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万見
- EMDB-64827: Cryo-EM structure of KICSTOR CCC complex (state 4) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64827
タイトルCryo-EM structure of KICSTOR CCC complex (state 4)
マップデータfull map
試料
  • 複合体: KICSTOR CCC complex
    • タンパク質・ペプチド: KICSTOR complex protein SZT2
    • タンパク質・ペプチド: KICSTOR complex protein ITFG2
    • タンパク質・ペプチド: KICSTOR complex protein kaptin
キーワードlipid binding protein / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of superoxide dismutase activity / KICSTOR complex / corpus callosum morphogenesis / germinal center B cell differentiation / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / Amino acids regulate mTORC1 / postsynaptic actin cytoskeleton / stereocilium / pigmentation ...regulation of superoxide dismutase activity / KICSTOR complex / corpus callosum morphogenesis / germinal center B cell differentiation / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / Amino acids regulate mTORC1 / postsynaptic actin cytoskeleton / stereocilium / pigmentation / cellular response to glucose starvation / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / actin filament organization / central nervous system development / post-embryonic development / actin filament binding / peroxisome / lamellipodium / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kaptin / Integrin-alpha FG-GAP repeat-containing protein 2 / Integrin-alpha FG-GAP repeat-containing protein 2 / Protein SZT2 / Integrin alpha, N-terminal / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
KICSTOR complex protein SZT2 / KICSTOR complex protein ITFG2 / KICSTOR complex protein kaptin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Su M-Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government20231120103446003 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Architecture of the human KICSTOR and GATOR1-KICSTOR complexes.
著者: Fei Teng / Huan Zeng / Xinyi Mai / Shujun Chen / Lulu Wang / Zeming Feng / Shuyun Tian / Shan Wang / Goran Stjepanovic / Chun-Yan Lim / Ming-Yuan Su /
要旨: The human KICSTOR complex, comprising KPTN, ITFG2, C12orf66 and the scaffolding protein SZT2, anchors the mTORC1 inhibitor GATOR1 to lysosomes. Mutations affecting KICSTOR subunits are associated ...The human KICSTOR complex, comprising KPTN, ITFG2, C12orf66 and the scaffolding protein SZT2, anchors the mTORC1 inhibitor GATOR1 to lysosomes. Mutations affecting KICSTOR subunits are associated with severe neurodevelopmental and epileptic disorders. Loss of KICSTOR mimics GATOR1 inactivation, resulting in constitutive mTORC1 activation, highlighting its critical role in nutrient sensing. Here, we used cryo-electron microscopy and computational modeling to determine the architectures of KICSTOR and the GATOR1-KICSTOR supercomplex. We show that SZT2 forms a crescent-shaped scaffold with repetitive tandem units, binding the ITFG2-KPTN heterodimer and C12orf66 at its C terminus. Structural and biochemical analyses revealed that GATOR1 binds the SZT2 N-terminal domain through NPRL3; disruption of this interaction hyperactivates mTORC1 and mislocalizes TFE3 independently of nutrient status. We further demonstrate the membrane-binding ability of KICSTOR, with SZT2 and C12orf66 preferentially interacting with negatively charged lipids-a requirement for lysosomal localization. These findings identify how KICSTOR positions GATOR1 on lysosomes to regulate nutrient-dependent mTORC1 signaling.
履歴
登録2025年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 560 pix.
= 476. Å		0.85 Å/pix.
x 560 pix.
= 476. Å		0.85 Å/pix.
x 560 pix.
= 476. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.6370225 - 1.7979138
平均 (標準偏差)-0.00075602625 (±0.02097093)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 476.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_64827_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_64827_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_64827_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KICSTOR CCC complex

全体名称: KICSTOR CCC complex
要素
  • 複合体: KICSTOR CCC complex
    • タンパク質・ペプチド: KICSTOR complex protein SZT2
    • タンパク質・ペプチド: KICSTOR complex protein ITFG2
    • タンパク質・ペプチド: KICSTOR complex protein kaptin

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超分子 #1: KICSTOR CCC complex

超分子名称: KICSTOR CCC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 280 KDa

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分子 #1: KICSTOR complex protein SZT2

