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万見
- EMDB-6900: cASIC+Mambalgin1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6900
タイトルcASIC+Mambalgin1
マップデータ
試料
  • 複合体: cASIC and Mambalgin1
    • 複合体: cASIC
      • タンパク質・ペプチド: cASIC
    • 複合体: Mambalgin1
      • タンパク質・ペプチド: Mambalgin1
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ) / Gallus gallus
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Sun D / Yu Y / Xue X
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the ASIC1a-mambalgin-1 complex reveals that the peptide toxin mambalgin-1 inhibits acid-sensing ion channels through an unusual allosteric effect.
著者: Demeng Sun / You Yu / Xiaobin Xue / Man Pan / Ming Wen / Siyu Li / Qian Qu / Xiaorun Li / Longhua Zhang / Xueming Li / Lei Liu / Maojun Yang / Changlin Tian /
要旨: Acid-sensing ion channels (ASICs) are neuronal voltage-independent Na channels that are activated by extracellular acidification. ASICs play essential roles in a wide range of physiological ...Acid-sensing ion channels (ASICs) are neuronal voltage-independent Na channels that are activated by extracellular acidification. ASICs play essential roles in a wide range of physiological processes, including sodium homeostasis, synaptic plasticity, neurodegeneration, and sensory transduction. Mambalgins, a family of three-finger toxins isolated from black mamba venom, specifically inhibit ASICs to exert strong analgesic effects in vivo, thus are thought to have potential therapeutic values against pain. However, the interaction and inhibition mechanism of mambalgin on ASICs remains elusive. Here, we report a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of chicken ASIC1a (cASIC1a) in complex with mambalgin-1 toxin at 5.4 Å resolution. Our structure provides the first experimental evidence that mambalgin-1 interacts directly with the extracellular thumb domain of cASIC1a, rather than inserting into the acid-sensing pocket, as previously reported. Binding of mambalgin-1 leads to relocation of the thumb domain that could disrupt the acidic pocket of cASIC1a, illustrating an unusual inhibition mechanism of toxins on ASIC channels through an allosteric effect. These findings establish a structural basis for the toxicity of the mambalgins, and provide crucial insights for the development of new optimized inhibitors of ASICs.
履歴
登録2018年1月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月13日-
マップ公開2018年6月13日-
更新2018年6月20日-
現状2018年6月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.132
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6900.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.64 Å/pix.
x 80 pix.
= 211.2 Å		2.64 Å/pix.
x 80 pix.
= 211.2 Å		2.64 Å/pix.
x 80 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.132 / ムービー #1: 0.132
最小 - 最大-0.72954845 - 0.90948
平均 (標準偏差)0.00020159164 (±0.031357642)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 211.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.642.642.64
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.200211.200211.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.7300.9090.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cASIC and Mambalgin1

全体名称: cASIC and Mambalgin1
要素
  • 複合体: cASIC and Mambalgin1
    • 複合体: cASIC
      • タンパク質・ペプチド: cASIC
    • 複合体: Mambalgin1
      • タンパク質・ペプチド: Mambalgin1

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超分子 #1: cASIC and Mambalgin1

超分子名称: cASIC and Mambalgin1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

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超分子 #2: cASIC

超分子名称: cASIC / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)

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超分子 #3: Mambalgin1

超分子名称: Mambalgin1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: cASIC

分子名称: cASIC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus
配列文字列: YPHVTKLDEV AATRLTFPAV TFCNLNEFRF SRVTKNDLYH AGELLALLNN RYEIPDTQTA DEKQLEILQD KANFRNFKPK PFNMLEFYDR AGHDIREMLL SCFFRGEQCS PEDFKVVFTR YGKCYTFNAG QDGKPRLITM KGGTGNGLEI MLDIQQDEYL PVWGETDETS ...文字列:
YPHVTKLDEV AATRLTFPAV TFCNLNEFRF SRVTKNDLYH AGELLALLNN RYEIPDTQTA DEKQLEILQD KANFRNFKPK PFNMLEFYDR AGHDIREMLL SCFFRGEQCS PEDFKVVFTR YGKCYTFNAG QDGKPRLITM KGGTGNGLEI MLDIQQDEYL PVWGETDETS FEAGIKVQIH SQDEPPLIDQ LGFGVAPGFQ TFVSCQEQRL IYLPPPWGDC KATTGDDTYS ITACRIDCET RYLVENCNCR MVHMPGDAPY CTPEQYKECA DPALDFLVEK DNEYCVCEMP CNVTRYGKEL SMVKIPSKAS AKYLAKKYNK SEQYIGENIL VLDIFFEALN YETIEQKK

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分子 #2: Mambalgin1

分子名称: Mambalgin1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
配列文字列:
LKCYQHGKVV TCHRDMKFCY HNTGMPFRNL KLILQGCSSS CSETENNKCC STDRCNK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 103000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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