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- EMDB-6482: Cryo-electron microscopy of alpha Synuclein amyloid fibrils -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6482
タイトルCryo-electron microscopy of alpha Synuclein amyloid fibrils
マップデータExtruded 2D reconstruction of in vitro assembled alpha Synuclein amyoid fibrils
試料
  • 試料: In vitro assembled, recombinant amyloid fibrils of full-length human alpha Synuclein
  • タンパク質・ペプチド: alpha Synuclein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein binding / negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber ...protein binding / negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / mitochondrial membrane organization / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of synaptic vesicle recycling / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization to cell periphery / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / response to iron(II) ion / SNARE complex assembly / positive regulation of neurotransmitter secretion / dopamine biosynthetic process / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / regulation of locomotion / synaptic vesicle priming / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / regulation of macrophage activation / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of microtubule polymerization / synaptic vesicle transport / positive regulation of receptor recycling / dopamine uptake involved in synaptic transmission / protein kinase inhibitor activity / dynein complex binding / regulation of dopamine secretion / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / cuprous ion binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of exocytosis / response to magnesium ion / synaptic vesicle exocytosis / enzyme inhibitor activity / kinesin binding / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / response to type II interferon / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of serotonin uptake / alpha-tubulin binding / supramolecular fiber organization / inclusion body / phospholipid metabolic process / cellular response to copper ion / axon terminus / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / response to interleukin-1 / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adult locomotory behavior / fatty acid binding / negative regulation of protein kinase activity / excitatory postsynaptic potential / fatty acid metabolic process / phosphoprotein binding / protein tetramerization / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / synapse organization / ferrous iron binding / protein destabilization / PKR-mediated signaling / phospholipid binding / receptor internalization / tau protein binding / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / positive regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton / actin binding / growth cone / cell cortex / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / chemical synaptic transmission / molecular adaptor activity / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / histone binding / amyloid fibril formation / lysosome / oxidoreductase activity / postsynapse / transcription cis-regulatory region binding / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / copper ion binding / response to xenobiotic stimulus
類似検索 - 分子機能
Alpha-synuclein / Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Dearborn AD / Wall JS / Cheng N / Heymann JB / Kajava AV / Varkey J / Langen R / Steven AC
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2016
タイトル: α-Synuclein Amyloid Fibrils with Two Entwined, Asymmetrically Associated Protofibrils.
著者: Altaira D Dearborn / Joseph S Wall / Naiqian Cheng / J Bernard Heymann / Andrey V Kajava / Jobin Varkey / Ralf Langen / Alasdair C Steven /
要旨: Parkinson disease and other progressive neurodegenerative conditions are characterized by the intracerebral presence of Lewy bodies, containing amyloid fibrils of α-synuclein. We used cryo-electron ...Parkinson disease and other progressive neurodegenerative conditions are characterized by the intracerebral presence of Lewy bodies, containing amyloid fibrils of α-synuclein. We used cryo-electron microscopy and scanning transmission electron microscopy (STEM) to study in vitro-assembled fibrils. These fibrils are highly polymorphic. Focusing on twisting fibrils with an inter-crossover spacing of 77 nm, our reconstructions showed them to consist of paired protofibrils. STEM mass per length data gave one subunit per 0.47 nm axial rise per protofibril, consistent with a superpleated β-structure. The STEM images show two thread-like densities running along each of these fibrils, which we interpret as ladders of metal ions. These threads confirmed the two-protofibril architecture of the 77-nm twisting fibrils and allowed us to identify this morphotype in STEM micrographs. Some other, but not all, fibril morphotypes also exhibit dense threads, implying that they also present a putative metal binding site. We propose a molecular model for the protofibril and suggest that polymorphic variant fibrils have different numbers of protofibrils that are associated differently.
履歴
登録2015年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月25日-
マップ公開2015年12月16日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.66
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.66
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  • 表面レベル: 3.66
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 14.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Extruded 2D reconstruction of in vitro assembled alpha Synuclein amyoid fibrils
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.54 Å/pix.
x 606 pix.
= 1539.24 Å		2.54 Å/pix.
x 80 pix.
= 203.2 Å		2.54 Å/pix.
x 80 pix.
= 203.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.66 / ムービー #1: 3.66
最小 - 最大-3.53419471 - 8.32841015
平均 (標準偏差)0.33484867 (±2.09454417)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-40-400
サイズ8080606
Spacing8080606
セルA: 203.2 Å / B: 203.2 Å / C: 1539.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z8080606
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z203.200203.2001539.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-40-400
NC/NR/NS8080606
D min/max/mean-3.5348.3280.335

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In vitro assembled, recombinant amyloid fibrils of full-length hu...

全体名称: In vitro assembled, recombinant amyloid fibrils of full-length human alpha Synuclein
要素
  • 試料: In vitro assembled, recombinant amyloid fibrils of full-length human alpha Synuclein
  • タンパク質・ペプチド: alpha Synuclein

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超分子 #1000: In vitro assembled, recombinant amyloid fibrils of full-length hu...

超分子名称: In vitro assembled, recombinant amyloid fibrils of full-length human alpha Synuclein
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was morphologically heterogeneous. / 集合状態: dimeric asymmetric unit / Number unique components: 2
分子量手法: Dark-field scanning transmission electron microscopy 59.1 MDa/micron compared to 61.5 MDa/micron theoretical weight

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分子 #1: alpha Synuclein

分子名称: alpha Synuclein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NACP, PARK1 / 集合状態: Amyloid / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Brain / 細胞: Neuron / 細胞中の位置: Lewy Body
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21*(DE3)pLysS / 組換プラスミド: pRK172aS
配列UniProtKB: Alpha-synuclein
GO: magnesium ion binding, fatty acid binding, copper ion binding, calcium ion binding, protein binding
InterPro: Alpha-synuclein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 0.1% NaN3
グリッド詳細: R1.2/1.3 400 mesh copper Quantifoil grid, glow-discharged in argon/oxygen
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA KF80 / 手法: Manually blotted before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
日付2012年6月5日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 110 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51840 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The 2D reconstructions were made and aligned using bhelcross. The helical parameters were determined per fibril in real space and imposed on the average using bhelcross.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.7 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 1.1 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Bsoft
詳細: Extruded from a 2D reconstruction based upon helical parameters
CTF補正詳細: phase-flipped micrograph

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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