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- EMDB-64782: Cryo-EM structure of A. thaliana MET1(610-1534) bound covalently ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64782
タイトルCryo-EM structure of A. thaliana MET1(610-1534) bound covalently to a hemi-mCpG DNA
マップデータHalf B map of AtMET1-DNA complex with bound SAH
試料
  • 複合体: A. thaliana MET1(610-1534)-DNA complex with bound SAH
    • DNA: DNA (5'-D(*TP*AP*A*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*(C49)P*GP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードDNA methylation / MET1 / Cryo-EM structure / epigenetic regulation / GENE REGULATION/DNA / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


zygote asymmetric cytokinesis in embryo sac / negative regulation of flower development / DNA-mediated transformation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / methyltransferase activity / methylation / chromatin binding / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1-like / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1, replication foci domain / Cytosine specific DNA methyltransferase replication foci domain / : / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, conserved site / C-5 cytosine-specific DNA methylases C-terminal signature. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Zhang Z / Li W / Liu Y / Du J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32325008 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2025
タイトル: Structural insights into plant DNA CG methylation maintenance by MET1.
著者: Zhihui Zhang / Wentao Li / Yue Liu / Cheng Chi / Jing Nan / Changshi Wang / Yongkun Zhu / Jun Zhao / Yan Xue / Yong Li / Peiyi Wang / Jixian Zhai / Jiamu Du /
要旨: DNA methylation plays critical roles in eukaryotic gene silencing, genome defense, and the suppression of transposable elements. During DNA replication, DNA methylation is diluted and must therefore ...DNA methylation plays critical roles in eukaryotic gene silencing, genome defense, and the suppression of transposable elements. During DNA replication, DNA methylation is diluted and must therefore be restored through maintenance DNA methylation. In plants, in addition to symmetric CG methylation, non-CG methylation is also abundant, with the maintenance of each DNA methylation pattern employing different pathways. Here, we investigate the molecular basis of CG maintenance methylation by plant METHYLTRANSFERASE 1 (MET1), an ortholog of mammalian DNA Methyltransferase 1 (DNMT1). The cryogenic electron microscopy structure of full-length Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) MET1 reveals a unique autoinhibitory mechanism that is distinct from that of DNMT1. The structure of the MET1 catalytic domain in complex with hemimethylated substrate DNA suggests specific recognition of hemimethylated CG DNA and reveals the catalytic mechanism. Overall, our study illuminates the molecular basis of MET1 autoinhibition and its preference for hemimethylated DNA substrates.
履歴
登録2025年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64782.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64782.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Half B map of AtMET1-DNA complex with bound SAH
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.009086346 - 2.0104141
平均 (標準偏差)0.0012088335 (±0.028021181)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half A map of AtMET1-DNA complex with bound SAH

ファイルemd_64782_half_map_1.map
注釈Half A map of AtMET1-DNA complex with bound SAH
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B map of AtMET1-DNA complex with bound SAH

ファイルemd_64782_half_map_2.map
注釈Half B map of AtMET1-DNA complex with bound SAH
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A. thaliana MET1(610-1534)-DNA complex with bound SAH

全体名称: A. thaliana MET1(610-1534)-DNA complex with bound SAH
要素
  • 複合体: A. thaliana MET1(610-1534)-DNA complex with bound SAH
    • DNA: DNA (5'-D(*TP*AP*A*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
    • DNA: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*(C49)P*GP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1
  • リガンド: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: A. thaliana MET1(610-1534)-DNA complex with bound SAH

超分子名称: A. thaliana MET1(610-1534)-DNA complex with bound SAH
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: DNA (5'-D(*TP*AP*A*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*TP*CP*CP*AP*...

分子名称: DNA (5'-D(*TP*AP*A*TP*GP*AP*CP*AP*TP*AP*(5CM)P*GP*AP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.100008 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA) (5CM)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DC)

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分子 #2: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*(C49)P*GP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP...

分子名称: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*TP*GP*GP*AP*TP*(C49)P*GP*TP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.243094 KDa
配列文字列:
(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(C49)(DG) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT) (DA)

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分子 #3: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

分子名称: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 103.673625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNPRAGMAPV ASKRKAMQAT TTRLVNRIWG EFYSNYSPED PLQATAAENG EDEVEEEGGN GEEEVEEEGE NGLTEDTVPE PVEVQKPHT PKKIRGSSGK REIKWDGESL GKTSAGEPLY QQALVGGEMV AVGGAVTLEV DDPDEMPAIY FVEYMFESTD H CKMLHGRF ...文字列:
SNPRAGMAPV ASKRKAMQAT TTRLVNRIWG EFYSNYSPED PLQATAAENG EDEVEEEGGN GEEEVEEEGE NGLTEDTVPE PVEVQKPHT PKKIRGSSGK REIKWDGESL GKTSAGEPLY QQALVGGEMV AVGGAVTLEV DDPDEMPAIY FVEYMFESTD H CKMLHGRF LQRGSMTVLG NAANERELFL TNECMTTQLK DIKGVASFEI RSRPWGHQYR KKNITADKLD WARALERKVK DL PTEYYCK SLYSPERGGF FSLPLSDIGR SSGFCTSCKI REDEEKRSTI KLNVSKTGFF INGIEYSVED FVYVNPDSIG GLK EGSKTS FKSGRNIGLR AYVVCQLLEI VPKESRKADL GSFDVKVRRF YRPEDVSAEK AYASDIQELY FSQDTVVLPP GALE GKCEV RKKSDMPLSR EYPISDHIFF CDLFFDTSKG SLKQLPANMK PKFSTIKDDT LLRKKKGKGV ESEIESEIVK PVEPP KEIR LATLDIFAGC GGLSHGLKKA GVSDAKWAIE YEEPAGQAFK QNHPESTVFV DNCNVILRAI MEKGGDQDDC VSTTEA NEL AAKLTEEQKS TLPLPGQVDF INGGPPCQGF SGMNRFNQSS WSKVQCEMIL AFLSFADYFR PRYFLLENVR TFVSFNK GQ TFQLTLASLL EMGYQVRFGI LEAGAYGVSQ SRKRAFIWAA APEEVLPEWP EPMHVFGVPK LKISLSQGLH YAAVRSTA L GAPFRPITVR DTIGDLPSVE NGDSRTNKEY KEVAVSWFQK EIRGNTIALT DHICKAMNEL NLIRCKLIPT RPGADWHDL PKRKVTLSDG RVEEMIPFCL PNTAERHNGW KGLYGRLDWQ GNFPTSVTDP QPMGKVGMCF HPEQHRILTV RECARSQGFP DSYEFAGNI NHKHRQIGNA VPPPLAFALG RKLKEALHLK KSPQHQP

UniProtKB: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 1

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分子 #4: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

分子名称: S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SAH
分子量理論値: 384.411 Da
Chemical component information

ChemComp-SAH:
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 861458
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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