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万見
- EMDB-6462: Subvolumes of individual DNA minicircles showing various shapes o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6462
タイトルSubvolumes of individual DNA minicircles showing various shapes of the minicircles
マップデータSubtomogram of a DNA minicircle
試料
  • 試料: Individual DNA minicircles of various shapes
  • DNA: Minicircle DNA
キーワードDNA minicircle / cryo-ET / subtomogram / supercoiled DNA / DNA minicircle shapes
生物種unidentified (未定義)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Irobalieva RN / Fogg JM / Catanese DJ / Sutthibutpong T / Chen M / Barker AK / Ludtke SJ / Harris SA / Schmid MF / Chiu W / Zechiedrich L
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural diversity of supercoiled DNA.
著者: Rossitza N Irobalieva / Jonathan M Fogg / Daniel J Catanese / Thana Sutthibutpong / Muyuan Chen / Anna K Barker / Steven J Ludtke / Sarah A Harris / Michael F Schmid / Wah Chiu / Lynn Zechiedrich /
要旨: By regulating access to the genetic code, DNA supercoiling strongly affects DNA metabolism. Despite its importance, however, much about supercoiled DNA (positively supercoiled DNA, in particular) ...By regulating access to the genetic code, DNA supercoiling strongly affects DNA metabolism. Despite its importance, however, much about supercoiled DNA (positively supercoiled DNA, in particular) remains unknown. Here we use electron cryo-tomography together with biochemical analyses to investigate structures of individual purified DNA minicircle topoisomers with defined degrees of supercoiling. Our results reveal that each topoisomer, negative or positive, adopts a unique and surprisingly wide distribution of three-dimensional conformations. Moreover, we uncover striking differences in how the topoisomers handle torsional stress. As negative supercoiling increases, bases are increasingly exposed. Beyond a sharp supercoiling threshold, we also detect exposed bases in positively supercoiled DNA. Molecular dynamics simulations independently confirm the conformational heterogeneity and provide atomistic insight into the flexibility of supercoiled DNA. Our integrated approach reveals the three-dimensional structures of DNA that are essential for its function.
履歴
登録2015年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月7日-
マップ公開2015年10月21日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6462.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6462.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram of a DNA minicircle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.52 Å/pix.
x 160 pix.
= 723.2 Å		4.52 Å/pix.
x 160 pix.
= 723.2 Å		4.52 Å/pix.
x 160 pix.
= 723.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.19 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.42069978 - 0.56056619
平均 (標準偏差)-0.00000356 (±0.07413493)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 723.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.524.524.52
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z723.200723.200723.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-8211244
NX/NY/NZ115138149
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.4210.561-0.000

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添付データ

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添付マップデータ: emd 6462 additional 1.map

ファイルemd_6462_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 6462 additional 2.map

ファイルemd_6462_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 6462 additional 3.map

ファイルemd_6462_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 6462 additional 4.map

ファイルemd_6462_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Individual DNA minicircles of various shapes

全体名称: Individual DNA minicircles of various shapes
要素
  • 試料: Individual DNA minicircles of various shapes
  • DNA: Minicircle DNA

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超分子 #1000: Individual DNA minicircles of various shapes

超分子名称: Individual DNA minicircles of various shapes / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 220 KDa / 手法: average MW of DNA bases

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分子 #1: Minicircle DNA

分子名称: Minicircle DNA / タイプ: dna / ID: 1 / 分類: DNA / Structure: DOUBLE HELIX / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 220 KDa
配列文字列: TTTATACTAA CTTGAGCGAA ACGGGAAGGG TTTTCACCGA TATCACCGAA ACGCGCGAGG CAGCTGTATG GCATGAAAGA GTTCTTCCCG GAAAACGCGG TGGAATATTT CGTTTCCTAC TACGACTACT ATCAGCCGGA AGCCTATGTA CCGAGTTCCG ACACTTTCAT ...文字列:
TTTATACTAA CTTGAGCGAA ACGGGAAGGG TTTTCACCGA TATCACCGAA ACGCGCGAGG CAGCTGTATG GCATGAAAGA GTTCTTCCCG GAAAACGCGG TGGAATATTT CGTTTCCTAC TACGACTACT ATCAGCCGGA AGCCTATGTA CCGAGTTCCG ACACTTTCAT TGAGAAAGAT GCCTCAGCTC TGTTACAGGT CACTAATACC ATCTAAGTAG TTGATTCATA GTGACTGCAT ATGTTGTGTT TTACAGTATT ATGTAGTCTG TTTTTTATGC AAAATCTAAT TTAATATATT GATATTTATA TCATTTTACG TTTCTCGTTC AGCTTT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8.3 / 詳細: 40 mM Tris-acetate, 10 mM CaCl2
グリッド詳細: 200 mesh holey carbon grids, glow-discharged for 25 seconds
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: 1 blot, 2 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column omega energy filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV
日付2011年4月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 3 °

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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