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万見
- EMDB-6530: Negative stain EM reconstruction of Bundibugyo virus (BDBV) glyco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6530
タイトルNegative stain EM reconstruction of Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein in complex with a human IgG1 Fab
マップデータReconstruction of Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing transmembrane and cytoplasmic tail, GPdTM) in complex with Fab of BDBV289 human IgG1
試料
  • 試料: Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing transmembrane and cytoplasmic tail, GPdTM) in complex with Fab of BDBV289 human IgG1
  • タンパク質・ペプチド: human IgG1 monoclonal antibody Fab
  • タンパク質・ペプチド: Bundibugyo virus glycoprotein, mucin-deleted
キーワードEbola virus / EBOV / GP / antibody / Bundibugyo virus / BDBV / Fab
生物種Homo sapiens (ヒト) / Ebola virus sp. (エボラウイルス)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Flyak AI / Shen X / Murin CD / Turner HL / Fusco ML / Lampley R / Kose N / Ilinykh PA / Kuzmina N / Branchizio A ...Flyak AI / Shen X / Murin CD / Turner HL / Fusco ML / Lampley R / Kose N / Ilinykh PA / Kuzmina N / Branchizio A / King H / Brown L / Davidson E / Doranz BJ / Slaughter JC / Sapparapu G / Klages C / Ksiazek TG / Saphire EO / Ward AB / Bukreyev A / Crowe JE
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Cross-Reactive and Potent Neutralizing Antibody Responses in Human Survivors of Natural Ebolavirus Infection.
著者: Andrew I Flyak / Xiaoli Shen / Charles D Murin / Hannah L Turner / Joshua A David / Marnie L Fusco / Rebecca Lampley / Nurgun Kose / Philipp A Ilinykh / Natalia Kuzmina / Andre Branchizio / ...著者: Andrew I Flyak / Xiaoli Shen / Charles D Murin / Hannah L Turner / Joshua A David / Marnie L Fusco / Rebecca Lampley / Nurgun Kose / Philipp A Ilinykh / Natalia Kuzmina / Andre Branchizio / Hannah King / Leland Brown / Christopher Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / James C Slaughter / Gopal Sapparapu / Curtis Klages / Thomas G Ksiazek / Erica Ollmann Saphire / Andrew B Ward / Alexander Bukreyev / James E Crowe /
要旨: Recent studies have suggested that antibody-mediated protection against the Ebolaviruses may be achievable, but little is known about whether or not antibodies can confer cross-reactive protection ...Recent studies have suggested that antibody-mediated protection against the Ebolaviruses may be achievable, but little is known about whether or not antibodies can confer cross-reactive protection against viruses belonging to diverse Ebolavirus species, such as Ebola virus (EBOV), Sudan virus (SUDV), and Bundibugyo virus (BDBV). We isolated a large panel of human monoclonal antibodies (mAbs) against BDBV glycoprotein (GP) using peripheral blood B cells from survivors of the 2007 BDBV outbreak in Uganda. We determined that a large proportion of mAbs with potent neutralizing activity against BDBV bind to the glycan cap and recognize diverse epitopes within this major antigenic site. We identified several glycan cap-specific mAbs that neutralized multiple ebolaviruses, including SUDV, and a cross-reactive mAb that completely protected guinea pigs from the lethal challenge with heterologous EBOV. Our results provide a roadmap to develop a single antibody-based treatment effective against multiple Ebolavirus infections.
履歴
登録2015年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月6日-
マップ公開2016年4月6日-
更新2016年4月6日-
現状2016年4月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.48
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.48
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6530.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing transmembrane and cytoplasmic tail, GPdTM) in complex with Fab of BDBV289 human IgG1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å		4.1 Å/pix.
x 80 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.48 / ムービー #1: 4.48
最小 - 最大-6.77167082 - 17.425729749999999
平均 (標準偏差)0.00000235 (±0.99999887)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-6.77217.4260.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing tra...

全体名称: Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing transmembrane and cytoplasmic tail, GPdTM) in complex with Fab of BDBV289 human IgG1
要素
  • 試料: Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing transmembrane and cytoplasmic tail, GPdTM) in complex with Fab of BDBV289 human IgG1
  • タンパク質・ペプチド: human IgG1 monoclonal antibody Fab
  • タンパク質・ペプチド: Bundibugyo virus glycoprotein, mucin-deleted

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超分子 #1000: Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing tra...

超分子名称: Bundibugyo virus (BDBV) glycoprotein (GP) ectodomain (missing transmembrane and cytoplasmic tail, GPdTM) in complex with Fab of BDBV289 human IgG1
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Three Fabs (each consisting of one heavy chain and one light chain) bind to a single GP (consisting of a trimer of heterodimers of GP1 and GP2)
Number unique components: 2
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: human IgG1 monoclonal antibody Fab

分子名称: human IgG1 monoclonal antibody Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Fab
詳細: Fabs were generated by optimized papain proteolysis of IgG1. There are three Fabs bound to each trimeric GP.
コピー数: 3
集合状態: heterodimer (one heavy chain, one light chain)
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: Peripheral blood mononuclear cells
分子量理論値: 50 KDa

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分子 #2: Bundibugyo virus glycoprotein, mucin-deleted

分子名称: Bundibugyo virus glycoprotein, mucin-deleted / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: BDBV GPdTM
詳細: Recombinantly expressed ectodomain of Bundibugyo virus GP. Mucin-like domains were deleted from the expression construct, as were the transmembrane domains and cytoplasmic tail.
コピー数: 1
集合状態: trimer of heterodimers (consisting of covalently linked GP1 and GP2)
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Ebola virus sp. (エボラウイルス) / 株: Bundibugyo virus
分子量理論値: 210 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換細胞: S2 / 組換プラスミド: pMT puro

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2015年3月5日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 59
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 6725

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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