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万見
- EMDB-6624: HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to bnAb PGV04 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6624
タイトルHIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to bnAb PGV04
マップデータHIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to bnAb PGV04
試料
  • 試料: HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to PGV04
  • タンパク質・ペプチド: CSL
  • タンパク質・ペプチド: bnAb PGV04
キーワードHIV / Envelope / glycoprotein / trimer
生物種Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Kong L / He L / de Val N / Morris CD / Vora N / Azadnia P / Sok D / Zhou B / Burton DR / Ward AB ...Kong L / He L / de Val N / Morris CD / Vora N / Azadnia P / Sok D / Zhou B / Burton DR / Ward AB / Wilson IA / Zhu J
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Uncleaved prefusion-optimized gp140 trimers derived from analysis of HIV-1 envelope metastability.
著者: Leopold Kong / Linling He / Natalia de Val / Nemil Vora / Charles D Morris / Parisa Azadnia / Devin Sok / Bin Zhou / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Jiang Zhu /
要旨: The trimeric HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is critical for host immune recognition and neutralization. Despite advances in trimer design, the roots of Env trimer metastability remain elusive. ...The trimeric HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is critical for host immune recognition and neutralization. Despite advances in trimer design, the roots of Env trimer metastability remain elusive. Here we investigate the contribution of two Env regions to metastability. First, we computationally redesign a largely disordered bend in heptad region 1 (HR1) of SOSIP trimers that connects the long, central HR1 helix to the fusion peptide, substantially improving the yield of soluble, well-folded trimers. Structural and antigenic analyses of two distinct HR1 redesigns confirm that redesigned Env closely mimics the native, prefusion trimer with a more stable gp41. Next, we replace the cleavage site between gp120 and gp41 with various linkers in the context of an HR1 redesign. Electron microscopy reveals a potential fusion intermediate state for uncleaved trimers containing short but not long linkers. Together, these results outline a general approach for stabilization of Env trimers from diverse HIV-1 strains.
履歴
登録2016年3月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月11日-
マップ公開2016年7月13日-
更新2016年7月20日-
現状2016年7月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 25.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 25.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6624.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6624.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to bnAb PGV04
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 25.600000000000001 / ムービー #1: 25.6
最小 - 最大-101.675537109999993 - 139.898178099999996
平均 (標準偏差)0.45218727 (±9.46966362)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-101.676139.8980.452

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to PGV04

全体名称: HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to PGV04
要素
  • 試料: HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to PGV04
  • タンパク質・ペプチド: CSL
  • タンパク質・ペプチド: bnAb PGV04

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超分子 #1000: HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to PGV04

超分子名称: HIV-1 CSL envelope glycoprotein trimer bound to PGV04
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: trimer / Number unique components: 2
分子量理論値: 570 KDa

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分子 #1: CSL

分子名称: CSL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Heterodimer of gp120 and gp41 assembles into a trimer.
集合状態: trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
別称: HIV
分子量理論値: 420 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #2: bnAb PGV04

分子名称: bnAb PGV04 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human
分子量理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids were glow discharged at 20 mA for 30 seconds, then stained for 40 seconds using 2% uranyl formate.
グリッド詳細: 400 Cu mesh grids
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2015年10月23日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 111 / 平均電子線量: 30.18 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 46000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle max: 50
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, sparx / 使用した粒子像数: 12473
最終 2次元分類クラス数: 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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