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万見
- EMDB-65680: Cryo-EM map of ASFV DNA polymerase in apo state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65680
タイトルCryo-EM map of ASFV DNA polymerase in apo state 2
マップデータ
試料
  • ウイルス: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
キーワードASFV / DNA polymerase beta / DNA BINDING PROTEIN
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Hu Z / Yan R
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2025
タイトル: Structural basis for DNA replication by the African swine fever virus polymerase.
著者: Ziwei Hu / Yongjie SunKang / Zhiheng Liu / Lihong Huang / Wenbao Qi / Renhong Yan /
要旨: African swine fever virus (ASFV) devastates swine herds and lacks widely available antivirals. We show that the ASFV DNA polymerase beta (Pol β; gene ) localizes to viral replication factories and ...African swine fever virus (ASFV) devastates swine herds and lacks widely available antivirals. We show that the ASFV DNA polymerase beta (Pol β; gene ) localizes to viral replication factories and is required for viral replication. Cryo-electron microscopy structures of Pol β in apo and double-stranded DNA (dsDNA)-bound states reveal pronounced conformational flexibility that enables transitions between functional states. Binding to dsDNA promotes higher-order oligomerization that is essential for catalytic activity, as demonstrated by structure-guided mutagenesis and biochemical assays. These findings define the structural basis of ASFV genome synthesis, highlight the functional significance of Pol β during viral replication, and provide a framework for polymerase-targeted antiviral discovery.
履歴
登録2025年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2026年1月14日-
現状2026年1月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65680.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 270 pix.
= 223.29 Å		0.83 Å/pix.
x 270 pix.
= 223.29 Å		0.83 Å/pix.
x 270 pix.
= 223.29 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-2.2278767 - 3.5106206
平均 (標準偏差)0.000052067888 (±0.05931718)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ270270270
Spacing270270270
セルA=B=C: 223.29001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65680_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65680_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : African swine fever virus

全体名称: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
要素
  • ウイルス: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

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超分子 #1: African swine fever virus

超分子名称: African swine fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10497 / 生物種: African swine fever virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5625 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 364465
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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