[日本語] English
万見
- EMDB-64597: The local refine of 3D reconstruction of the complex formed by SA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64597
タイトルThe local refine of 3D reconstruction of the complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a single-domain antibody
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a single-domain antibody
    • 複合体: Spike glycoprotein of SARS-CoV2 BA.1
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: single-domain antibody
      • タンパク質・ペプチド: single-domain antibody
キーワードSARS-CoV2 / RBD / Single-domain antibody / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / host cell surface / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Lectin pathway of complement activation / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / structural constituent of virion / Induction of Cell-Cell Fusion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / host cell surface / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Lectin pathway of complement activation / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / structural constituent of virion / Induction of Cell-Cell Fusion / positive regulation of viral entry into host cell / Initial triggering of complement / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wu B / Rao G / Cao S / Gong R
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170949 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A C-based single-domain antibody broadly neutralizes SARS-CoV-2 and its variants through novel recognition of conserved regions in RBD
著者: Wu B / Rao G / Zhang H / Yi Y / Zhao S / Qin Y / Li M / Chen L / Zhang Z / Zhang Z / Mu J / Chiu S / Cao S / Gong R
履歴
登録2025年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月27日-
マップ公開2026年5月27日-
更新2026年5月27日-
現状2026年5月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_64597.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 486.4 Å		0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 486.4 Å		0.95 Å/pix.
x 512 pix.
= 486.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.54124 - 3.6535354
平均 (標準偏差)-0.0005621475 (±0.0361243)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 486.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_64597_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64597_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : The complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a sin...

全体名称: The complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a single-domain antibody
要素
  • 複合体: The complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a single-domain antibody
    • 複合体: Spike glycoprotein of SARS-CoV2 BA.1
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: single-domain antibody
      • タンパク質・ペプチド: single-domain antibody

-
超分子 #1: The complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a sin...

超分子名称: The complex formed by SARS-CoV2 BA.1 spike glycoprotein and a single-domain antibody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #2: Spike glycoprotein of SARS-CoV2 BA.1

超分子名称: Spike glycoprotein of SARS-CoV2 BA.1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #3: single-domain antibody

超分子名称: single-domain antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: single-domain antibody

分子名称: single-domain antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.8967 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PSVLCLPPKP KDTLMISRTP EVTCVVSDYN PHHIYKFKWY VDGVEVHNAQ TKPREEYDYL NARVVDKLTV LHQDWLNGKE YKCKVSASD EYYYDSRGYY RGASDIWGPI ECTISKAKGQ AGHHHHHHGD YKDDDDKG

-
分子 #2: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 138.088172 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFASI EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT FEYVSQPFLM D LEGKQGNF ...文字列:
QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFASI EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT FEYVSQPFLM D LEGKQGNF KNLREFVFKN IDGYFKIYSK HTPIIVREPE DLPQGFSALE PLVDLPIGIN ITRFQTLLAL HRSYLTPGDS SS GWTAGAA AYYVGYLQPR TFLLKYNENG TITDAVDCAL DPLSETKCTL KSFTVEKGIY QTSNFRVQPT ESIVRFPNIT NLC PFDEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNLA PFFTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTG NIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNKL DSKVSGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGNKPCN GVAGFNCYFP LRSYS FRPT YGVGHQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLKGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAV RDP QTLEILDITP CSFGGVSVIT PGTNTSNQVA VLYQGVNCTE VPVAIHADQL TPTWRVYSTG SNVFQTRAGC LIGAEYV NN SYECDIPIGA GICASYQTQT KSRSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTISV TTEILPVSMT KTSVDCTM Y ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLKRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKYFGGFN FSQILPDPSK PSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFKGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GPALQIPFPM QMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNHNAQAL NTLVKQLSSK FGAISSVLND I LSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RVDFCGKGYH LMSFPQSAPH GV VFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNTFVSGNCD VVIGIVNNTV YDP LQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDLQELGKY EQGSGYIPEA PRDG QAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGGGGGSG GGGSHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 204934
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る