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- EMDB-6639: Cryo-electron microscopy of a deletion mutant (d385-399) of Flock... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6639
タイトルCryo-electron microscopy of a deletion mutant (d385-399) of Flock House virus VLP
マップデータReconstruction of deletion mutant (d385-399) Flock House virus VLP
試料
  • 試料: Virus-like particle of deletion mutant (d385-399) of Flock House virus
  • ウイルス: Flock house virus (ウイルス)
キーワードFlock House virus / VLP / gamma
生物種Flock house virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.5 Å
データ登録者Bajaj S / Dey D / Kumar M / Banerjee M
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Non-Enveloped Virus Entry: Structural Determinants and Mechanism of Functioning of a Viral Lytic Peptide.
著者: Saumya Bajaj / Debajit Dey / Rohan Bhukar / Mohit Kumar / Manidipa Banerjee /
要旨: In the absence of lipid envelopes and associated fusion proteins, non-enveloped viruses employ membrane lytic peptides to breach the limiting membranes of host cells. Although several of these lytic ...In the absence of lipid envelopes and associated fusion proteins, non-enveloped viruses employ membrane lytic peptides to breach the limiting membranes of host cells. Although several of these lytic peptides have been identified and characterized, their manner of deployment and interaction with host membranes remains unclear in most cases. We are using the gamma peptide of Flock House Virus (FHV), a model non-enveloped virus, to understand the mechanistic details of non-enveloped virus interaction with host cell membranes. We utilized a combination of biophysical assays, molecular dynamics simulation studies, and single-particle cryo-electron microscopy to elucidate the functional and structural determinants for membrane penetration by gamma in context of the FHV capsid. Although the amphipathic, helical N-terminal region of gamma (γ1) was previously thought to be the membrane-penetrating module, with the C-terminal region having a supporting role in correct structural positioning of γ1, we demonstrate that the C terminus of gamma directly participates in membrane penetration. Our studies suggest that full-length gamma, including the hydrophobic C terminus, forms an alpha-helical hairpin motif, and any disruption in this motif drastically reduces its functionality, in spite of the correct positioning of amphipathic γ1 in the virus capsid. Taken together, our data suggest that the most effective module for membrane disruption is a pentameric unit of full-length gamma, released from the virus, which associates with membranes via both N- and C-terminal ends.
履歴
登録2016年4月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月15日-
マップ公開2016年12月28日-
更新2016年12月28日-
現状2016年12月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6639.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6639.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of deletion mutant (d385-399) Flock House virus VLP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-0.78284472 - 1.65642786
平均 (標準偏差)0.07824882 (±0.2857343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-192-192
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.000384.000384.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-192-192
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.7831.6560.078

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Virus-like particle of deletion mutant (d385-399) of Flock House virus

全体名称: Virus-like particle of deletion mutant (d385-399) of Flock House virus
要素
  • 試料: Virus-like particle of deletion mutant (d385-399) of Flock House virus
  • ウイルス: Flock house virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Virus-like particle of deletion mutant (d385-399) of Flock House virus

超分子名称: Virus-like particle of deletion mutant (d385-399) of Flock House virus
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 180 molecules of capsid protein make up one particle
Number unique components: 1
分子量理論値: 9 MDa

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超分子 #1: Flock house virus

超分子名称: Flock house virus / タイプ: virus / ID: 1
詳細: Residues 385-399 of the capsid protein have been deleted
NCBI-ID: 12287 / 生物種: Flock house virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Costelytra zealandica (甲虫) / 別称: INVERTEBRATES
Host system生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf21 / 組換プラスミド: pBacPAK9
分子量理論値: 9 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Alpha / 直径: 336 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, 5mM CaCl2
グリッド詳細: 300 mesh copper, Quantifoil R2/2 grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Blot for 3 seconds at a blot force of 0 before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 77 K / 最高: 97 K / 平均: 94 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 80,000x magnification
日付2016年1月8日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 1199 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were boxed using the "Swarm mode" of e2boxer.py. Initial model generated by imposing icosahedral symmetry, and 3D refinement using e2refine_easy.py
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 20199
最終 2次元分類クラス数: 82
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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