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- EMDB-65717: sarbecovirus Rc-o319 S-trimer in a locked-1 conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65717
タイトルsarbecovirus Rc-o319 S-trimer in a locked-1 conformation
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Rc-o319
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein
  • リガンド: BILIVERDINE IX ALPHA
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID
キーワードspike protein / VIRUS / VIRAL PROTEIN
生物種Sarbecovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Wang J / Li ZX / Li ZM / Yuan H / Xiong X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82341085 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: sarbecovirus Rc-o319 S-trimer in a locked-1 conformation
著者: Wang J / Li ZX / Li ZM / Hang Y / Xiong X
履歴
登録2025年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65717.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.6 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.6 Å		0.93 Å/pix.
x 320 pix.
= 297.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.33665216 - 0.9320878
平均 (標準偏差)0.0007512054 (±0.029669357)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 297.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65717_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_65717_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Rc-o319

全体名称: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Rc-o319
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Rc-o319
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein
  • リガンド: BILIVERDINE IX ALPHA
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID

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超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Rc-o319

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Rc-o319
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (ウイルス) / 株: Rc-o319

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分子 #1: Spike protein

分子名称: Spike protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: 1-1175 AA Rc-o319 along with C-terminal T4 fibritin trimerization, HRV3C cleavage site (LEVLFQGP), His-tag (HHHHHHHH) and Double Strep-Tag (WSHPQFEKGGGSGGGGSGGSAWSHPQFEK).
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sarbecovirus (ウイルス) / 株: Rc-o319
分子量理論値: 138.931375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFILVLLNVL SVYGCVNITY GSHHLYVSSR TRGVYYPDDA FRSSTNVLHE GFFLPFDSNV TWYSFWNQKY SVATSPFGDG VYFSTIDKS NVVRGWVFGT TLDNDTQSVL LYNDGTHVRV EVCTFHFCPT PVFSASSPHL YSSAFNCTLN YTLASVRADF T EVDGSFKT ...文字列:
MFILVLLNVL SVYGCVNITY GSHHLYVSSR TRGVYYPDDA FRSSTNVLHE GFFLPFDSNV TWYSFWNQKY SVATSPFGDG VYFSTIDKS NVVRGWVFGT TLDNDTQSVL LYNDGTHVRV EVCTFHFCPT PVFSASSPHL YSSAFNCTLN YTLASVRADF T EVDGSFKT IREFVFKLQD GSLNVYYAST SYVLAIGATS QLPSGVTPLV PLWKIPIGLN ITNFKTLVYL RSDNTPLQAA YV VGHLKRR TMMFKYDENG TIVDAIDCAL DPLSETKCTL RSFIVEKGIY QTSNFRVQPQ DTVVRFPNIT NLCPFSEVFN ATT FASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNST SFSTFQCYGV SSTKLNDLCF TNVYADSFVV RGDEVRQIAP GQTGVIADYN YKLP DDFTG CVLAWNSRNQ DASTSGNFNY YYRIWRSEKL RPFERDIAHY DYQVGTQFKS SLKNYGFYSS AGDSHQPYRV VVLSF ELLN APATVCGPKQ STELIKNKCV NFNFNGLTGT GVLTDSNKKF QSFQQFGRDV SDFTDSVKDP KTLEVLDITP CSYGGV SVI TPGTNASTQV AVLYQDVNCT DVPTAIHAEQ LTPSWRVYST GTNMFQTQAG CLIGAEHVNN SYDCDIPIGA GICATYH TP SMLRSANNNK RIVAYVMSLG AENSVAYSNN TIAIPTNFTI SVTTEVMPVS MTKTSVDCTM YICGDSVECS TLLLQYGS F CTQLNRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPDIKDFGG FNFSQILPDP SKPSKRSFIE DLLFNKVTLA DAGFVKQYG DCLGDIQARD LICAQKFNGL TVLPPLLTDE MIAAYTAALI SGTATAGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQF NSAIGKIQES LTSTASALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL NDIISRLDKV EAEVQIDRLI T GRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQAA PHGVVFLHVT YIPSQERNFT TA PAICHEG KAHFPREGVF VSNGTHWFIT QRNFYEPQII TTDNTFVSGT CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL ESFKDELDKY FKN HTSPDI DLGDISGINA SVVDIQKEID ILKDVAKNLN ESLINLQELG KYEQYIKWPG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLL STFLL EVLFQGPGHH HHHHHHSAWS HPQFEKGGGS GGGGSGGSAW SHPQFEKSA

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分子 #6: BILIVERDINE IX ALPHA

分子名称: BILIVERDINE IX ALPHA / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: BLA
分子量理論値: 582.646 Da
Chemical component information

ChemComp-BLA:
BILIVERDINE IX ALPHA

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 34 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #8: LINOLEIC ACID

分子名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: EIC
分子量理論値: 280.445 Da
Chemical component information

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7xu2

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 436107
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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