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万見
- EMDB-66514: NPFF bound Mas1 Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-66514
タイトルNPFF bound Mas1 Receptor
マップデータ
試料
  • 複合体: NPFF bound Mas1 Receptor
    • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene Mas
    • タンパク質・ペプチド: NPFF
キーワードGPCR / Agonist / Orphan Receptor / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin receptor activity / angiotensin type II receptor activity / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / peptide binding / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...angiotensin receptor activity / angiotensin type II receptor activity / angiotensin-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / phospholipase C-activating angiotensin-activated signaling pathway / peptide binding / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proto-oncogene Mas / Mas-related G protein-coupled receptor family / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene Mas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Zhang YM / Liu H / Xu HE
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2026
タイトル: Structural insight into ligand binding and activation of the orphan GPCR Mas1.
著者: Yumu Zhang / Qiuying Wang / Heng Liu / Hong Shan / Yimin Gu / Jiaqi Yang / Yuan Gao / Kai Wu / Dehua Yang / H Eric Xu /
要旨: The Mas1 receptor, an orphan class A G-protein-coupled receptor (GPCR), plays pivotal roles in cardiovascular and anti-inflammatory regulation. Despite its therapeutic relevance, the structural ...The Mas1 receptor, an orphan class A G-protein-coupled receptor (GPCR), plays pivotal roles in cardiovascular and anti-inflammatory regulation. Despite its therapeutic relevance, the structural mechanisms underlying Mas1 ligand binding and activation remain poorly understood. Here, we report cryo-EM structures of Mas1 bound to two chemically distinct agonists-neuropeptide FF (NPFF) and synthetic small-molecule AR234958-captured in complex with inhibitory G proteins. These structures reveal a conserved orthosteric binding pocket accommodating both ligands through shared hydrophobic interactions. Unlike many other class A GPCRs that rely on direct W toggle switch engagement, Mas1 adopts a non-canonical activation strategy driven by a ligand-induced hydrophobic compression plane involving residues Y248, L87, I84, and L266 at the bottom of the ligand binding pocket. This mechanism transmits mechanical tension to promote TM6 displacement and G protein coupling. Functional mutagenesis validates this model, identifying two transmembrane helix 6 (TM6) residues, M244 and F237, as critical molecular switches. Comparative analyses of Mas1-related receptors, MRGPRX1-X4, reveal conserved features and mechanistic divergence within this subfamily. These findings provide a structural framework for understanding Mas1 pharmacology and rational design of selective therapeutics.
履歴
登録2025年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月15日-
マップ公開2026年4月15日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_66514.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_66514.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-9.171811999999999 - 11.153798999999999
平均 (標準偏差)0.0016862234 (±0.14374565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_66514_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_66514_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_66514_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NPFF bound Mas1 Receptor

全体名称: NPFF bound Mas1 Receptor
要素
  • 複合体: NPFF bound Mas1 Receptor
    • タンパク質・ペプチド: Proto-oncogene Mas
    • タンパク質・ペプチド: NPFF

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超分子 #1: NPFF bound Mas1 Receptor

超分子名称: NPFF bound Mas1 Receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Proto-oncogene Mas

分子名称: Proto-oncogene Mas / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.502043 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDGSNVTSFV VEEPTNISTG RNASVGNAHR QIPIVHWVIM SISPVGFVEN GILLWFLCFR MRRNPFTVYI THLSIADISL LFCIFILSI DYALDYELSS GHYYTIVTLS VTFLFGYNTG LYLLTAISVE RCLSVLYPIW YRCHRPKYQS ALVCALLWAL S CLVTTMEY ...文字列:
MDGSNVTSFV VEEPTNISTG RNASVGNAHR QIPIVHWVIM SISPVGFVEN GILLWFLCFR MRRNPFTVYI THLSIADISL LFCIFILSI DYALDYELSS GHYYTIVTLS VTFLFGYNTG LYLLTAISVE RCLSVLYPIW YRCHRPKYQS ALVCALLWAL S CLVTTMEY VMCIDREEES HSRNDCRAVI IFIAILSFLV FTPLMLVSST ILVVKIRKNT WASHSSKLYI VIMVTIIIFL IF AMPMRLL YLLYYEYWST FGNLHHISLL FSTINSSANP FIYFFVGSSK KKRFKESLKV VLTRAFKDEM QPRRQKDNCN TVT VETVV

UniProtKB: Proto-oncogene Mas

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分子 #2: NPFF

分子名称: NPFF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.08326 KDa
配列文字列:
FLFQPQRF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.56 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 782093
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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