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- EMDB-64998: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64998
タイトルThe cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex
マップデータresample on EMD-35577
試料
  • 複合体: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor
キーワードPiezo1 / mechanosensitive channel / MDFI / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / trophoblast giant cell differentiation / embryonic skeletal system morphogenesis / dorsal/ventral axis specification / maintenance of protein location in cell / positive regulation of integrin activation / detection of mechanical stimulus / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / mechanosensitive monoatomic ion channel activity ...mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / trophoblast giant cell differentiation / embryonic skeletal system morphogenesis / dorsal/ventral axis specification / maintenance of protein location in cell / positive regulation of integrin activation / detection of mechanical stimulus / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of JNK cascade / positive regulation of myotube differentiation / negative regulation of Wnt signaling pathway / lamellipodium membrane / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein sequestering activity / regulation of membrane potential / cellular response to mechanical stimulus / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit ...MyoD family inhibitor/MyoD family inhibitor domain-containing protein / Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / : / : / : / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit / Piezo TM1-24 / Piezo, THU9 and anchor domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1 / Green fluorescent protein / MyoD family inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Zhang Y / Dai F
資金援助 中国, オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022ZD0207400 中国
Australian Research Council (ARC)FT220100159 オーストラリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2026
タイトル: MDFIC2 is a sensory neuron-specific PIEZO channel auxiliary subunit
著者: Zhang Y / Dai F
履歴
登録2025年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64998.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈resample on EMD-35577
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 380 pix.
= 400.9 Å		1.06 Å/pix.
x 380 pix.
= 400.9 Å		1.06 Å/pix.
x 380 pix.
= 400.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-1.5878367 - 2.8399282
平均 (標準偏差)0.008537338 (±0.056676805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 400.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: resample on EMD-35577

ファイルemd_64998_half_map_1.map
注釈resample on EMD-35577
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: resample on EMD-35577

ファイルemd_64998_half_map_2.map
注釈resample on EMD-35577
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex

全体名称: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex
要素
  • 複合体: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein
    • タンパク質・ペプチド: Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor

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超分子 #1: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex

超分子名称: The cryo-EM structure of mouse Piezo1-MDFI complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluores...

