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万見
- EMDB-65195: Human PIEZO1-E756del-MDFIC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65195
タイトルHuman PIEZO1-E756del-MDFIC
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of hPIEZO1-E756del and MDFIC
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
    • タンパク質・ペプチド: MyoD family inhibitor domain-containing protein
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードComplex of human PIEZO1-E756del and MDFIC / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / positive regulation of viral transcription / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / Tat protein binding / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway ...mechanosensitive monoatomic cation channel activity / positive regulation of viral transcription / cuticular plate / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / detection of mechanical stimulus / positive regulation of integrin activation / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / Tat protein binding / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of JNK cascade / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / negative regulation of protein import into nucleus / positive regulation of myotube differentiation / lamellipodium membrane / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cyclin binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / endoplasmic reticulum / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / MyoD family inhibitor / : / : / : / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain ...MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / MyoD family inhibitor / : / : / : / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit
類似検索 - ドメイン・相同性
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / MyoD family inhibitor domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang MF / Pei DQ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92068201 中国
Other government2024SSYS0031
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human PIEZO1 and its slow inactivating channelopathy mutants
著者: Pei DQ / Zhang MF
履歴
登録2025年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65195.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 800 pix.
= 456. Å		0.57 Å/pix.
x 800 pix.
= 456. Å		0.57 Å/pix.
x 800 pix.
= 456. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.57 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.38530588 - 0.5963151
平均 (標準偏差)-0.00018106638 (±0.009806939)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 456.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_65195_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_65195_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_65195_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of hPIEZO1-E756del and MDFIC

全体名称: Complex of hPIEZO1-E756del and MDFIC
要素
  • 複合体: Complex of hPIEZO1-E756del and MDFIC
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1
    • タンパク質・ペプチド: MyoD family inhibitor domain-containing protein
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: Complex of hPIEZO1-E756del and MDFIC

超分子名称: Complex of hPIEZO1-E756del and MDFIC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

