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- EMDB-65259: Cryo-EM structure of the dimeric Elapor1 mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65259
タイトルCryo-EM structure of the dimeric Elapor1 mutant
マップデータ
試料
  • 複合体: Elapor1 mutant
    • タンパク質・ペプチド: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTethering factor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of autophagosome assembly / autophagosome assembly / cellular response to starvation / trans-Golgi network / late endosome / lysosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EIG121-like / : / : / : / : / : / ELAPOR1-like, galactose binding domain / ELAPOR1-like, galactose-binding domain / ELAPOR1-like, mannose 6-phosphate receptor homology domain / ELAPOR1-like, C-terminal domain ...EIG121-like / : / : / : / : / : / ELAPOR1-like, galactose binding domain / ELAPOR1-like, galactose-binding domain / ELAPOR1-like, mannose 6-phosphate receptor homology domain / ELAPOR1-like, C-terminal domain / ELAPOR1-like, TNF receptor-like / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Putative ephrin-receptor like / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ma J / Zheng S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: ELAPOR1 is a copper-dependent tethering factor driving proacrosomal vesicle fusion during acrosome biogenesis.
著者: Tianyu Shao / Jiahao Ma / Xinshui Tan / Hongcheng Shan / Dan Xu / Kexin Zhang / Sanduo Zheng / Fengchao Wang /
要旨: The acrosome is a crucial organelle essential for sperm function and male fertility. During acrosome biogenesis, numerous proacrosomal vesicles (PAVs) are transported to the concave region of the ...The acrosome is a crucial organelle essential for sperm function and male fertility. During acrosome biogenesis, numerous proacrosomal vesicles (PAVs) are transported to the concave region of the nuclear membrane and fuse to form the acrosome. However, the mechanisms governing the fusion of PAVs to form the acrosome remain poorly understood. Here, we identify endosome-lysosome associated apoptosis and autophagy regulator 1 (ELAPOR1), a conserved protein, as a key factor in PAVs fusion during acrosome biogenesis. Male mice lacking () are infertile, exhibiting defective acrosome biogenesis and a globozoospermia-like phenotype. Using cryo-electron microscopy revealed that ELAPOR1 forms a square planar homodimer in cis, which assembles into a trans-tetramer via head-to-head homophilic interactions dependent on copper chelation. Notably, ELAPOR1 exhibits dual membrane orientation, with a predicted N - C topology and a noncanonical N - C topology in vesicles. The noncanonical N - C topology enables ELAPOR1 to function as a tethering factor bridging vesicles through head-to-head homophilic interactions. A mutant ELAPOR1 (ELAPOR1) incapable of copper chelation forms cis homodimers but fails to mediate homophilic interactions in vitro, leading to defective PAVs fusion in mice, phenocopying the -deficient mice. Additionally, ELAPOR1 was shown to interact with soluble N-ethylmaleimide sensitive factor attachment protein receptors protein STX12. Conditional knockout of in germ cells resulted in similar defects in acrosome biogenesis. Collectively, our findings suggest that ELAPOR1 functions as a tethering factor that regulates PAV fusion through a copper-dependent mechanism.
履歴
登録2025年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65259.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 326.1 Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 326.1 Å		1.09 Å/pix.
x 300 pix.
= 326.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-2.4240885 - 3.317913
平均 (標準偏差)-0.0015328772 (±0.05691853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 326.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65259_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65259_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Elapor1 mutant

全体名称: Elapor1 mutant
要素
  • 複合体: Elapor1 mutant
    • タンパク質・ペプチド: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Elapor1 mutant

超分子名称: Elapor1 mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1

分子名称: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 110.429422 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSHHHH HHSGMGPELA ACKESEYAFE YTACDSTGSR WRVAVPASPG LCTSLPDPVK GTECSFSCN AGEFLDMKDQ SCKPCAEGRY SLGTGIRFDE WDELPHGFAS LSANLEVDDS ISESTENCTS SKWVPRGDYI A SNTDECTA ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSHHHH HHSGMGPELA ACKESEYAFE YTACDSTGSR WRVAVPASPG LCTSLPDPVK GTECSFSCN AGEFLDMKDQ SCKPCAEGRY SLGTGIRFDE WDELPHGFAS LSANLEVDDS ISESTENCTS SKWVPRGDYI A SNTDECTA TLMYAVNLKQ SGTVNFEYYY PDSSIIFEFF VQNDQCQPSA DDSRWMKTTE KGWEFHSVEL NRGNNVLYWR TT AFSVWSK VSKPVLVRNI AITGVAYTSE CFPCKPGTYA AKQGSPFCKL CPANYYSNKG ETSCAPCDAD KYSEKGSSTC KVR PACTDK DYFYTHTACD AQGETQLMYK WAIPKICGED LEGAVKLPAS GVKTRCPPCN PGFFKTDNST CEPCPYGSYS NGSD CTHCP AGTEPAVGFE YKWWNTLPSN METTVLSGIN FEYKGLTGWE VAGDHIYTAV GASDNDFMIL TLVVPGFRPP QSVVA DTEN KEVARITFVF ETICSVNCEL YFMVGMNSRT NTPVETWKGT KGKQSYTYTI EENATVSFTW AFQRTTLHET GRKYTN DVA KIYSINVTNV MGGVASYCRP CALEASDLGS SCTSCPAGHY INRDSGTCHL CPSNTILKAH QPYGAQACVP CGPGTKN NK IHSLCYNDCT FSRNTPSRIF NYNFSALAGT VSLAGVPSFT SKGLKYFHHF TLSLCGNQGK KMAVCTDNVT DLRIPDGE A GFSKSVTAYV CQVVIIPSEV MGYKAGVSSQ PVSLADRLVG VSTDMTLEGI VSPVELFHPE TSGIPDIVFF FRSNDVTQS CSSGRSTTIR LRCNPMKAAP GTLRLPSMCS DGTCDGCNFH FLWESVAACP LCSASDYHTF VSSCVAGIQK TTYMWREPKL CSGGISLPE QRVTICKTID FWLKVGISAG TCTAILLTVL TCYFWKKNQK LEYKYSKLVM NATLKDCDLP AADSCAIMEG E DVEDDFIF TSKKSLFGKI KSFTSKRTPD GFDSVPLKTS SGGPDMDM

UniProtKB: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: alphafold predicted model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 196230
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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