分子名称: KICSTOR complex protein SZT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 378.453438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASERPEPEV EEAGQVFLLM KKDYRISRNV RLAWFLSHLH QTVQATPQEM LLQSEQELEV LSVLPPGWQP DEPVVPRPFL LVPSTRVTF LAWQYRFVIE LDLSPSTGIV DDSTGEILFD EVFHALSRCL GGLLRPFRVP GSCIDFQPEI YVTIQAYSSI I GLQSHQVL ...文字列:
MASERPEPEV EEAGQVFLLM KKDYRISRNV RLAWFLSHLH QTVQATPQEM LLQSEQELEV LSVLPPGWQP DEPVVPRPFL LVPSTRVTF LAWQYRFVIE LDLSPSTGIV DDSTGEILFD EVFHALSRCL GGLLRPFRVP GSCIDFQPEI YVTIQAYSSI I GLQSHQVL VQGCLLDPSQ REVFLQQIYE QLCLFEDKVA TMLQQQYDPQ SQAEDQSPDS GDLLGRKVGV SMVTADLGLV SM IRQGILA LQLLPSNSSA GIIVITDGVT SVPDVAVCET LLNQLRSGTV ACSFVQVGGV YSYDCSFGHV PNVELMKFIA MAT FGSYLS TCPEPEPGNL GLTVYHRAFL LYSFLRSGEA LNPEYYCGSQ HRLFNEHLVS ASSNPALALR RKKHTEKEVP ADLV STVSV RLREGYSVRE VTLAKGGSQL EVKLVLLWKH NMRIEYVAMA PWPLEPEGPR VTRVEVTMEG GYDILHDVSC ALRQP IRSL YRTHVIRRFW NTLQSINQTD QMLAHLQSFS SVPEHFTLPD STKSGVPLFY IPPGSTTPVL SLQPSGSDSS HAQFAA YWK PVLSMDANSW QRWLHMHRLV LILEHDTPIP KHLHTPGSNG RYSTIQCRIS HSSLTSLLRD WSSFVLVEGY SYVKLLS SA PDQPPNSFYM VRIISKAPCM VLRLGFPIGT PAPARHKIVS GLREEILRLR FPHRVQSKEP TPKVKRKGLG GAGGGSSP S KSPPVLGPQQ ALSDRPCLVV LHKPLDKLLI RYEKLPLDYR APFLLTLEPP GPLPLVSGRS ASSSLASLSR YLYHQRWLW SVPSGLAPAL PLSAIAQLLS ILTEVRLSEG FHFACSGEGI INMVLELPIQ NEPPGQAAAE EKHTCVVQYI LFPPHSTSTK DSFSTDDDN DVEVEALEGD SELNLVTEVW VEPQYGRVGP GPGIWKHLQD LTYSEIPQAL HPRDAACIGS MLSFEYLIQL C QSKEWGPL PPEPRVSDGL DQGGDTCVHE IPFHFDLMGL LPQCQQLQMF FLLLAREPEG VPFAEGSCPA NDMVLCLLHS CL GQELSDR EIPLTPVDQA AFLSEVLRRT CHVPGAEGPL LGVHGIPKEQ AVGSTQATGD SAFTSLSVGL PETLKPLISA QPP QWRCYA RLVNPQHVFL TFLPATFSDV QRLAACGLEG PPQEETKPKF GDWSGAPSLK DLGGTGIKAT KSHVPVLSVT LASD NAQNQ GELSPPFRRD LQAYAGRQAS QTESADGPRT RCPVYIYSCS LEALREQMVG MQPPQAPRDL IFRTQFLDHP SPSSA WMEP RYKEAANHCA LLQEHAQRCY VRGLFRSLQQ AQSVTSQDLL TAVDACEELL QEIDITPFLL ALCGHTWGLP HAPPSP GPL SPGPFSSSME EGAEPRERAI LASESSIETE DLSEPEFQST RVPGIPDPGP EISLTDVCQL RGEAHGALHS VIQEKFL EI SRLHFRTVPS NPHYFFYCPP SSRREDEGPR DTVDRKISDL EFSEAELMGE EGDTSACCVV TESDPELEVE YRESRESD L GPAGLDSASL SDVDTVNPDE DSFSILGGDS PTGPESFLHD