[日本語] English
万見
- EMDB-6717: Contactin-2 reconstructed by Individual-Particle Electron Tomography -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6717
タイトルContactin-2 reconstructed by Individual-Particle Electron Tomography
マップデータContactin-2 conformation 1
試料
  • 複合体: Contactin-2
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Lu Z / Liu JK / Ren G / Rudenko G
資金援助 米国, 中国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Mental HealthR01MH077303 米国
Department of Energy (United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental HealthR01MH070860 米国
China Fundamental Research Funds for the Central Universities08143008 中国
China Scholarship Council201206280093 中国
China Fundamental Research Funds for the Central Universities08143101 中国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: Molecular Architecture of Contactin-associated Protein-like 2 (CNTNAP2) and Its Interaction with Contactin 2 (CNTN2).
著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / ...著者: Zhuoyang Lu / M V V V Sekhar Reddy / Jianfang Liu / Ana Kalichava / Jiankang Liu / Lei Zhang / Fang Chen / Yun Wang / Luis Marcelo F Holthauzen / Mark A White / Suchithra Seshadrinathan / Xiaoying Zhong / Gang Ren / Gabby Rudenko /
要旨: Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum ...Contactin-associated protein-like 2 (CNTNAP2) is a large multidomain neuronal adhesion molecule implicated in a number of neurological disorders, including epilepsy, schizophrenia, autism spectrum disorder, intellectual disability, and language delay. We reveal here by electron microscopy that the architecture of CNTNAP2 is composed of a large, medium, and small lobe that flex with respect to each other. Using epitope labeling and fragments, we assign the F58C, L1, and L2 domains to the large lobe, the FBG and L3 domains to the middle lobe, and the L4 domain to the small lobe of the CNTNAP2 molecular envelope. Our data reveal that CNTNAP2 has a very different architecture compared with neurexin 1α, a fellow member of the neurexin superfamily and a prototype, suggesting that CNTNAP2 uses a different strategy to integrate into the synaptic protein network. We show that the ectodomains of CNTNAP2 and contactin 2 (CNTN2) bind directly and specifically, with low nanomolar affinity. We show further that mutations in CNTNAP2 implicated in autism spectrum disorder are not segregated but are distributed over the whole ectodomain. The molecular shape and dimensions of CNTNAP2 place constraints on how CNTNAP2 integrates in the cleft of axo-glial and neuronal contact sites and how it functions as an organizing and adhesive molecule.
履歴
登録2017年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月12日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6717.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Contactin-2 conformation 1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.96 Å/pix.
x 192 pix.
= 568.32 Å		2.96 Å/pix.
x 192 pix.
= 568.32 Å		2.96 Å/pix.
x 192 pix.
= 568.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.20281947 - 1.0123029
平均 (標準偏差)-0.00012699359 (±0.020009542)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0650
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 568.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.962.962.96
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z568.320568.320568.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS6500
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.2031.012-0.000

-
添付データ

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 2

ファイルemd_6717_additional_1.map
注釈Contactin-2 conformation 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 11

ファイルemd_6717_additional_10.map
注釈Contactin-2 conformation 11
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 12

ファイルemd_6717_additional_11.map
注釈Contactin-2 conformation 12
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 13

ファイルemd_6717_additional_12.map
注釈Contactin-2 conformation 13
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 14

ファイルemd_6717_additional_13.map
注釈Contactin-2 conformation 14
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 15

ファイルemd_6717_additional_14.map
注釈Contactin-2 conformation 15
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 16

ファイルemd_6717_additional_15.map
注釈Contactin-2 conformation 16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 17

ファイルemd_6717_additional_16.map
注釈Contactin-2 conformation 17
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 18

ファイルemd_6717_additional_17.map
注釈Contactin-2 conformation 18
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 19

ファイルemd_6717_additional_18.map
注釈Contactin-2 conformation 19
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 20

ファイルemd_6717_additional_19.map
注釈Contactin-2 conformation 20
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 3

ファイルemd_6717_additional_2.map
注釈Contactin-2 conformation 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 21

ファイルemd_6717_additional_20.map
注釈Contactin-2 conformation 21
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 22

ファイルemd_6717_additional_21.map
注釈Contactin-2 conformation 22
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 23

ファイルemd_6717_additional_22.map
注釈Contactin-2 conformation 23
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 24

ファイルemd_6717_additional_23.map
注釈Contactin-2 conformation 24
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 25

ファイルemd_6717_additional_24.map
注釈Contactin-2 conformation 25
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 26

