EMDB-64899: human mitoirbosome trapped by retapamulin, global map

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-64899

タイトル

human mitoirbosome trapped by retapamulin, global map

マップデータ

試料

複合体: human mitoribosome trapped by retapamulin

キーワード

mitoribosome / retapamulin / RIBOSOME

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å

データ登録者

Ando Y / Nureki O / Itoh Y

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Monitoring the complexity and dynamics of mitochondrial translation
著者: Wakigawa T / Mito M / Ando Y / Yamashiro H / Tomuro K / Tani H / Tomizawa K / Chujo T / Nagao A / Suzuki T / Nureki O / Wei FY / Shichino Y / Itoh Y / Suzuki T / Iwasaki S

履歴

登録	2025年6月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年10月29日	-
マップ公開	2025年10月29日	-
更新	2025年10月29日	-
現状	2025年10月29日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_64899.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_64899.map.gz	255.4 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-64899-v30.xml emd-64899.xml	24.3 KB 24.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_64899.png	172.7 KB
Filedesc metadata	emd-64899.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_64899_half_map_1.map.gz emd_64899_half_map_2.map.gz	474.9 MB 474.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-64899	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_64899_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_64899_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	emd_64899_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_64899_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-64899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-64899	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	64554C 64900C 9uwhC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_64899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 512 pix. = 424.96 Å	0.83 Å/pix. x 512 pix. = 424.96 Å	0.83 Å/pix. x 512 pix. = 424.96 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.83 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.05
最小 - 最大	-0.10669794 - 0.29472533
平均 (標準偏差)	0.00004882305 (±0.014153196)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_64899_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_64899_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : human mitoribosome trapped by retapamulin

全体	名称: human mitoribosome trapped by retapamulin
要素	複合体: human mitoribosome trapped by retapamulin

-
超分子 #1: human mitoribosome trapped by retapamulin

超分子	名称: human mitoribosome trapped by retapamulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#86
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
グリッド	モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 30.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 2876
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114776
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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