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- EMDB-64934: Cryo-EM structure of a CARD1 ectodomain H197A/H199A/H222A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64934
タイトルCryo-EM structure of a CARD1 ectodomain H197A/H199A/H222A mutant
マップデータsharp map
試料
  • 複合体: CARD1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードleucine-rich repeat receptor-like kinase / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of chemical stimulus / regulation of stomatal closure / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / plant-type vacuole / plastid / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...detection of chemical stimulus / regulation of stomatal closure / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / plant-type vacuole / plastid / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / kinase activity / protein autophosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / non-specific serine/threonine protein kinase / DNA damage response / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat ...Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Fukuda Y / Ishihama N / Laohavisit A
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A copper-mediated, redox-based hydrogen peroxide perception in plants
著者: Ishihama N / Fukuda Y / Takizawa K / Hiroyama R / Shirano Y / Kanno K / Mishiro E / Ito H / Nishimura M / Fujimoto KJ / Yanai T / Inoue T / Shirasu K / Laohavisit A
履歴
登録2025年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharp map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.133
最小 - 最大-0.4356494 - 0.6734945
平均 (標準偏差)0.0000057949273 (±0.008467154)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_64934_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_64934_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #3

ファイルemd_64934_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_64934_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_64934_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CARD1

全体名称: CARD1
要素
  • 複合体: CARD1
    • タンパク質・ペプチド: Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CARD1

超分子名称: CARD1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: CARD1 mutant, MBP fusion
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltode...

分子名称: Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K12 (大腸菌)
分子量理論値: 97.936039 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: LTNGLDASAL NALKSEWTTP PDGWEGSDPC GTNWVGITCQ NDRVVSISLG NLDLEGKLPA DISFLSELRI LDLSYNPKLS GPLPPNIGN LGKLRNLILV GCSFSGQIPE SIGTLKELIY LSLNLNKFSG TIPPSIGLLS KLYWFDIADN QIEGELPVSN G TSAPGLDM ...文字列:
LTNGLDASAL NALKSEWTTP PDGWEGSDPC GTNWVGITCQ NDRVVSISLG NLDLEGKLPA DISFLSELRI LDLSYNPKLS GPLPPNIGN LGKLRNLILV GCSFSGQIPE SIGTLKELIY LSLNLNKFSG TIPPSIGLLS KLYWFDIADN QIEGELPVSN G TSAPGLDM LLQTKAFAFG KNKLSGNIPK ELFSSNMSLI AVLFDGNQFT GEIPETLSLV KTLTVLRLDR NKLIGDIPSY LN NLTNLNE LYLANNRFTG TLPNLTSLTS LYTLDVSNNT LDFSPIPSWI SSLPSLSTLR MEGIQLNGPI PISFFSPPQL QTV ILKRNS IVESLDFGTD VSSQLEFVDL QYNEITDYKP SANKVLQVIL ANNPVCLEAG NGPSYCSAIQ HNTSFSTLPT NCSP CEPGM EASPTCRCAY PFMGTLYFRS PSFSGLFNST NFSILQKAIA DFFKKFNYPV DSVGVRNIRE NPTDHQLLID LLVFP LGRE SFNQTGMSLV GFAFSNQTYK PPPIFGPYIF KADLYKQFSG SAMKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGI KVT VEHPDKLEEK FPQVAATGDG PDIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEAL SL IYNKDLLPNP PKTWEEIPAL DKELKAKGKS ALMFNLQEPY FTWPLIAADG GYAFKYENGK YDIKDVGVDN AGAKAGLT F LVDLIKNKHM NADTDYSIAE AAFNKGETAM TINGPWAWSN IDTSKVNYGV TVLPTFKGQP SKPFVGVLSA GINAASPNK ELAKEFLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKSYEEELVK DPRIAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALK DAQT

UniProtKB: Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1, Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
150.0 mMsodium chlorideNaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 microliters droplet, 5 seconds delay before blotting, 3 seconds blot, 0 second delay before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 200
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1100 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1104287
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: predicted model / 詳細: AlphaFold2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 220439
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9-f1


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9vbv:
Cryo-EM structure of a CARD1 ectodomain H197A/H199A/H222A mutant

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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