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- EMDB-64511: binary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1 (PPK1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64511
タイトルbinary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1 (PPK1)
マップデータ
試料
  • 複合体: binary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Polyphosphate kinase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードCryo-EM / wild type PPK1 / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


polyphosphate kinase complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / polyphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyphosphate kinase / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase middle domain superfamily / Polyphosphate kinase N-terminal domain superfamily / Polyphosphate kinase, C-terminal domain 1 / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 ...Polyphosphate kinase / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase middle domain superfamily / Polyphosphate kinase N-terminal domain superfamily / Polyphosphate kinase, C-terminal domain 1 / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase C-terminal domain 1 / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Citrobacter freundii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Jiang WJ / Zhao J / Wei W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into PPK1 Catalyzed Triple Phosphoryl Transfer Underlying Polyphosphate Biosynthesis
著者: Jiang WJ / Zhao J / Wei W
履歴
登録2025年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月4日-
マップ公開2026年3月4日-
更新2026年3月4日-
現状2026年3月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 327.6 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 327.6 Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 327.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.819 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.161
最小 - 最大-0.5162446 - 0.980053
平均 (標準偏差)0.0009484273 (±0.026346141)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 327.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_64511_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_64511_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64511_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : binary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1

全体名称: binary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1
要素
  • 複合体: binary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Polyphosphate kinase
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: binary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1

超分子名称: binary complex of ATP-bound polyphosphate kinase 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Polyphosphate kinase

分子名称: Polyphosphate kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP-polyphosphate phosphotransferase
由来(天然)生物種: Citrobacter freundii (バクテリア)
分子量理論値: 80.015742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KLYIEKELSW LAFNERVLQE AADKSNPLIE RMRFLGIYSN NLDEFYKVRF AELKRRIIIS EEQGSNSHSR HLLGKIQARV LKADQEFDG LYNELLLEMA RNQIFLINER QLSANQQSWL RHYFKQYLRQ HITPILINRE TDLVQFLKDD YTYLAVEIIR G DTIRYALL ...文字列:
KLYIEKELSW LAFNERVLQE AADKSNPLIE RMRFLGIYSN NLDEFYKVRF AELKRRIIIS EEQGSNSHSR HLLGKIQARV LKADQEFDG LYNELLLEMA RNQIFLINER QLSANQQSWL RHYFKQYLRQ HITPILINRE TDLVQFLKDD YTYLAVEIIR G DTIRYALL EIPSDKVPRF VNLPPETPRR RKPMILLDNI LRYCLDDIFK GFFDYDALNA YSMKMTRDAE YDLVHEMESS LM ELMSSSL KQRLTAEPVR FVYQRDMPNA LVEVLREKLT ISRYDSIVPG GRYHNFKDFI NFPNVGKANL VNKPLPRLRH IWF DNEKFR NGFDAIRERD VLLYYPYHTF EHVLELLRQA SFDPSVLAIK INIYRVAKDS RIIDAMIHAA HNSKKVTVVV ELQA RFDEE ANIHWAKRLT EAGVHVIFSA PGLKIHAKLF LISRKEGDEV VRYAHIGTGN FNEKTARLYT DYSLLTADSR ITNEV RRVF NFIENPYRPV TFDYLLVSPQ NSRRLLYAMI DKEIANAQQG QPSGITLKLN NLVDKGLVDR LYAASSSGVP VNLLIR GMC SLIPNLEGIS DNIRVISIVD RYLEHDRVYI FENGGDKQVY LSSADWMTRN IDYRIEVATP LLDPRLKQRV LDIIDIL FS DTVKARFIDK ELSNRYVPRG NRRKVQSQLA IYDYIKSLEQ P

UniProtKB: Polyphosphate kinase

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: From Ab-initio reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55294
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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