EMDB-66851: Consensus map of Cryo-EM Structure of NPFFR1 in complex with pept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-66851

タイトル

Consensus map of Cryo-EM Structure of NPFFR1 in complex with peptide RFRP-3

マップデータ

試料

複合体: Npffr1-Gi protein complex with RFRP-3

キーワード

GPCR / NPFFR1 / MEMBRANE PROTEIN / METAL TRANSPORT

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å

データ登録者

Na M / Xu F

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Molecular Recognition at the Opioid-modulating Neuropeptide FF Receptor 1.
著者: Man Na / Yang Yue / Kexin Xu / Ziyi Xu / Lu Zhang / Fangfang Zhou / Jolien De Neve / Steven Ballet / Fei Xu /

履歴

登録	2025年10月30日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年12月3日	-
マップ公開	2025年12月3日	-
更新	2025年12月3日	-
現状	2025年12月3日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_66851.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_66851.map.gz	56.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-66851-v30.xml emd-66851.xml	11.7 KB 11.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_66851.png	32.7 KB
Filedesc metadata	emd-66851.cif.gz	3.7 KB
その他	emd_66851_half_map_1.map.gz emd_66851_half_map_2.map.gz	59.4 MB 59.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-66851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-66851	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_66851_validation.pdf.gz	976.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_66851_full_validation.pdf.gz	975.8 KB	表示
XML形式データ	emd_66851_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_66851_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-66851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-66851	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	65081C 65089C 66288C 66853C 66854C 9vi9C 9vifC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_66851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.96 Å/pix. x 256 pix. = 245.76 Å	0.96 Å/pix. x 256 pix. = 245.76 Å	0.96 Å/pix. x 256 pix. = 245.76 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.96 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.0433
最小 - 最大	-0.0017896562 - 2.115533
平均 (標準偏差)	0.001330172 (±0.027810214)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_66851_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_66851_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Npffr1-Gi protein complex with RFRP-3

全体	名称: Npffr1-Gi protein complex with RFRP-3
要素	複合体: Npffr1-Gi protein complex with RFRP-3

-
超分子 #1: Npffr1-Gi protein complex with RFRP-3

超分子	名称: Npffr1-Gi protein complex with RFRP-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm 最小デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 140756
初期角度割当	タイプ: COMMON LINE
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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