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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6471 | |||||||||
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タイトル | Platelet from a healthy woman | |||||||||
マップデータ | Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor | |||||||||
試料 |
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キーワード | ovarian cancer / platelet / thrombosis / ultrastructure | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Wang R / Stone RL / Kaelber JT / Rochat RH / Nick AM / Vijayan KV / Afshar-Kharghan V / Schmid MF / Dong JF / Sood AK / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015 タイトル: Electron cryotomography reveals ultrastructure alterations in platelets from patients with ovarian cancer. 著者: Rui Wang / Rebecca L Stone / Jason T Kaelber / Ryan H Rochat / Alpa M Nick / K Vinod Vijayan / Vahid Afshar-Kharghan / Michael F Schmid / Jing-Fei Dong / Anil K Sood / Wah Chiu / 要旨: Thrombocytosis and platelet hyperreactivity are known to be associated with malignancy; however, there have been no ultrastructure studies of platelets from patients with ovarian cancer. Here, we ...Thrombocytosis and platelet hyperreactivity are known to be associated with malignancy; however, there have been no ultrastructure studies of platelets from patients with ovarian cancer. Here, we used electron cryotomography (cryo-ET) to examine frozen-hydrated platelets from patients with invasive ovarian cancer (n = 12) and control subjects either with benign adnexal mass (n = 5) or free from disease (n = 6). Qualitative inspections of the tomograms indicate significant morphological differences between the cancer and control platelets, including disruption of the microtubule marginal band. Quantitative analysis of subcellular features in 120 platelet electron tomograms from these two groups showed statistically significant differences in mitochondria, as well as microtubules. These structural variations in the platelets from the patients with cancer may be correlated with the altered platelet functions associated with malignancy. Cryo-ET of platelets shows potential as a noninvasive biomarker technology for ovarian cancer and other platelet-related diseases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6471.map.gz | 4.6 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6471-v30.xml emd-6471.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6471.png | 324 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6471 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6471_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6471_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6471_validation.xml.gz | 499 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6471 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
全体 | 名称: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor |
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要素 |
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-超分子 #1000: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor
超分子 | 名称: Tomographic reconstruction of a platelet from a healthy donor タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: platelet
超分子 | 名称: platelet / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: thrombocyte / コピー数: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 組織: blood / 細胞: platelet |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | 詳細: native platelet-rich plasma |
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グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil R3.5/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 2 blots, 2 seconds each |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FSC |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism correction |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 15.0 eV |
詳細 | 2 degree tilt increment |
日付 | 2011年10月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 62 / 平均電子線量: 2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 12500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 15.0 µm / 倍率(公称値): 10000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -62 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 62 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 2 ° |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 62 |
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