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- EMDB-64894: Tomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64894
タイトルTomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell
マップデータ
試料
  • 細胞: Tomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell
キーワードArchaea / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Archaea (unknown)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Imachi H / Hosogi N
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H04985 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24H00582 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H04926 日本
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Eukaryotes' closest relatives are internally simple syntophic archaea.
著者: Imachi H / Nobu MK / Ishii S / Hirakata Y / Hashiguchi H / Hosogi N / Ikuta T / Isaji Y / Miyata M / Miyazaki M / Morono Y / Murata K / Nakagawa S / Narita A / Ogawara M / Okada S / Saito Y / ...著者: Imachi H / Nobu MK / Ishii S / Hirakata Y / Hashiguchi H / Hosogi N / Ikuta T / Isaji Y / Miyata M / Miyazaki M / Morono Y / Murata K / Nakagawa S / Narita A / Ogawara M / Okada S / Saito Y / Sakai S / Shimamura S / Tahara YO / Takaki Y / Takano Y / Tasumi E / Uemtatsu K / Yoshimura T / Takai K
履歴
登録2025年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64894.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64894.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.36 Å/pix.
x 2046 pix.
= 6878.652 Å		3.36 Å/pix.
x 294 pix.
= 988.428 Å		3.36 Å/pix.
x 2880 pix.
= 9682.56 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.362 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-2296.0 - 2286.0
平均 (標準偏差)83.896484000000001 (±223.664369999999991)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-29400
サイズ29428802046
Spacing28802942046
セルA: 9682.56 Å / B: 988.428 Å / C: 6878.652 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell

全体名称: Tomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell
要素
  • 細胞: Tomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell

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超分子 #1: Tomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell

超分子名称: Tomogram of a Candidatus Margulisarchaeum peptidophila strain HC1 cell
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Archaea (unknown)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 15.824 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.246 µm

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.12) / 使用した粒子像数: 41
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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