAVG DLVKSTLGPK GMDKLLQSAS SNTCMVTNDG ATILKSIPLD NPAAKVLVNI SKVQDDEVGD GTTSVTVLSA ELLREAEKLI DQSKIHPQTI IEGYRLASAA ALDALTKAAV DNSHDKTMFR EDLIHIAKTT LSSKILSQDK DHFAELATNA ILRLKGSTNL EHIQIIKILG GKLSDSFLDE GFILAKKFGN NQPKRIENAK ILIANTTLDT DKVKIFGTKF KVDSTAKLAQ LEKAEREKMK NKIAKISKFG INTFINRQLI YDYPEQLFTD LGINSIEHAD FEGVERLALV TGGEVVSTFD EPSKCKLGEC DVIEEIMLGE QPFLKFSGCK AGEACTIVLR GATDQTLDEA ERSLHDALSV LSQTTKETRT VLGGGCAEMV MSKAVDTEAQ NIDGKKSLAV EAFARALRQL PTILADNAGF DSSELVSKLR SSIYNGISTS GLDLNNGTIA DMRQLGIVES YKLKRAVVSS ASEAAEVLLR VDNIIRARPR TANRQHM

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分子 #3: T-complex protein 1 subunit gamma

分子名称: T-complex protein 1 subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: insertion Strep-CBP-His tag between P374 and K375 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEVG DGTTTVIILA GEILAQCAPY LIEKNIHPVI IIQALKKALT DALEVIKQVS KPVDVENDAA MKKLIQASIG TKYVIHWSEK ...文字列:
MQAPVVFMNA SQERTTGRQA QISNITAAKA VADVIRTCLG PKAMLKMLLD PMGGLVLTND GHAILREIDV AHPAAKSMLE LSRTQDEEVG DGTTTVIILA GEILAQCAPY LIEKNIHPVI IIQALKKALT DALEVIKQVS KPVDVENDAA MKKLIQASIG TKYVIHWSEK MCELALDAVK TVRKDLGQTV EGEPNFEIDI KRYVRVEKIP GGDVLDSRVL KGVLLNKDVV HPKMSRHIEN PRVVLLDCPL EYKKGESQTN IEIEKEEDWN RILQIEEEQV QLMCEQILAV RPTLVITEKG VSDLAQHYLL KGGCSVLRRV KKSDNNRIAR VTGATIVNRV EDLKESDVGT NCGLFKVEMI GDEYFSFLDN CKEP(LEGSGSGWSHPQFEKGSGKRRWKKNFIAVSAANRFKKISSSGALGSGHHHHHHHHGSGLQ)KACTI MLRGGSKDIL NEIDRNLQDA MAVARNVMLS PSLSPGGGAT EMAVSVKLAE KAKQLEGIQQ WPYQAVADAM ECIPRTLIQN AGGDPIRLLS QLRAKHAQGN FTTGIDGDKG KIVDMVSYGI WEPEVIKQQS VKTAIESACL LLRVDDIVSG VRKQE

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分子 #4: T-complex protein 1 subunit delta

分子名称: T-complex protein 1 subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEAG DGTTSVVILT GALLGAAERL LNKGIHPTII ADSFQSAAKR SVDILLEMCH KVSLSDREQL VRAASTSLSS KIVSQYSSFL ...文字列:
MSAKVPSNAT FKNKEKPQEV RKANIIAARS VADAIRTSLG PKGMDKMIKT SRGEIIISND GHTILKQMAI LHPVARMLVE VSAAQDSEAG DGTTSVVILT GALLGAAERL LNKGIHPTII ADSFQSAAKR SVDILLEMCH KVSLSDREQL VRAASTSLSS KIVSQYSSFL APLAVDSVLK ISDENSKNVD LNDIRLVKKV GGTIDDTEMI DGVVLTQTAI KSAGGPTRKE KAKIGLIQFQ ISPPKPDTEN NIIVNDYRQM DKILKEERAY LLNICKKIKK AKCNVLLIQK SILRDAVNDL ALHFLSKLNI MVVKDIEREE IEFLSKGLGC KPIADIELFT EDRLGSADLV EEIDSDGSKI VRVTGIRNNN ARPTVSVVIR GANNMIIDET ERSLHDALCV IRCLVKERGL IAGGGAPEIE ISRRLSKEAR SMEGVQAFIW QEFASALEVI PTTLAENAGL NSIKVVTELR SKHENGELND GISVRRSGTT NTYEEHILQP VLVSTSAITL ASECVKSILR IDDIAFSR

