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- EMDB-65011: The composite cryo-EM structure of bacteriophage SPO1 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65011
タイトルThe composite cryo-EM structure of bacteriophage SPO1 capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Gp6.1
    • タンパク質・ペプチド: Gp29.2
    • タンパク質・ペプチド: Gp2.7
    • タンパク質・ペプチド: Gp36.3
キーワードSPO1 / Phage / Capsid / VIRUS
機能・相同性Protein of unknown function DUF5309 / SU10 major capsid protein / membrane / Gp36.3 / Gp29.2 / Gp2.7 / Gp6.1
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage SPO1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhao X / Wang A / Wang Y / Kang Y / Shao Q / Li L / Zheng Y / Hu H / Li X / Fan H ...Zhao X / Wang A / Wang Y / Kang Y / Shao Q / Li L / Zheng Y / Hu H / Li X / Fan H / Cai C / Liu B / Fang Q
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Capsid structure of phage SPO1 reveals novel minor capsid proteins and insights into capsid stabilization
著者: Zhao X / Wang A / Wang Y / Kang Y / Shao Q / Li L / Zheng Y / Hu H / Li X / Fan H / Cai C / Liu B / Fang Q
履歴
登録2025年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65011.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 1008 pix.
= 1382.976 Å		1.37 Å/pix.
x 1008 pix.
= 1382.976 Å		1.37 Å/pix.
x 1008 pix.
= 1382.976 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.372 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011
最小 - 最大-0.062363453 - 0.11162624
平均 (標準偏差)0.0000962817 (±0.0035669745)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-504-504-504
サイズ100810081008
Spacing100810081008
セルA=B=C: 1382.976 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacillus phage SPO1

全体名称: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Gp6.1
    • タンパク質・ペプチド: Gp29.2
    • タンパク質・ペプチド: Gp2.7
    • タンパク質・ペプチド: Gp36.3

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超分子 #1: Bacillus phage SPO1

超分子名称: Bacillus phage SPO1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2884427 / 生物種: Bacillus phage SPO1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1050.0 Å

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分子 #1: Gp6.1

分子名称: Gp6.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
分子量理論値: 51.445043 KDa
配列文字列: MNFGNGVNGF GNGSQADVDA LNKALEAGHT VNPLDLEGGG AFRVESLERS LHNLSFTDQH IKFWKKIPKQ KAYSTVEQYG QLLDYGRSQ GAFVGEGVLP DTNDSTYARK AAFVKFLGTT REVTHPMTLV NSAFGNVIAR QNKDGILWML KQIEQALFWG D SKLAPGGQ ...文字列:
MNFGNGVNGF GNGSQADVDA LNKALEAGHT VNPLDLEGGG AFRVESLERS LHNLSFTDQH IKFWKKIPKQ KAYSTVEQYG QLLDYGRSQ GAFVGEGVLP DTNDSTYARK AAFVKFLGTT REVTHPMTLV NSAFGNVIAR QNKDGILWML KQIEQALFWG D SKLAPGGQ EGLQFDGINK MIDPENTIDL KGNYLEEKHI NWGSQLILQN YGTPTDLMLP FEVMGQFSQE FFPKERVIMP TN DGYQAGV VVNKFMTHGG EVDFTPNLFL NKTTPLNMNA SSQKAPAPGT LAAEIGTAND AEFGKQTGGG AGVYKYAVTF NNS HGESVP SNIVDVTIAN EDVAKGVKLT ITNPVSTAFP VEYIKVYRSE KDGQRLYEVA KFAVTTDNSG GVTEHTDKCE ILAN TYTAF MGEMSEEVIA FKQLTPMMKM DLATLGPVIR WMILMYGVPV MYAPKKFMKY TNIKADVPGY IGN

UniProtKB: Gp6.1

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分子 #2: Gp29.2

分子名称: Gp29.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
分子量理論値: 19.837922 KDa
配列文字列:
MLFKYIHDVN AKVEEGRRYL SDVVRVALDK EETTDPDTQE VTSTSYRVTA YPVVQVGEEE VPYIPVHPKT AEPGQKVTVP TYDVPEKLP VLVRGRNPEA TGDYDDHIWV TEEVEVRPLV DEVFKEDEFE KARLYYENVA AQLAEGDDIR HYYRKDLDRE A GHYSVSRY PSF

UniProtKB: Gp29.2

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分子 #3: Gp2.7

分子名称: Gp2.7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
分子量理論値: 6.380301 KDa
配列文字列:
MTKLRLITGT VYTEMSAAEV RSYLQRGSKA GTINGYEDEA KTVPILISVE SIEYIYL

UniProtKB: Gp2.7

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分子 #4: Gp36.3

分子名称: Gp36.3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPO1 (ファージ)
分子量理論値: 10.812946 KDa
配列文字列:
MNHNIQDLQM HANEVCRQIG AKAVQDYLKK VDPDMVLAYS DERGYFIFDP NEEPPTGSGN GETASQVELY IDLTKPLEGA DFRRYESPN PSTITLP

UniProtKB: Gp36.3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 26.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 626340
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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