ファイルemd_6717_additional_25.map
注釈Contactin-2 conformation 26
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 27

ファイルemd_6717_additional_26.map
注釈Contactin-2 conformation 27
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 28

ファイルemd_6717_additional_27.map
注釈Contactin-2 conformation 28
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 29

ファイルemd_6717_additional_28.map
注釈Contactin-2 conformation 29
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 30

ファイルemd_6717_additional_29.map
注釈Contactin-2 conformation 30
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 4

ファイルemd_6717_additional_3.map
注釈Contactin-2 conformation 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 31

ファイルemd_6717_additional_30.map
注釈Contactin-2 conformation 31
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 32

ファイルemd_6717_additional_31.map
注釈Contactin-2 conformation 32
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 33

ファイルemd_6717_additional_32.map
注釈Contactin-2 conformation 33
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 34

ファイルemd_6717_additional_33.map
注釈Contactin-2 conformation 34
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 35

ファイルemd_6717_additional_34.map
注釈Contactin-2 conformation 35
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 36

ファイルemd_6717_additional_35.map
注釈Contactin-2 conformation 36
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 37

ファイルemd_6717_additional_36.map
注釈Contactin-2 conformation 37
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 38

ファイルemd_6717_additional_37.map
注釈Contactin-2 conformation 38
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 39

ファイルemd_6717_additional_38.map
注釈Contactin-2 conformation 39
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 40

ファイルemd_6717_additional_39.map
注釈Contactin-2 conformation 40
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 5

ファイルemd_6717_additional_4.map
注釈Contactin-2 conformation 5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 41

ファイルemd_6717_additional_40.map
注釈Contactin-2 conformation 41
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 42

ファイルemd_6717_additional_41.map
注釈Contactin-2 conformation 42
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 43

ファイルemd_6717_additional_42.map
注釈Contactin-2 conformation 43
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 44

ファイルemd_6717_additional_43.map
注釈Contactin-2 conformation 44
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 45

ファイルemd_6717_additional_44.map
注釈Contactin-2 conformation 45
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 46

ファイルemd_6717_additional_45.map
注釈Contactin-2 conformation 46
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 47

ファイルemd_6717_additional_46.map
注釈Contactin-2 conformation 47
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 48

ファイルemd_6717_additional_47.map
注釈Contactin-2 conformation 48
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 49

ファイルemd_6717_additional_48.map
注釈Contactin-2 conformation 49
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 50

ファイルemd_6717_additional_49.map
注釈Contactin-2 conformation 50
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 6

ファイルemd_6717_additional_5.map
注釈Contactin-2 conformation 6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 51

ファイルemd_6717_additional_50.map
注釈Contactin-2 conformation 51
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 52

ファイルemd_6717_additional_51.map
注釈Contactin-2 conformation 52
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 53

ファイルemd_6717_additional_52.map
注釈Contactin-2 conformation 53
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 54

ファイルemd_6717_additional_53.map
注釈Contactin-2 conformation 54
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 55

ファイルemd_6717_additional_54.map
注釈Contactin-2 conformation 55
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 56

ファイルemd_6717_additional_55.map
注釈Contactin-2 conformation 56
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 57

ファイルemd_6717_additional_56.map
注釈Contactin-2 conformation 57
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 58

ファイルemd_6717_additional_57.map
注釈Contactin-2 conformation 58
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 59

ファイルemd_6717_additional_58.map
注釈Contactin-2 conformation 59
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 7

ファイルemd_6717_additional_6.map
注釈Contactin-2 conformation 7
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 8

ファイルemd_6717_additional_7.map
注釈Contactin-2 conformation 8
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 9

ファイルemd_6717_additional_8.map
注釈Contactin-2 conformation 9
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Contactin-2 conformation 10

ファイルemd_6717_additional_9.map
注釈Contactin-2 conformation 10
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Contactin-2

全体名称: Contactin-2
要素
  • 複合体: Contactin-2

-
超分子 #1: Contactin-2

超分子名称: Contactin-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.0025 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC4H11NO3Tris
100.0 mMNaClsodium chloride
3.0 mMCaCl2calcium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranium formate / 詳細: 1% w/v uranyl formate
グリッドモデル: EMSCF, 200-Cu / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細This sample was monodisperse.
切片作成その他: NO SECTIONING

-
電子顕微鏡法

顕微鏡ZEISS LIBRA120PLUS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IPET / 使用した粒子像数: 81
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る