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分子 #5: T-complex protein 1 subunit epsilon

分子名称: T-complex protein 1 subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGATI LSQMELDNEI AKLLVQLSKS QDDEIGDGTT GVVVLASALL DQALELIQKG IHPIKIANGF DEAAKLAISK LEETCDDISA ...文字列:
MAARPQQPPM EMPDLSNAIV AQDEMGRPFI IVKDQGNKKR QHGLEAKKSH ILAARSVASI IKTSLGPRGL DKILISPDGE ITITNDGATI LSQMELDNEI AKLLVQLSKS QDDEIGDGTT GVVVLASALL DQALELIQKG IHPIKIANGF DEAAKLAISK LEETCDDISA SNDELFRDFL LRAAKTSLGS KIVSKDHDRF AEMAVEAVIN VMDKDRKDVD FDLIKMQGRV GGSISDSKLI NGVILDKDFS HPQMPKCVLP KEGSDGVKLA ILTCPFEPPK PKTKHKLDIS SVEEYQKLQT YEQDKFKEMI DDVKKAGADV VICQWGFDDE ANHLLLQNDL PAVRWVGGQE LEHIAISTNG RIVPRFQDLS KDKLGTCSRI YEQEFGTTKD RMLIIEQSKE TKTVTCFVRG SNKMIVDEAE RALHDSLCVV RNLVKDSRVV YGGGAAEVTM SLAVSEEADK QRGIDQYAFR GFAQALDTIP MTLAENSGLD PIGTLSTLKS KQLKEKISNI GVDCLGYGSN DMKELFVVDP FIGKKQQILL ATQLCRMILK IDNVIISGKD EY

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分子 #6: T-complex protein 1 subunit zeta

分子名称: T-complex protein 1 subunit zeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: insertion PA tag within C285 and G286 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSLQLLNPKA ESLRRDAALK VNVTSAEGLQ SVLETNLGPK GTLKMLVDGA GNIKLTKDGK VLLTEMQIQS PTAVLIARAA AAQDEITGDG TTTVVCLVGE LLRQAHRFIQ EGVHPRIITD GFEIARKESM KFLDEFKISK TNLSNDREFL LQVARSSLLT KVDADLTEVL ...文字列:
MSLQLLNPKA ESLRRDAALK VNVTSAEGLQ SVLETNLGPK GTLKMLVDGA GNIKLTKDGK VLLTEMQIQS PTAVLIARAA AAQDEITGDG TTTVVCLVGE LLRQAHRFIQ EGVHPRIITD GFEIARKESM KFLDEFKISK TNLSNDREFL LQVARSSLLT KVDADLTEVL TPIVTDAVLS VYDAQADNLD LHMVEIMQMQ HLSPKDTTFI KGLVLDHGGR HPDMPTRVKN AYVLILNVSL EYEKTEVNSG FFYSSADQRD KLAASERKFV DAKLKKIIDL KNEVC(ggtgtagctatgccaggtgcagaagatgatgtggtg)GMDP DKGFVIINQK GIDPMSLDVF AKHNILALRR AKRRNMERLQ LVTGGEAQNS VEDLSPQILG FSGLVYQETI GEEKFTYVTE NTDPKSCTIL IKGSTHYALA QTKDAVRDGL RAVANVLKDK NIIPGAGAFY IALSRYLRSA NMNKLGAKGK TKTGIEAFAE ALLVIPKTLV KNSGFDPLDV LAMVEDELDD AQDSDETRYV GVDLNIGDSC DPTIEGIWDS YRVLRNAITG ATGIASNLLL CDELLRAGRS TLKETPQ

