EMDB-65493: in situ structure of mtHsp60-Hsp10 half-football conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-65493

タイトル

in situ structure of mtHsp60-Hsp10 half-football conformation

マップデータ

試料

細胞: Human mitochondrial mtHsp60-Hsp10 chaperone complex

キーワード

mthsp60-hsp10 / CHAPERONE

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å

データ登録者

Jung M / Roh S

資金援助

韓国, 5件

Organization	Grant number	国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2019R1C1C1004598	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2020R1A5A1018081	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2021M3A9I4021220	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2019M3E5D6063871	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	2020R1A6C101A183	韓国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ characterization of mtHsp60-Hsp10 chaperone complex under folding stress
著者: Jung M / Roh S

履歴

登録	2025年7月24日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年10月1日	-
マップ公開	2025年10月1日	-
更新	2025年10月15日	-
現状	2025年10月15日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_65493.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_65493.map.gz	853.3 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-65493-v30.xml emd-65493.xml	14.3 KB 14.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_65493_fsc.xml	4.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_65493.png	23.4 KB
マスクデータ	emd_65493_msk_1.map	6.6 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-65493.cif.gz	4 KB
その他	emd_65493_half_map_1.map.gz emd_65493_half_map_2.map.gz	4.9 MB 4.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-65493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-65493	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_65493_validation.pdf.gz	721.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_65493_full_validation.pdf.gz	720.8 KB	表示
XML形式データ	emd_65493_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_65493_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-65493 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-65493	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62702C 62703C 62704C 62711C 62713C 62714C 62747C 65492C 9l8pC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_65493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.47 Å/pix. x 120 pix. = 295.8 Å	2.47 Å/pix. x 120 pix. = 295.8 Å	2.47 Å/pix. x 120 pix. = 295.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.465 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.484
最小 - 最大	-0.027069176 - 0.8865079
平均 (標準偏差)	0.035204537 (±0.12316419)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_65493_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_65493_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_65493_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Human mitochondrial mtHsp60-Hsp10 chaperone complex

全体	名称: Human mitochondrial mtHsp60-Hsp10 chaperone complex
要素	細胞: Human mitochondrial mtHsp60-Hsp10 chaperone complex

-
超分子 #1: Human mitochondrial mtHsp60-Hsp10 chaperone complex

超分子	名称: Human mitochondrial mtHsp60-Hsp10 chaperone complex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 3.2 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細	Falcon4i
最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₇ (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用したサブトモグラム数: 976
抽出	トモグラム数: 461 / 使用した粒子像数: 107626 / ソフトウェア - 名称: Warp
CTF補正	タイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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