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- EMDB-64556: Cryo-EM structure of human V1aR bound with balovaptan at a resolu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64556
タイトルCryo-EM structure of human V1aR bound with balovaptan at a resolution of 3.0 angstrom
マップデータEM_map
試料
  • 複合体: V1aR_dimer
    • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V1a receptor
  • リガンド: Balovaptan
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGPCR / small molecule / antagonist / nanobody / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective AVP does not bind AVPR1A,B and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / V1A vasopressin receptor binding / cellular response to water deprivation / maternal aggressive behavior / negative regulation of transmission of nerve impulse / negative regulation of female receptivity / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / sperm ejaculation ...Defective AVP does not bind AVPR1A,B and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / V1A vasopressin receptor binding / cellular response to water deprivation / maternal aggressive behavior / negative regulation of transmission of nerve impulse / negative regulation of female receptivity / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / sperm ejaculation / myotube differentiation / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / telencephalon development / grooming behavior / maternal behavior / blood circulation / positive regulation of glutamate secretion / response to corticosterone / positive regulation of systemic arterial blood pressure / peptide hormone binding / positive regulation of vasoconstriction / endocytic vesicle / social behavior / positive regulation of heart rate / transport across blood-brain barrier / cellular response to hormone stimulus / : / protein kinase C binding / generation of precursor metabolites and energy / calcium-mediated signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V1A receptor / Vasopressin V1 receptor, C-terminal / Vasopressin V1 receptor, C-terminal / DUF1856 / Vasopressin receptor / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Vasopressin V1a receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wu XW / Zhong PY / Chu BX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)32471303 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Molecular basis of antagonism of the dimeric human arginine vasopressin receptor 1A.
著者: Peiyu Zhong / Bingxin Chu / Zijing Yu / Yu Qiao / Yu Ding / Yongdeng Zhang / Xudong Wu /
要旨: Arginine vasopressin (AVP) and oxytocin (OT) are peptide hormones critical for various physiological processes. Vasopressin receptor 1 A (V1aR), a primary AVP target, is promising for central ...Arginine vasopressin (AVP) and oxytocin (OT) are peptide hormones critical for various physiological processes. Vasopressin receptor 1 A (V1aR), a primary AVP target, is promising for central nervous system (CNS) disorders therapies, yet the mechanisms of antagonism and oligomerization remain poorly understood. Here, we present structures of human V1aR in its apo state and in complexes with antagonists: atosiban, balovaptan, and SRX246. Structural analyses reveal a dimeric V1aR assembly, validated by functional assays and imaging in cells. The apo structure shows a flat extracellular loop 2 (ECL2) with unpaired cysteines, undergoing significant conformational changes upon ligand binding. Antagonist-bound structures, combined with mutagenesis and radioligand binding assays, uncover distinct binding modes and key determinants for antagonism and selectivity. These findings provide a comprehensive understanding of V1aR assembly and dynamic regulation, offering valuable insights for structure-guided development of new antagonists targeting dimeric V1aR for CNS disorders.
履歴
登録2025年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM_map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 330 pix.
= 303.6 Å		0.92 Å/pix.
x 330 pix.
= 303.6 Å		0.92 Å/pix.
x 330 pix.
= 303.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.8917754 - 1.4121943
平均 (標準偏差)-0.00008650675 (±0.018503303)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 303.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_64556_half_map_1.map
注釈Half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_64556_half_map_2.map
注釈Half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : V1aR_dimer

全体名称: V1aR_dimer
要素
  • 複合体: V1aR_dimer
    • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V1a receptor
  • リガンド: Balovaptan
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: V1aR_dimer

超分子名称: V1aR_dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Vasopressin V1a receptor

分子名称: Vasopressin V1a receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.69509 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EALGEGNGPP RDVRNEELAK LEIAVLAVTF AVAVLGNSSV LLALHRTPRK TSRMHLFIRH LSLADLAVAF FQVLPQMCWD ITYRFRGPD WLCRVVKHLQ VFGMFASAYM LVVMTADRYI AVCHPLKTLQ QPARRSRLMI AAAWVLSFVL STPQYFVFSM I EVNNVTKA ...文字列:
EALGEGNGPP RDVRNEELAK LEIAVLAVTF AVAVLGNSSV LLALHRTPRK TSRMHLFIRH LSLADLAVAF FQVLPQMCWD ITYRFRGPD WLCRVVKHLQ VFGMFASAYM LVVMTADRYI AVCHPLKTLQ QPARRSRLMI AAAWVLSFVL STPQYFVFSM I EVNNVTKA RDCWATFIQP WGSRAYVTWM TGGIFVAPVV ILGTCYGFIC YNIWCNVRGK TASRQSKGAE QAGVAFQKGF LL APCVSSV KSISRAKIRT VKMTFVIVTA YIVCWAPFFI IQMWSVWDPM SVWTESENPT ITITALLGSL NCCCKPWIYM FFS GHLLQD CVQSFPCCQN MKEKFNKEDT DSMSRRQTFY SNNRSPTNST GMWKDSPKSS KSIKFIPVST

UniProtKB: Vasopressin V1a receptor

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分子 #2: Balovaptan

分子名称: Balovaptan / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: A1EB7
分子量理論値: 409.912 Da

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 196075
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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