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分子 #7: T-complex protein 1 subunit eta

分子名称: T-complex protein 1 subunit eta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MNFGSQTPTI VVLKEGTDAS QGKGQIISNI NACVAVQEAL KPTLGPLGSD ILIVTSNQKT TISNDGATIL KLLDVVHPAA KTLVDISRAQ DAEVGDGTTS VTILAGELMK EAKPFLEEGI SSHLIMKGYR KAVSLAVEKI NELAVDITSE KSSGRELLER CARTAMSSKL ...文字列:
MNFGSQTPTI VVLKEGTDAS QGKGQIISNI NACVAVQEAL KPTLGPLGSD ILIVTSNQKT TISNDGATIL KLLDVVHPAA KTLVDISRAQ DAEVGDGTTS VTILAGELMK EAKPFLEEGI SSHLIMKGYR KAVSLAVEKI NELAVDITSE KSSGRELLER CARTAMSSKL IHNNADFFVK MCVDAVLSLD RNDLDDKLIG IKKIPGGAME ESLFINGVAF KKTFSYAGFE QQPKKFNNPK ILSLNVELEL KAEKDNAEVR VEHVEDYQAI VDAEWQLIFE KLRQVEETGA NIVLSKLPIG DLATQFFADR NIFCAGRVSA DDMNRVIQAV GGSIQSTTSD IKPEHLGTCA LFEEMQIGSE RYNLFQGCPQ AKTCTLLLRG GAEQVIAEVE RSLHDAIMIV KRALQNKLIV AGGGATEMEV SKCLRDYSKT IAGKQQMIIN AFAKALEVIP RQLCENAGFD AIEILNKLRL AHSKGEKWYG VVFETENIGD NFAKFVWEPA LVKINALNSA TEATNLILSV DETITNKGSE SANAGMMPPQ GAGRGRGMPM

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分子 #8: T-complex protein 1 subunit theta

分子名称: T-complex protein 1 subunit theta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
配列文字列: MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMATE QQKIDMGDGT NLVMILAGEL LNVSEKLISM GLSAVEIIQG YNMARKFTLK ELDEMVVGEI TDKNDKNELL KMIKPVISSK ...文字列:
MSLRLPQNPN AGLFKQGYNS YSNADGQIIK SIAAIRELHQ MCLTSMGPCG RNKIIVNHLG KIIITNDAAT MLRELDIVHP AVKVLVMATE QQKIDMGDGT NLVMILAGEL LNVSEKLISM GLSAVEIIQG YNMARKFTLK ELDEMVVGEI TDKNDKNELL KMIKPVISSK KYGSEDILSE LVSEAVSHVL PVAQQAGEIP YFNVDSIRVV KIMGGSLSNS TVIKGMVFNR EPEGHVKSLS EDKKHKVAVF TCPLDIANTE TKGTVLLHNA QEMLDFSKGE EKQIDAMMKE IADMGVECIV AGAGVGELAL HYLNRYGILV LKVPSKFELR RLCRVCGATP LPRLGAPTPE ELGLVETVKT MEIGGDRVTV FKQEQGEISR TSTIILRGAT QNNLDDIERA IDDGVAAVKG LMKPSGGKLL PGAGATEIEL ISRITKYGER TPGLLQLAIK QFAVAFEVVP RTLAETAGLD VNEVLPNLYA AHNVTEPGAV KTDHLYKGVD IDGESDEGVK DIREENIYDM LATKKFAINV ATEAATTVLS IDQIIMAKKA GGPRAPQGPR PGNWDQED

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 14805
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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