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万見
- EMDB-6519: Structure and function of outer dynein intermediate and light cha... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6519
タイトルStructure and function of outer dynein intermediate and light chain complex
マップデータStreptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme
試料
  • 試料: Streptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme
キーワードcilia and flagella / axoneme / outer dynein arm / intermediate chain / light chain
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 47.0 Å
データ登録者Oda T / Abe T / Yanagisawa H / Kikkawa M
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2016
タイトル: Structure and function of outer dynein arm intermediate and light chain complex.
著者: Toshiyuki Oda / Tatsuki Abe / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa /
要旨: The outer dynein arm (ODA) is a molecular complex that drives the beating motion of cilia/flagella. Chlamydomonas ODA is composed of three heavy chains (HCs), two ICs, and 11 light chains (LCs). ...The outer dynein arm (ODA) is a molecular complex that drives the beating motion of cilia/flagella. Chlamydomonas ODA is composed of three heavy chains (HCs), two ICs, and 11 light chains (LCs). Although the three-dimensional (3D) structure of the whole ODA complex has been investigated, the 3D configurations of the ICs and LCs are largely unknown. Here we identified the 3D positions of the two ICs and three LCs using cryo-electron tomography and structural labeling. We found that these ICs and LCs were all localized at the root of the outer-inner dynein (OID) linker, designated the ODA-Beak complex. Of interest, the coiled-coil domain of IC2 extended from the ODA-Beak to the outer surface of ODA. Furthermore, we investigated the molecular mechanisms of how the OID linker transmits signals to the ODA-Beak, by manipulating the interaction within the OID linker using a chemically induced dimerization system. We showed that the cross-linking of the OID linker strongly suppresses flagellar motility in vivo. These results suggest that the ICs and LCs of the ODA form the ODA-Beak, which may be involved in mechanosignaling from the OID linker to the HCs.
履歴
登録2015年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年12月9日-
マップ公開2016年2月24日-
更新2016年2月24日-
現状2016年2月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 272
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 272
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6519.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6519.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 19 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Streptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.07 Å/pix.
x 170 pix.
= 1031.9 Å		6.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 1214. Å		6.07 Å/pix.
x 150 pix.
= 910.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 272.0 / ムービー #1: 272
最小 - 最大0.0 - 516.597290039999962
平均 (標準偏差)123.139907840000006 (±124.501945500000005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200150170
Spacing200150170
セルA: 910.5 Å / B: 1214.0 Å / C: 1031.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.076.076.07
M x/y/z150200170
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z910.5001214.0001031.900
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS150200170
D min/max/mean0.000516.597123.140

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Streptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme

全体名称: Streptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme
要素
  • 試料: Streptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme

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超分子 #1000: Streptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme

超分子名称: Streptavidin-labeled IC2M482BCCP axoneme / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: axoneme

超分子名称: axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 30 mM Hepes-NaOH pH 7.2, 5 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol, 1 mM EGTA, 50 mM K-acetate
グリッド詳細: 300 mesh copper grid, holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2015年5月7日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 25700
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細Number of tilts (projections) used in 3D reconstruction: 60 Tomographic tilt angle increment: 2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 47.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET / 使用したサブトモグラム数: 940

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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