分子名称: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1,Green fluorescent protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 322.403781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEPHVLGAGL YWLLLPCTLL AASLLRFNAL SLVYLLFLLL LPWLPGPSRH SIPGHTGRLL RALLCLSLLF LVAHLAFQIC LHTVPHLDQ FLGQNGSLWV KVSQHIGVTR LDLKDIFNTT RLVAPDLGVL LASSLCLGLC GRLTRKAGQS RRTQELQDDD D DDDDDDED ...文字列:
MEPHVLGAGL YWLLLPCTLL AASLLRFNAL SLVYLLFLLL LPWLPGPSRH SIPGHTGRLL RALLCLSLLF LVAHLAFQIC LHTVPHLDQ FLGQNGSLWV KVSQHIGVTR LDLKDIFNTT RLVAPDLGVL LASSLCLGLC GRLTRKAGQS RRTQELQDDD D DDDDDDED IDAAPAVGLK GAPALATKRR LWLASRFRVT AHWLLMTSGR TLVIVLLALA GIAHPSAFSS IYLVVFLAIC TW WSCHFPL SPLGFNTLCV MVSCFGAGHL ICLYCYQTPF IQDMLPPGNI WARLFGLKNF VDLPNYSSPN ALVLNTKHAW PIY VSPGIL LLLYYTATSL LKLHKSCPSE LRKETPREDE EHELELDHLE PEPQARDATQ GEMPMTTEPD LDNCTVHVLT SQSP VRQRP VRPRLAELKE MSPLHGLGHL IMDQSYVCAL IAMMVWSIMY HSWLTFVLLL WACLIWTVRS RHQLAMLCSP CILLY GLTL CCLRYVWAME LPELPTTLGP VSLHQLGLEH TRYPCLDLGA MLLYLLTFWL LLRQFVKEKL LKKQKVPAAL LEVTVA DTE PTQTQTLLRS LGELVTGIYV KYWIYVCAGM FIVVSFAGRL VVYKIVYMFL FLLCLTLFQV YYTLWRKLLR VFWWLVV AY TMLVLIAVYT FQFQDFPTYW RNLTGFTDEQ LGDLGLEQFS VSELFSSILI PGFFLLACIL QLHYFHRPFM QLTDLEHV P PPGTRHPRWA HRQDAVSEAP LLEHQEEEEV FREDGQSMDG PHQATQVPEG TASKWGLVAD RLLDLAASFS AVLTRIQVF VRRLLELHVF KLVALYTVWV ALKEVSVMNL LLVVLWAFAL PYPRFRPMAS CLSTVWTCII IVCKMLYQLK IVNPHEYSSN CTEPFPNNT NLQPLEINQS LLYRGPVDPA NWFGVRKGYP NLGYIQNHLQ ILLLLVFEAV VYRRQEHYRR QHQQAPLPAQ A VCADGTRQ RLDQDLLSCL KYFINFFFYK FGLEICFLMA VNVIGQRMNF MVILHGCWLV AILTRRRREA IARLWPNYCL FL TLFLLYQ YLLCLGMPPA LCIDYPWRWS KAIPMNSALI KWLYLPDFFR APNSTNLISD FLLLLCASQQ WQVFSAERTE EWQ RMAGIN TDHLEPLRGE PNPIPNFIHC RSYLDMLKVA VFRYLFWLVL VVVFVAGATR ISIFGLGYLL ACFYLLLFGT TLLQ KDTRA QLVLWDCLIL YNVTVIISKN MLSLLSCVFV EQMQSNFCWV IQLFSLVCTV KGYYDPKEMM TRDRDCLLPV EEAGI IWDS ICFFFLLLQR RIFLSHYFLH VSADLKATAL QASRGFALYN AANLKSINFH RQIEEKSLAQ LKRQMKRIRA KQEKYR QSQ ASRGQLQSKD PQDPSQEPGP DSPGGSSPPR RQWWRPWLDH ATVIHSGDYF LFESDSEEEE EALPEDPRPA AQSAFQM AY QAWVTNAQTV LRQRRERARQ ERAEQLASGG DLNPDVEPVD VPEDEMAGRS HMMQRVLSTM QFLWVLGQAT VDGLTRWL R AFTKHHRTMS DVLCAERYLL TQELLRVGEV RRGVLDQLYV GEDEATLSGP VETRDGPSTA SSGLGAEEPL SSMTDDTSS PLSTGYNTRS GSEEIVTDAG DLQAGTSLHG SQELLANART RMRTASELLL DRRLHIPELE EAERFEAQQG RTLRLLRAGY QCVAAHSEL LCYFIIILNH MVTASAASLV LPVLVFLWAM LTIPRPSKRF WMTAIVFTEV MVVTKYLFQF GFFPWNSYVV L RRYENKPY FPPRILGLEK TDSYIKYDLV QLMALFFHRS QLLCYGLWDH EEDRYPKDHC RSSVKDREAK EEPEAKLESQ SE TGTGHPK EPVLAGTPRD HIQGKGSIRS KDVIQDPPED LKPRHTRHIS IRFRRRKETP GPKGTAVMET EHEEGEGKET TER KRPRHT QEKSKFRERM KAAGRRLQSF CVSLAQSFYQ PLQRFFHDIL HTKYRAATDV YALMFLADIV DIIIIIFGFW AFGK HSAAT DIASSLSDDQ VPQAFLFMLL VQFGTMVIDR ALYLRKTVLG KLAFQVVLVV AIHIWMFFIL PAVTERMFSQ NAVAQ LWYF VKCIYFALSA YQIRCGYPTR ILGNFLTKKY NHLNLFLFQG FRLVPFLVEL RAVMDWVWTD TTLSLSNWMC VEDIYA NIF IIKCSRETEK KYPQPKGQKK KKIVKYGMGG LIILFLIAII WFPLLFMSLI RSVVGVVNQP IDVTVTLKLG GYEPLFT MS AQQPSIVPFT PQAYEELSQQ FDPYPLAMQF ISQYSPEDIV TAQIEGSSGA LWRISPPSRA QMKQELYNGT ADITLRFT W NFQRDLAKGG TVEYTNEKHT LELAPNSTAR RQLAQLLEGR PDQSVVIPHL FPKYIRAPNG PEANPVKQLQ PDEEEDYLG VRIQLRREQV GTGASGEQAG TKASDFLEWW VIELQDCKAD CNLLPMVIFS DKVSPPSLGF LAGYGIVGLY VSIVLVVGKF VRGFFSEIS HSIMFEELPC VDRILKLCQD IFLVRETREL ELEEELYAKL IFLYRSPETM IKWTRERESN SLEVLFQGPT A AAAVSKGE ELFTGVVPIL VELDGDVNGH KFSVSGEGEG DATYGKLTLK FICTTGKLPV PWPTLVTTLT YGVQCFSRYP DH MKQHDFF KSAMPEGYVQ ERTIFFKDDG NYKTRAEVKF EGDTLVNRIE LKGIDFKEDG NILGHKLEYN YNSHNVYIMA DKQ KNGIKV NFKIRHNIED GSVQLADHYQ QNTPIGDGPV LLPDNHYLST QSKLSKDPNE KRDHMVLLEF VTAAGITLGM DELY KSGGG HHHHHHHHHH

UniProtKB: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 1, Green fluorescent protein

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分子 #2: Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor

分子名称: Isoform I-mfA of MyoD family inhibitor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.539625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG GGGSSTTNGS SATMSQVSGQ CPSRCDAPHG VPSAALDPAQ TMSLLPGLEV ARSTHPVEAS SEEGFPEEAA PSMPHDSGL RAQQALNSID LDVPTEAVTC QPQGNPQGCT PLLPNGSSHD HLSEPGSAGH AGNGALGGSK AHRKLQTHPS L GSQAGRKS ...文字列:
MDYKDDDDKG GGGSSTTNGS SATMSQVSGQ CPSRCDAPHG VPSAALDPAQ TMSLLPGLEV ARSTHPVEAS SEEGFPEEAA PSMPHDSGL RAQQALNSID LDVPTEAVTC QPQGNPQGCT PLLPNGSSHD HLSEPGSAGH AGNGALGGSK AHRKLQTHPS L GSQAGRKS RGSARSASQV PLQAQEDCCV HCILSCLFCE FLTLCNILLD CATCGSCSSE DSCLCCCCCG SGECADCDLP CD LDCGIVD ACCESADCLE ICMECCGLCF SS

UniProtKB: MyoD family inhibitor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.41 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8imz

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 56377
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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