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- EMDB-65385: cryo-EM structure of gastric proton pump bound to YK01 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65385
タイトルcryo-EM structure of gastric proton pump bound to YK01
マップデータ
試料
  • 複合体: pig gastric proton pump alpha-beta complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase subunit beta
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: YK01-b
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water
キーワードP-type ATPase / transporters / gastric / P-CABs / proton pump / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:proton exchanging ATPase complex / cation-transporting ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / plasma membrane protein complex / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion binding / potassium ion import across plasma membrane ...potassium:proton exchanging ATPase complex / cation-transporting ATPase complex / P-type potassium:proton transporter activity / Ion transport by P-type ATPases / sodium:potassium-exchanging ATPase complex / sodium ion export across plasma membrane / plasma membrane protein complex / intracellular sodium ion homeostasis / potassium ion binding / potassium ion import across plasma membrane / ATPase activator activity / intracellular potassium ion homeostasis / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / cell adhesion / apical plasma membrane / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / : / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase ...Gastric H+/K+-transporter P-type ATPase, N-terminal / Gastric H+/K+-ATPase, N terminal domain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 2. / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta / Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta superfamily / Sodium / potassium ATPase beta chain / Sodium and potassium ATPases beta subunits signature 1. / : / P-type ATPase subfamily IIC, subunit alpha / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / : / P-type ATPase actuator domain / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha / Potassium-transporting ATPase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Saito H / Abe K
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24K01975 日本
引用ジャーナル: Org Biomol Chem / 年: 2026
タイトル: Design, synthesis, and structural analysis of an inhibitor of the gastric proton pump with a diaza-tricyclic skeleton.
著者: Nariyoshi Umekubo / Airi Hashizume / Haruki Saito / Satoru Kato / Chisato Kanai / Chai C Gopalasingam / Christoph Gerle / Hideki Shigematsu / Atsushi Yoshimori / Kazuhiro Abe / Satoshi Yokoshima /
要旨: The development of potent K-competitive acid blockers (P-CABs) as inhibitors of acid gastric secretion attracts much research attention. In this study, the structure-guided design and ...The development of potent K-competitive acid blockers (P-CABs) as inhibitors of acid gastric secretion attracts much research attention. In this study, the structure-guided design and enantioselective synthesis of P-CABs yielded a diaza-tricyclic compound with moderate inhibitory activity against the gastric proton pump. The eutomer was experimentally confirmed, consistent with pharmacophore predictions, and its binding mode to the gastric proton pump was elucidated cryo-electron microscopy.
履歴
登録2025年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月14日-
マップ公開2026年1月14日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65385.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65385.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.752 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.163
最小 - 最大-1.0457981 - 1.462823
平均 (標準偏差)-0.0000028678232 (±0.024947591)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 338.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_65385_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65385_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_65385_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pig gastric proton pump alpha-beta complex

全体名称: pig gastric proton pump alpha-beta complex
要素
  • 複合体: pig gastric proton pump alpha-beta complex
    • タンパク質・ペプチド: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Potassium-transporting ATPase subunit beta
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: YK01-b
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: water

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超分子 #1: pig gastric proton pump alpha-beta complex

超分子名称: pig gastric proton pump alpha-beta complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha

分子名称: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 108.832141 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NDHQLSVAEL EQKYQTSATK GLSASLAAEL LLRDGPNALR PPRGTPEYVK FARQLAGGLQ CLMWVAAAIC LIAFAIQASE GDLTTDDNL YLALALIAVV VVTGCFGYYQ EFKSTNIIAS FKNLVPQQAT VIRDGDKFQI NADQLVVGDL VEMKGGDRVP A DIRILQAQ ...文字列:
NDHQLSVAEL EQKYQTSATK GLSASLAAEL LLRDGPNALR PPRGTPEYVK FARQLAGGLQ CLMWVAAAIC LIAFAIQASE GDLTTDDNL YLALALIAVV VVTGCFGYYQ EFKSTNIIAS FKNLVPQQAT VIRDGDKFQI NADQLVVGDL VEMKGGDRVP A DIRILQAQ GCKVDNSSLT GESEPQTRSP ECTHESPLET RNIAFFSTMC LEGTAQGLVV NTGDRTIIGR IASLASGVEN EK TPIAIEI EHFVDIIAGL AILFGATFFI VAMCIGYTFL RAMVFFMAIV VAYVPEGLLA TVTVCLSLTA KRLASKNCVV KNL EAVETL GSTSVICS(BFD)K TGTLTQNRMT VSHLWFDNHI HSADTTEDQS GQTFDQSSET WRALCRVLTL CNRAAFKSGQ DAVPVPKRI VIGDASETAL LKFSELTLGN AMGYRERFPK VCEIPFNSTN KFQLSIHTLE DPRDPRHVLV MKGAPERVLE R CSSILIKG QELPLDEQWR EAFQTAYLSL GGLGERVLGF CQLYLSEKDY PPGYAFDVEA MNFPTSGLCF AGLVSMIDPP RA TVPDAVL KCRTAGIRVI MVTGDHPITA KAIAASVGII SEGSETVEDI AARLRVPVDQ VNRKDARACV INGMQLKDMD PSE LVEALR THPEMVFART SPQQKLVIVE SCQRLGAIVA VTGDGVNDSP ALKKADIGVA MGIAGSDAAK NAADMILLDD NFAS IVTGV EQGRLIFDNL KKSIAYTLTK NIPELTPYLI YITVSVPLPL GCITILFIEL CTDIFPSVSL AYEKAESDIM HLRPR NPKR DRLVNEPLAA YSYFQIGAIQ SFAGFTDYFT AMAQEGWFPL LCVGLRPQWE NHHLQDLQDS YGQEWTFGQR LYQQYT CYT VFFISIEMCQ IADVLIRKTR RLSAFQQGFF RNRILVIAIV FQVCIGCFLC YCPGMPNIFN FMPIRFQWWL VPMPFSL LI FVYDEIRKLG VRCCPGSWWD QELYY

UniProtKB: Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha

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分子 #2: Potassium-transporting ATPase subunit beta

分子名称: Potassium-transporting ATPase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 30.374691 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NPDTGQMLGR TLSRWVWISL YYVAFYVVMS GIFALCIYVL MRTIDPYTPD YQDQLKSPGV TLRPDVYGEK GLDISYNVSD STTWAGLAH TLHRFLAGYS PAAQEGSINC TSEKYFFQES FLAPNHTKFS CKFTADMLQN CSGRPDPTFG FAEGKPCFII K MNRIVKFL ...文字列:
NPDTGQMLGR TLSRWVWISL YYVAFYVVMS GIFALCIYVL MRTIDPYTPD YQDQLKSPGV TLRPDVYGEK GLDISYNVSD STTWAGLAH TLHRFLAGYS PAAQEGSINC TSEKYFFQES FLAPNHTKFS CKFTADMLQN CSGRPDPTFG FAEGKPCFII K MNRIVKFL PGNSTAPRVD CAFLDQPRDG PPLQVEYFPA NGTYSLHYFP YYGKKAQPHY SNPLVAAKLL NVPRNRDVVI VC KILAEHV SFDNPHDPYE GKVEFKLKIQ K

UniProtKB: Potassium-transporting ATPase subunit beta

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分子 #3: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: YK01-b

分子名称: YK01-b / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1MA7
分子量理論値: 347.496 Da

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 373 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 177544
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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