[日本語] English
万見
- EMDB-67107: Cryo-EM structure of the human A2A adenosine receptor in complex ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-67107
タイトルCryo-EM structure of the human A2A adenosine receptor in complex with a Fab antibody fragment
マップデータ
試料
  • 複合体: A2A receptor BRIL Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Fab Light chain
    • タンパク質・ペプチド: A2A receptor-BRIL
    • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain
キーワードCryo-EM Lip-MS / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Miyashita Y / Konno R / Ogasawara S / Okuda Y / Takamuku Y / Moriya T / Saito T / Murata T / Ohara O / Kawashima Y
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23K27158, 25K18417 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP25ama121013 日本
Kazusa DNA Research Institute Foundation 日本
引用ジャーナル: ACS Omega / 年: 2026
タイトル: Rapid and Label-Free Structural Proteomics Using One-Step Swift Trypsin LiP-MS.
著者: Yasuomi Miyashita / Ryo Konno / Satoshi Ogasawara / Yusei Okuda / Yuuki Takamuku / Toshio Moriya / Tetsuichiro Saito / Takeshi Murata / Osamu Ohara / Yusuke Kawashima /
要旨: Limited proteolysis mass spectrometry (LiP-MS) is a powerful approach for probing protein conformational changes on a proteome-wide scale. However, conventional workflows rely on a two-step digestion ...Limited proteolysis mass spectrometry (LiP-MS) is a powerful approach for probing protein conformational changes on a proteome-wide scale. However, conventional workflows rely on a two-step digestion with proteinase K and trypsin, which increases complexity and reduces reproducibility and sensitivity. This study aimed to develop a simplified one-step protocol, termed Swift Trypsin LiP-MS (STLiP-MS), which uses a trypsin-immobilized spin column and high-speed centrifugation to achieve rapid and reproducible surface-limited proteolysis. Using HEK293 cell extracts, STLiP-MS identified 286 proteins exhibiting conformational changes upon phosphatase inhibition, including 37 enriched in phosphatase-related Gene Ontology categories. The method improvements, including suppression of predigestion and immediate enzyme inactivation, further increased sensitivity, enabling the detection of 799 proteins with structural alterations, of which 77 were enriched in phosphatase-related categories. Comparison with the single-pot solid-phase-enhanced sample preparation (SP3) method confirmed that these changes originated from structure-selective proteolysis and were not detectable under fully denaturing conditions. To demonstrate its broader applicability, we applied STLiP-MS to the adenosine A receptor (A-BRIL) and observed antibody-induced protection of extracellular loop 2 (residues 147-176). Cryogenic electron microscopy validated Fab fragment binding to the same region, confirming the correspondence between STLiP-MS signals and actual antibody-antigen interfaces. Collectively, these results show that STLiP-MS is a rapid and robust platform that enables sensitive, label-free detection of local structural changes under near-physiological conditions and accurate prediction of protein-protein interaction sites. This method holds great promise for applications in structural proteomics and drug target identification.
履歴
登録2025年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月7日-
マップ公開2026年1月7日-
更新2026年2月4日-
現状2026年2月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_67107.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_67107.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 360 pix.
= 270. Å		0.75 Å/pix.
x 360 pix.
= 270. Å		0.75 Å/pix.
x 360 pix.
= 270. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.25627914 - 0.40623793
平均 (標準偏差)0.00006391761 (±0.00767817)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_67107_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_67107_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_67107_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : A2A receptor BRIL Fab complex

全体名称: A2A receptor BRIL Fab complex
要素
  • 複合体: A2A receptor BRIL Fab complex
    • タンパク質・ペプチド: Fab Light chain
    • タンパク質・ペプチド: A2A receptor-BRIL
    • タンパク質・ペプチド: Fab Heavy chain

-
超分子 #1: A2A receptor BRIL Fab complex

超分子名称: A2A receptor BRIL Fab complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Fab Light chain

分子名称: Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.761061 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIQLTQSPAV LSVSPGERVS FSCRASQTIG TSIHWYQQRT NGSPRLLVKF ASESISGIPS RFSGSGSGTD FTLTINSVES EDIADYYCQ QSNSWPYTFG GGTKLEIKRA DAAPTVSKGE FQHTGGRY

-
分子 #2: A2A receptor-BRIL

分子名称: A2A receptor-BRIL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.924848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKPI MGSSVYITVE LAIAVLAILG NVLVCWAVWL NSNLQNVTNY FVVSLAAADI AVGVLAIPFA ITISTGFCAA CHGCLFIAC FVLVLEQSRI FSLLAIAIDR YIAIRIPLRY NGLVTGTRAK GIIAICWVLS FAIGLTPMLG WNNCGQPKEG K QHSQGCGE ...文字列:
DYKDDDDKPI MGSSVYITVE LAIAVLAILG NVLVCWAVWL NSNLQNVTNY FVVSLAAADI AVGVLAIPFA ITISTGFCAA CHGCLFIAC FVLVLEQSRI FSLLAIAIDR YIAIRIPLRY NGLVTGTRAK GIIAICWVLS FAIGLTPMLG WNNCGQPKEG K QHSQGCGE GQVACLFEDV VPMNYMVYFN FFACVLVPLL LMLGVYLRIF LAARRQLADL EDNWETLNDN LKVIEKADNA AQ VKDALTK MRAAALDAQK ATPPKLEDKS PDSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLANEG KVKEAQAAAE QLKTTRNAYI QKY LERARS TLQKEVHAAK SLAIIVGLFA LCWLPLHIIN CFTFFCPDCS HAPLWLMYLA IVLSHTNSVV NPFIYAYRIR EFRQ TFRKI IRSHVLRQQE PFKAGGSGSG LEVLFQ

-
分子 #3: Fab Heavy chain

分子名称: Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.465118 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
EVKLVESGPE LKKPGETVKI SCKASGYSFT NYGINWMKQA PGEGLEWMGW INTYTGEATY DDDFKGRFAF SLETSASTAY LQIINLKNE DMATYFCSRR GAYYRYDGYF YTMDFWGQGT SVTVSSKGEF QHTGGRY

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 172394
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る