分子名称: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 287.094062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEPHVLGAVL YWLLLPCALL AACLLRFSGL SLVYLLFLLL LPWFPGPTRC GLQGHTGRLL RALLGLSLLF LVAHLALQIC LHIVPRLDQ LLGPSCSRWE TLSRHIGVTR LDLKDIPNAI RLVAPDLGIL VVSSVCLGIC GRLARNTRQS PHPRELDDDE R DVDASPTA ...文字列:
MEPHVLGAVL YWLLLPCALL AACLLRFSGL SLVYLLFLLL LPWFPGPTRC GLQGHTGRLL RALLGLSLLF LVAHLALQIC LHIVPRLDQ LLGPSCSRWE TLSRHIGVTR LDLKDIPNAI RLVAPDLGIL VVSSVCLGIC GRLARNTRQS PHPRELDDDE R DVDASPTA GLQEAATLAP TRRSRLAARF RVTAHWLLVA AGRVLAVTLL ALAGIAHPSA LSSVYLLLFL ALCTWWACHF PI STRGFSR LCVAVGCFGA GHLICLYCYQ MPLAQALLPP AGIWARVLGL KDFVGPTNCS SPHALVLNTG LDWPVYASPG VLL LLCYAT ASLRKLRAYR PSGQRKEAAK GYEARELELA ELDQWPQERE SDQHVVPTAP DTEADNCIVH ELTGQSSVLR RPVR PKRAE PREASPLHSL GHLIMDQSYV CALIAMMVWS ITYHSWLTFV LLLWACLIWT VRSRHQLAML CSPCILLYGM TLCCL RYVW AMDLRPELPT TLGPVSLRQL GLEHTRYPCL DLGAMLLYTL TFWLLLRQFV KEKLLKWAES PAALTEVTVA DTEPTR TQT LLQSLGELVK GVYAKYWIYV CAGMFIVVSF AGRLVVYKIV YMFLFLLCLT LFQVYYSLWR KLLKAFWWLV VAYTMLV LI AVYTFQFQDF PAYWRNLTGF TDEQLGDLGL EQFSVSELFS SILVPGFFLL ACILQLHYFH RPFMQLTDME HVSLPGTR L PRWAHRQDAV SGTPLLREEQ QEHQQQQQEE EEEEEDSRDE GLGVATPHQA TQVPEGAAKW GLVAERLLEL AAGFSDVLS RVQVFLRRLL ELHVFKLVAL YTVWVALKEV SVMNLLLVVL WAFALPYPRF RPMASCLSTV WTCVIIVCKM LYQLKVVNPQ EYSSNCTEP FPNSTNLLPT EISQSLLYRG PVDPANWFGV RKGFPNLGYI QNHLQVLLLL VFEAIVYRRQ EHYRRQHQLA P LPAQAVFA SGTRQQLDQD LLGCLKYFIN FFFYKFGLEI CFLMAVNVIG QRMNFLVTLH GCWLVAILTR RHRQAIARLW PN YCLFLAL FLLYQYLLCL GMPPALCIDY PWRWSRAVPM NSALIKWLYL PDFFRAPNST NLISDFLLLL CASQQWQVFS AER TEEWQR MAGVNTDRLE PLRGEPNPVP NFIHCRSYLD MLKVAVFRYL FWLVLVVVFV TGATRISIFG LGYLLACFYL LLFG TALLQ RDTRARLVLW DCLILYNVTV IISKNMLSLL ACVFVEQMQT GFCWVIQLFS LVCTVKGYYD PKEMMDRDQD CLLPV EEAG IIWDSVCFFF LLLQRRVFLS HYYLHVRADL QATALLASRG FALYNAANLK SIDFHRRIEE KSLAQLKRQM ERIRAK QEK HRQGRVDRSR PQDTLGPKDP GLEPGPDSPG GSSPPRRQWW RPWLDHATVI HSGDYFLFES DSEEEEEAVP EDPRPSA QS AFQLAYQAWV TNAQAVLRRR QQEQEQARQE QAGQLPTGGG PSQEVEPAEG PEEAAAGRSH VVQRVLSTAQ FLWMLGQA L VDELTRWLQE FTRHHGTMSD VLRAERYLLT QELLQGGEVH RGVLDQLYTS QAEATLPGPT EAPNAPSTVS SGLGAEEPL SSMTDDMGSP LSTGYHTRSG SEEAVTDPGE REAGASLYQG LMRTASELLL DRRLRIPELE EAELFAEGQG RALRLLRAVY QCVAAHSEL LCYFIIILNH MVTASAGSLV LPVLVFLWAM LSIPRPSKRF WMTAIVFTEI AVVVKYLFQF GFFPWNSHVV L RRYENKPY FPPRILGLEK TDGYIKYDLV QLMALFFHRS QLLCYGLWDH EEDSPSKEHD KSGEEEQGAE EGPGVPAATT ED HIQVEAR VGPTDGTPEP QVELRPRDTR RISLRFRRRK KEGPARKGAA AIEAEDREEE EGEEEKEAPT GREKRPSRSG GRV RAAGRR LQGFCLSLAQ GTYRPLRRFF HDILHTKYRA ATDVYALMFL ADVVDFIIII FGFWAFGKHS AATDITSSLS DDQV PEAFL VMLLIQFSTM VVDRALYLRK TVLGKLAFQV ALVLAIHLWM FFILPAVTER MFNQNVVAQL WYFVKCIYFA LSAYQ IRCG YPTRILGNFL TKKYNHLNLF LFQGFRLVPF LVELRAVMDW VWTDTTLSLS SWMCVEDIYA NIFIIKCSRE TEKKYP QPK GQKKKKIVKY GMGGLIILFL IAIIWFPLLF MSLVRSVVGV VNQPIDVTVT LKLGGYEPLF TMSAQQPSII PFTAQAY EE LSRQFDPQPL AMQFISQYSP EDIVTAQIEG SSGALWRISP PSRAQMKREL YNGTADITLR FTWNFQRDLA KGGTVEYA N EKHMLALAPN STARRQLASL LEGTSDQSVV IPNLFPKYIR APNGPEANPV KQLQPNEEAD YLGVRIQLRR EQGAGATGF LEWWVIELQE CRTDCNLLPM VIFSDKVSPP SLGFLAGYGI MGLYVSIVLV IGKFVRGFFS EISHSIMFEE LPCVDRILKL CQDIFLVRE TRELELEEEL YAKLIFLYRS PETMIKWTRE KE

UniProtKB: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1

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分子 #2: MyoD family inhibitor domain-containing protein

分子名称: MyoD family inhibitor domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.814113 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGAGEALAP GPVGPQRVAE AGGGQLGSTA QGKCDKDNTE KDITQATNSH FTHGEMQDQS IWGNPSDGEL IRTQPQRLPQ LQTSAQVPS GEEIGKIKNG HTGLSNGNGI HHGAKHGSAD NRKLSAPVSQ KMHRKIQSSL SVNSDISKKS KVNAVFSQKT G SSPEDCCV ...文字列:
MSGAGEALAP GPVGPQRVAE AGGGQLGSTA QGKCDKDNTE KDITQATNSH FTHGEMQDQS IWGNPSDGEL IRTQPQRLPQ LQTSAQVPS GEEIGKIKNG HTGLSNGNGI HHGAKHGSAD NRKLSAPVSQ KMHRKIQSSL SVNSDISKKS KVNAVFSQKT G SSPEDCCV HCILACLFCE FLTLCNIVLG QASCGICTSE ACCCCCGDEM GDDCNCPCDM DCGIMDACCE SSDCLEICME CC GICFPS

UniProtKB: MyoD family inhibitor domain-containing protein

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分子 #3: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 15 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

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分子 #4: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadeca...

分子名称: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: L9Q
分子量理論値: 746.05 Da
Chemical component information

ChemComp-L9Q:
(1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / [S,(-)]-1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-D-グリセロ-ル3-(りん酸2-アミノエチル)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7wlt

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 40207
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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