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- EMDB-65038: Structure of mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65038
タイトルStructure of mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: VH
    • タンパク質・ペプチド: VL
  • リガンド: STEARIC ACID
キーワードcoxsackievirus A6 / KRM1 / receptor / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / virion component / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / virion component / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / : / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein ...Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / : / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Ke X / Li X / Liu Z / Liu K / Yan X / Shu B / Zhang C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab
著者: Ke X / Li X / Liu Z / Liu K / Yan X / Shu B / Zhang C
履歴
登録2025年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65038.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 600 pix.
= 570. Å		0.95 Å/pix.
x 600 pix.
= 570. Å		0.95 Å/pix.
x 600 pix.
= 570. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.24918287 - 0.71202445
平均 (標準偏差)0.003534216 (±0.041842103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 570.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65038_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65038_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab

全体名称: mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab
要素
  • 複合体: mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: VH
    • タンパク質・ペプチド: VL
  • リガンド: STEARIC ACID

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超分子 #1: mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab

超分子名称: mature CVA6 virus complexed with 1F4 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: Purified Coxsackievirus A6 (CV-A6) virions were combined with 1F4 Fab at a 1:120 molar ratio (virus:protein) in PBS (pH 7.4). The binding reaction was carried out at room temperature for 30 ...詳細: Purified Coxsackievirus A6 (CV-A6) virions were combined with 1F4 Fab at a 1:120 molar ratio (virus:protein) in PBS (pH 7.4). The binding reaction was carried out at room temperature for 30 minutes to allow complex formation. Immediately following incubation, samples were rapidly vitrified for cryo-EM analysis by plunge-freezing in liquid ethane.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 33.568379 KDa
配列文字列: NDPITNAVES AVSALADTTI SRVTAANTAA STHSLGTGRV PALQAAETGA SSNSSDENLI ETRCVMNRNG VNEASVEHFY SRAGLVGVV EVKDSGTSLD GYTVWPIDVM GFVQQRRKLE LSTYMRFDAE FTFVSNLNNS TTPGMLLQYM YVPPGAPKPD S RKSYQWQT ...文字列:
NDPITNAVES AVSALADTTI SRVTAANTAA STHSLGTGRV PALQAAETGA SSNSSDENLI ETRCVMNRNG VNEASVEHFY SRAGLVGVV EVKDSGTSLD GYTVWPIDVM GFVQQRRKLE LSTYMRFDAE FTFVSNLNNS TTPGMLLQYM YVPPGAPKPD S RKSYQWQT ATNPSVFAKL SDPPPQVSVP FMSPATAYQW FYDGYPTFGE HKQATNLQYG QCPNNMMGHF AIRTVSESTT GK NIHVRVY MRIKHVRAWV PRPLRSQAYM VKNYPTYSQT ITNTATDRAS ITTTDYEGGV PASPQRTS

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 28.138604 KDa
配列文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPE YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDT GVFGQNAQFH YLYRSGFCMH VQCNASKFHQ GALLVAAIPE FVIAASSPAT KPNSQGLYPD FAHTNPGKDG Q EFRDPYVL ...文字列:
SPSVEACGYS DRVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPE YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDT GVFGQNAQFH YLYRSGFCMH VQCNASKFHQ GALLVAAIPE FVIAASSPAT KPNSQGLYPD FAHTNPGKDG Q EFRDPYVL DAGIPLSQAL IFPHQWINLR TNNCATIIMP YINALPFDSA LNHSNFGLVV IPISPLKYCN GATTEVPITL TI APLNSEF SGLRQAIKQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.32476 KDa
配列文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCQVE TILEVNNTTG TTGVSRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPTTREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP ...文字列:
GFPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCQVE TILEVNNTTG TTGVSRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPTTREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP WISNTHFRAV KTGGVYDYYA TGIVTIWYQT NFVVPPDTPT EANIIALGAA QKNFTLKLCK DTDEIQQTAE YQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 7.503163 KDa
配列文字列:
MGAQVSTQKS GSHETRNVAT EGSTINFTNI NYYKDSYAAS ASRQDFAQDP AKFTRPVLDA IREAAAPLQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: VH

分子名称: VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.667063 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
QVQLQQSGAE LVKPGASVKL SCKASGYTFT SYYMYWVKQR PGQGLEWIGE INPSNGGTNF NEKFKSKATL TVDKSSSTAY MQLSSLTSE DSAVYYCTRY GNYAYWGQGT LVTVSA

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分子 #6: VL

分子名称: VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.676889 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIQMTQSPAS LSVSVGETVT ITCRASENIY SNLAWYQQKQ GKSPQLLVYA ATNLADGVPS RFSGSGSGTQ YSLKINSLQS EDFGSYYCQ HFWGTPWTFG GGTKLEIK

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分子 #7: STEARIC ACID

分子名称: STEARIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: STE
分子量理論値: 284.477 Da
Chemical component information

ChemComp-STE:
STEARIC ACID

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 273.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
実像数: 4570 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 153424
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: AB-initio reconstructuction in cryoSPARC (V4.5.3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 81877
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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