EMDB-67735: Map of the capsid 5f of the phage phiKZ

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-67735

タイトル

Map of the capsid 5f of the phage phiKZ

マップデータ

試料

ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

キーワード

capsid 5f / VIRUS

生物種

Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Xiao H / Peng Z / Zhou J / Liu H

資金援助

中国, 3件

Organization	Grant number	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	12034006	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32430020	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	32200994	中国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural atlas of the intact jumbo phage phiKZ
著者: Xiao H / Peng Z / Zhou J / Liu H

履歴

登録	2025年12月15日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2026年2月11日	-
マップ公開	2026年2月11日	-
更新	2026年2月11日	-
現状	2026年2月11日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_67735.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_67735.map.gz	226.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-67735-v30.xml emd-67735.xml	13 KB 13 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_67735.png	197.6 KB
Filedesc metadata	emd-67735.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_67735_half_map_1.map.gz emd_67735_half_map_2.map.gz	225 MB 225 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-67735 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-67735	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	67095C 67096C 67097C 67098C 67102C 67111C 67121C 67123C 67124C 67125C 9xpeC 9xpfC 9xpgC 9xphC 9xpsC 9xqdC 9xqsC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_67735.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.36 Å/pix. x 400 pix. = 544. Å	1.36 Å/pix. x 400 pix. = 544. Å	1.36 Å/pix. x 400 pix. = 544. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.36 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 10.0
最小 - 最大	-63.95429 - 78.590209999999999
平均 (標準偏差)	0.0094908485 (±3.1565883)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_67735_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_67735_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Pseudomonas phage phiKZ

全体	名称: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
要素	ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

-
超分子 #1: Pseudomonas phage phiKZ

超分子	名称: Pseudomonas phage phiKZ / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2905945 / 生物種: Pseudomonas phage phiKZ / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 324425
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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