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- EMDB-65215: Bacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65215
タイトルBacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: Non-homologous end joining protein Ku
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
キーワードNon homologous end joining / DNA bridging / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Non-homologous end joining protein Ku, prokaryotic type / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-stranded DNA binding / DNA recombination / Non-homologous end joining protein Ku
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Kim WJ / Kim MS
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structure of Bacillus subtilis Ku-mediated DNA synaptic complex.
著者: Whan-Jong Kim / Jieun Kim / Mingyu Jo / Youngjin Kim / Min-Sung Kim /
要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) pose a severe threat to genomic integrity, and cells rely on two major pathways for repair: homologous recombination and non-homologous end joining (NHEJ). While ...DNA double-strand breaks (DSBs) pose a severe threat to genomic integrity, and cells rely on two major pathways for repair: homologous recombination and non-homologous end joining (NHEJ). While eukaryotic NHEJ requires a multi-component assembly including the Ku70/80 heterodimer, bacterial NHEJ operates with a simpler toolkit comprising a Ku homodimer and the multifunctional LigD. Despite this simplicity, the mechanism by which broken DNA ends are bridged together has remained unclear in bacterial NHEJ. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the Bacillus subtilis Ku (bsKu)-DNA complex at 2.74 Å resolution, capturing two blunt DNA ends bridged by a Ku protein alone. Supported by further biochemical assays, we propose an integrated model in which oligomeric arrays of Ku homodimers bridge and stabilize two DNA ends, facilitating efficient DSB repair in Bacillus subtilis. This work reveals a bsKu-mediated DNA bridging mechanism distinct from the eukaryotic system and provides critical structural insight into prokaryotic DNA repair.
履歴
登録2025年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65215.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65215.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.92 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.92 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 329.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8248 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.066
最小 - 最大-0.3744026 - 0.6676028
平均 (標準偏差)-0.000078022334 (±0.012054259)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 329.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65215_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65215_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA

全体名称: Bacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA
要素
  • 複合体: Bacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA
    • タンパク質・ペプチド: Non-homologous end joining protein Ku
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)

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超分子 #1: Bacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA

超分子名称: Bacillus Subtilis Ku core homodimer complexed with double strand DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)

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分子 #1: Non-homologous end joining protein Ku

分子名称: Non-homologous end joining protein Ku / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (枯草菌)
分子量理論値: 26.052652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHTMWKGSIS FGLVNIPIKL YAATEDKDIK LRSLHKEDHA PIKYEKVCTN CEKTLSPDEI VKGYEYVKGK YVVLTDEDLK SLKQEHEEK AVEIVDFVQL QEIDPIYFNR SYFVGPGDNG TKAYTLLREA LRSTGKIGIA NMTIRSKQQL AILRVYENCI V MESIHYPD ...文字列:
MHTMWKGSIS FGLVNIPIKL YAATEDKDIK LRSLHKEDHA PIKYEKVCTN CEKTLSPDEI VKGYEYVKGK YVVLTDEDLK SLKQEHEEK AVEIVDFVQL QEIDPIYFNR SYFVGPGDNG TKAYTLLREA LRSTGKIGIA NMTIRSKQQL AILRVYENCI V MESIHYPD EVRSAAQVPG VPDQSNVNDK ELQTAITLID ELTAKFEPEK YEDTYRQALL QRVNDKLEN

UniProtKB: Non-homologous end joining protein Ku

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分子 #2: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.616208 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG) (DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DG) (DT)(DA)

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分子 #3: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.447097 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 156247
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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