LPPLFLHLTC SVRLRGQHSS VPVCSLPTCL GQVLSSLEG PPVGGRVPLR DLSVTLDVFM LTLPLEVELP TASDPQHHRS TSESSASFPR SPGQPSSLRS DDGLGPPLPP PEEERHPGLS NLATPHRLA IETTMNEIRW LLEDEMVGAL RRGGIPQSPA LHRAAAHIHS SPGRSTCLRQ TLPLSFVFGP ERSLTQFKEE F RRLHLPGH VLLEDPDSGF FFVAAGQQPG GSHGEPSSAA WAWHSHEDRA EGIEGETLTA SPQAPGSPED SEGVPLISLP RV PQGGSQP GPSRGLSLMS SQGSVDSDHL GYDGGSSGSD SEGPNDTLGE KAPFTLRTPP GPAPPQPSLS GLPGPCLPDF WLI VRVLQD RVEVYAHARS LIREDGGPGT ECRHLQQLLV RRVGEICREV NQRLLLQDLH DSHVCNSLLV AESEEDLWRS ETPF HSRQR APLPSDDYAA DESCAPRGYL AATMQFVPGH FSCDVVWGTV IRVHSRLKMG PSMGVSRAIQ ALRSVLNAFS VVNRK NMFV YQERATKAVY YLRLLETSCS DRPWKGDALP PSLALSRSQE PIYSEEASGP RSPLDMVSSR SSDAARPVGQ VDRHIQ LLV HGVGQAGPEI TDELVRVLCR RLDEATLDVI TVMLVRNCKL TPADVEFIQP PGSLPSEVLH LALPTSCRPW LPALAWY LR QNLLIFLHSP KYTDSNSRNH FQHPLPPQGG LPDLDIYLYN KPGGQGTGGK GVACITLAFV DEGGAPLSLA LWPPSSPG P PDPLREEEFE QLTQVIRCPV VVDSSSAQNG APRLRLDVWE KGNISIVQLE EKLRGAARQA LADAIIELQL LPASLCTED TPTGSLRNGS LETKSSAGRA STFPPAPVPG EPVTPPSKAG RRSFWDMLSK TECGDLGSPK TTDDIVLDRP EDTRGRRRHK TESVRTPGG AERAPGSDSG AQRQKRRTTQ LEEGEVGTLH PVFARVAQRW MEFMVQIGCA SVSRSSAHMV SRFLLPSILS E FTALVTSM AGDTSVRIFE QHLGSEPEIF GPCSPGQLGP SPRPAAERHL LLLGRNFLQW RRPTQQAAKA MQRFEPGGDG SS GRNAPRQ RLLLLEVVDK KLQLLTYNWA PDLGAALGRA LVRLVQWQNA RAHLIFCLLS QKLGLFHHYG QLDFPVRDEK EPN PFLLPT MEVETLIRSA SPPLSREQGR LSGSSRGGGP LPLDTFPFDE ALRDITAARP SSVLGPVPRP PDPVTYHGQQ FLEI KMAER RELERQMKME NLFVTWQQRS TPATMPISAG ELETLKQSSR LVHYCATAML FDPAAWLHGP PETSGPPDGQ RRHRP ESGS GSREAPTSCE SLDVSPPGAR EEPWLKELSL AFLQQYVQYL QSIGFVLVPL RPPSPARSTS RPRAMAILGT EGRGSF SCP KTKTDGSPKS TSSPVTTYHL QRALPGGIIL MELAFQGCYF CVKQFALECS RIPMGQAVNS QLSMLFTEEC DKVRDLM HV HSFSYDFHLR LVHQHVLGAH LVLRHGYHLT TFLRHFLAHH PDGPHFGRNH IYQGTLELPT PLIAAHQLYN YVADHASS Y HMKPLRMARP GGPEHNEYAL VSAWHSSGSY LDSEGLRHQD DFDVSLLVCH CAAPFEEQGE AERHVLRLQF FVVLTSQRE LFPRLTADMR RFRKPPRLPP EPEAPGSSAG SPGEASGLIL APGPAPLFPP LAAEVGMARA RLAQLVRLAG GHCRRDTLWK RLFLLEPPG PDRLRLGGRL ALAELEELLE AVHAKSIGDI DPQLDCFLSM TVSWYQSLIK VLLSRFPQSC RHFQSPDLGT Q YLVVLNQK FTDCFVLVFL DSHLGKTSLT VVFREPFPVQ PQDSESPPAQ LVSTYHHLES VINTACFTLW TRLL

