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- EMDB-64690: Local refinement map of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64690
タイトルLocal refinement map of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248
キーワードNPFF2R / Prolactin-releasing peptide / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Zhao L / Li X / Li S / Yuan Q
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371255 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82404881 中国
引用ジャーナル: Acta Pharmacol Sin / 年: 2026
タイトル: Molecular basis for cross-activation of NPFF2R by a short PrRP-related peptide.
著者: Xin Li / Shuai Li / Hong Shan / Qing-Ning Yuan / Xin-Heng He / Qian He / Min Zhang / Yang Li / Wen Hu / Kai Wu / H Eric Xu / Li-Hua Zhao /
要旨: Prolactin-releasing peptide (PrRP) is an endogenous ligand for the PrRPR, whose activation has been linked to anti-obesity effects. However, PrRP and its analogs also activate the neuropeptide FF ...Prolactin-releasing peptide (PrRP) is an endogenous ligand for the PrRPR, whose activation has been linked to anti-obesity effects. However, PrRP and its analogs also activate the neuropeptide FF receptor 2 (NPFF2R), which is associated with adverse cardiovascular effects. Understanding how PrRP-related peptides differentially engage these two distinct receptors is critical for developing safer, more selective therapeutics. In this study, we present cryo-EM structures of the PrRP analog GUB08248 bound to PrRPR-Gα and NPFF2R-Gα at resolutions of 2.45 Å and 2.85 Å, respectively. These structures reveal a conserved ligand recognition mode across both receptors, while highlighting distinct receptor-specific interactions. The NPFF2R-Gα complex further uncovers key features of receptor activation and G protein coupling. Together, our results offer structural insights that could guide structure-based drug design strategies favoring PrRPR selectivity, thereby advancing the therapeutic potential of the PrRP-PrRPR axis for obesity treatment.
履歴
登録2025年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64690.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64690.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å		0.73 Å/pix.
x 360 pix.
= 262.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.3688617 - 2.6185083
平均 (標準偏差)0.0005021327 (±0.03341697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 262.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64690_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64690_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248

全体名称: Cryo-EM structure of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248

超分子名称: Cryo-EM structure of Gi-coupled NPFF2R in complex with GUB08248
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 18.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 324707
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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