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- EMDB-6793: Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab of ZKA190 at p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6793
タイトルCryo-EM structure of zika virus complexed with Fab of ZKA190 at pH 8.0 and 37 celsius degree
マップデータZika virus complexed with the Fab molecule of a human monoclonal antibody named ZKA190
試料
  • 複合体: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody named ZKA190
    • 複合体: zika virus
      • タンパク質・ペプチド: variable region of Fab ZKA190 heavy chain
    • 複合体: Fab ZKA190
      • タンパク質・ペプチド: variable region of Fab ZKA190 light chain
    • タンパク質・ペプチド: protein E
キーワードvirus / antibody / complex / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / negative regulation of innate immune response / methyltransferase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / negative regulation of innate immune response / methyltransferase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / methylation / molecular adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / centrosome / symbiont entry into host cell / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Wang JQ / Lok SM
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: A Human Bi-specific Antibody against Zika Virus with High Therapeutic Potential.
著者: Jiaqi Wang / Marco Bardelli / Diego A Espinosa / Mattia Pedotti / Thiam-Seng Ng / Siro Bianchi / Luca Simonelli / Elisa X Y Lim / Mathilde Foglierini / Fabrizia Zatta / Stefano Jaconi / ...著者: Jiaqi Wang / Marco Bardelli / Diego A Espinosa / Mattia Pedotti / Thiam-Seng Ng / Siro Bianchi / Luca Simonelli / Elisa X Y Lim / Mathilde Foglierini / Fabrizia Zatta / Stefano Jaconi / Martina Beltramello / Elisabetta Cameroni / Guntur Fibriansah / Jian Shi / Taylor Barca / Isabel Pagani / Alicia Rubio / Vania Broccoli / Elisa Vicenzi / Victoria Graham / Steven Pullan / Stuart Dowall / Roger Hewson / Simon Jurt / Oliver Zerbe / Karin Stettler / Antonio Lanzavecchia / Federica Sallusto / Andrea Cavalli / Eva Harris / Shee-Mei Lok / Luca Varani / Davide Corti /
要旨: Zika virus (ZIKV), a mosquito-borne flavivirus, causes devastating congenital birth defects. We isolated a human monoclonal antibody (mAb), ZKA190, that potently cross-neutralizes multi-lineage ZIKV ...Zika virus (ZIKV), a mosquito-borne flavivirus, causes devastating congenital birth defects. We isolated a human monoclonal antibody (mAb), ZKA190, that potently cross-neutralizes multi-lineage ZIKV strains. ZKA190 is highly effective in vivo in preventing morbidity and mortality of ZIKV-infected mice. NMR and cryo-electron microscopy show its binding to an exposed epitope on DIII of the E protein. ZKA190 Fab binds all 180 E protein copies, altering the virus quaternary arrangement and surface curvature. However, ZIKV escape mutants emerged in vitro and in vivo in the presence of ZKA190, as well as of other neutralizing mAbs. To counter this problem, we developed a bispecific antibody (FIT-1) comprising ZKA190 and a second mAb specific for DII of E protein. In addition to retaining high in vitro and in vivo potencies, FIT-1 robustly prevented viral escape, warranting its development as a ZIKV immunotherapy.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of zika virus complexed with a human monoclonal antibody
著者: Wang JQ / Lok SM
履歴
登録2017年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月4日-
マップ公開2017年10月4日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5y0a
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5y0a
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6793.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Zika virus complexed with the Fab molecule of a human monoclonal antibody named ZKA190
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.42 Å/pix.
x 200 pix.
= 684. Å		3.42 Å/pix.
x 200 pix.
= 684. Å		3.42 Å/pix.
x 200 pix.
= 684. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.5382104 - 6.161489
平均 (標準偏差)-0.000000003623909 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 684.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z684.000684.000684.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-3.5386.161-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody name...

全体名称: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody named ZKA190
要素
  • 複合体: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody named ZKA190
    • 複合体: zika virus
      • タンパク質・ペプチド: variable region of Fab ZKA190 heavy chain
    • 複合体: Fab ZKA190
      • タンパク質・ペプチド: variable region of Fab ZKA190 light chain
    • タンパク質・ペプチド: protein E

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超分子 #1: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody name...

超分子名称: zika virus complexed with Fab of a human monoclonal antibody named ZKA190
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766

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超分子 #2: zika virus

超分子名称: zika virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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超分子 #3: Fab ZKA190

超分子名称: Fab ZKA190 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

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分子 #1: protein E

分子名称: protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766
分子量理論値: 44.06993 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRS

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: variable region of Fab ZKA190 heavy chain

分子名称: variable region of Fab ZKA190 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.41001 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS KYGMHWVRQA PGKGLEWVAV ISYEGSNKYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCAKS GTQYYDTTGY EYRGLEYFGY WGQGTLVTVS

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分子 #3: variable region of Fab ZKA190 light chain

分子名称: variable region of Fab ZKA190 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.935241 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK RGQAPRLLIY DASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGRSRWTF GQGTKVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
120.0 nMNaCl
12.0 mMTris-HCl
1.0 mMEDTA
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8139

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 6728
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5y0a:
Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab of ZKA190 at pH 8.0 and 37 celsius degree

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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