UniProtKB: KICSTOR complex protein SZT2

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分子 #2: KICSTOR complex protein ITFG2

分子名称: KICSTOR complex protein ITFG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.365742 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRSVSYVQRV ALEFSGSLFP HAICLGDVDN DTLNELVVGD TSGKVSVYKN DDSRPWLTCS CQGMLTCVGV GDVCNKGKNL LVAVSAEGW FHLFDLTPAK VLDASGHHET LIGEEQRPVF KQHIPANTKV MLISDIDGDG CRELVVGYTD RVVRAFRWEE L GEGPEHLT ...文字列:
MRSVSYVQRV ALEFSGSLFP HAICLGDVDN DTLNELVVGD TSGKVSVYKN DDSRPWLTCS CQGMLTCVGV GDVCNKGKNL LVAVSAEGW FHLFDLTPAK VLDASGHHET LIGEEQRPVF KQHIPANTKV MLISDIDGDG CRELVVGYTD RVVRAFRWEE L GEGPEHLT GQLVSLKKWM LEGQVDSLSV TLGPLGLPEL MVSQPGCAYA ILLCTWKKDT GSPPASEGPT DGSRETPAAR DV VLHQTSG RIHNKNVSTH LIGNIKQGHG TESSGSGLFA LCTLDGTLKL MEEMEEADKL LWSVQVDHQL FALEKLDVTG NGH EEVVAC AWDGQTYIID HNRTVVRFQV DENIRAFCAG LYACKEGRNS PCLVYVTFNQ KIYVYWEVQL ERMESTNLVK LLET KPEYH SLLQELGVDP DDLPVTRALL HQTLYHPDQP PQCAPSSLQD PT

UniProtKB: KICSTOR complex protein ITFG2

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分子 #3: KICSTOR complex protein kaptin

分子名称: KICSTOR complex protein kaptin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.128305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MMGEAAVAAG PCPLREDSFT RFSSQSNVYG LAGGAGGRGE LLAATLKGKV LGFRYQDLRQ KIRPVAKELQ FNYIPVDAEI VSIDTFNKS PPKRGLVVGI TFIKDSGDKG SPFLNIYCDY EPGSEYNLDS IAQSCLNLEL QFTPFQLCHA EVQVGDQLET V FLLSGNDP ...文字列:
MMGEAAVAAG PCPLREDSFT RFSSQSNVYG LAGGAGGRGE LLAATLKGKV LGFRYQDLRQ KIRPVAKELQ FNYIPVDAEI VSIDTFNKS PPKRGLVVGI TFIKDSGDKG SPFLNIYCDY EPGSEYNLDS IAQSCLNLEL QFTPFQLCHA EVQVGDQLET V FLLSGNDP AIHLYKENEG LHQFEEQPVE NLFPELTNLT SSVLWLDVHN FPGTSRRLSA LGCQSGYVRV AHVDQRSREV LQ MWSVLQD GPISRVIVFS LSAAKETKDR PLQDEYSVLV ASMLEPAVVY RDLLNRGLED QLLLPGSDQF DSVLCSLVTD VDL DGRPEV LVATYGQELL CYKYRGPESG LPEAQHGFHL LWQRSFSSPL LAMAHVDLTG DGLQELAVVS LKGVHILQHS LIQA SELVL TRLRHQVEQR RRRLQGLEDG AGAGPAENAA S

UniProtKB: KICSTOR complex protein kaptin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: alphafold model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 271421
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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