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- EMDB-64488: The VFT domains of human sweet taste receptor TAS1R2 and TAS1R3 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64488
タイトルThe VFT domains of human sweet taste receptor TAS1R2 and TAS1R3 in the sucralose-bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 1 member 2,Taste receptor type 1 member 2,Engineered red fluorescent protein mScarlet3
    • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 1 member 3,mNeonGreen
キーワードGPCR / Taste receptor / Tas1R2 / Tas1R3 / Sucralose / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sweet taste receptor complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sweet taste / sweet taste receptor activity / taste receptor activity / sensory perception of umami taste / sensory perception of sweet taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / positive regulation of cytokinesis / bioluminescence / G protein-coupled receptor activity ...sweet taste receptor complex / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sweet taste / sweet taste receptor activity / taste receptor activity / sensory perception of umami taste / sensory perception of sweet taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / positive regulation of cytokinesis / bioluminescence / G protein-coupled receptor activity / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G alpha (i) signalling events / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR ...GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
mNeonGreen / Taste receptor type 1 member 3 / Taste receptor type 1 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Discosoma sp. (イソギンチャク) / Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Shi ZJ / Xu WX / Yue XL / Wu LJ / Hua T / Liu ZJ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structural and functional characterization of human sweet taste receptor.
著者: Zongjun Shi / Weixiu Xu / Lijie Wu / Xiaolei Yue / Shenhui Liu / Wei Ding / Jinyi Zhang / Bing Meng / Lianghao Zhao / Xiaoyan Liu / Junlin Liu / Zhi-Jie Liu / Tian Hua /
要旨: Sweet taste perception influences dietary choices and metabolic health. The human sweet taste receptor, a class C G protein-coupled receptor (GPCR) heterodimer composed of TAS1R2-TAS1R3, senses a ...Sweet taste perception influences dietary choices and metabolic health. The human sweet taste receptor, a class C G protein-coupled receptor (GPCR) heterodimer composed of TAS1R2-TAS1R3, senses a wide range of sweet compounds - including natural sugars, artificial sweeteners and sweet proteins - impacting metabolic regulation beyond taste. However, the lack of three-dimensional structures hinders our understanding of its precise working mechanism. Here, we present cryo-EM structures of the full-length human sweet taste receptor in apo- and sucralose-bound states. These structures reveal a distinct asymmetric heterodimer architecture, with sucralose binding exclusively to the Venus flytrap domain of TAS1R2. Combining mutagenesis and molecular dynamics simulations, this work delineates the sweeteners recognition modes in TAS1R2. Structural comparisons further uncover the conformational changes upon ligand binding and unique activation mechanism. These findings illuminate the signal transduction mechanisms of chemosensory receptors in class C GPCRs and provide molecular basis for new-generation sweetener design.
履歴
登録2025年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64488.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 372.736 Å		1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 372.736 Å		1.46 Å/pix.
x 256 pix.
= 372.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.456 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0017249085 - 2.2312074
平均 (標準偏差)0.000331104 (±0.013943952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 372.736 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64488_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64488_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : heterodimer

全体名称: heterodimer
要素
  • 複合体: heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 1 member 2,Taste receptor type 1 member 2,Engineered red fluorescent protein mScarlet3
    • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 1 member 3,mNeonGreen

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超分子 #1: heterodimer

超分子名称: heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Taste receptor type 1 member 2,Taste receptor type 1 member 2,Eng...

分子名称: Taste receptor type 1 member 2,Taste receptor type 1 member 2,Engineered red fluorescent protein mScarlet3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Engineered red fluorescent protein mScarlet3: PMID: 27869816 and PDB ID: 7ZCT
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Discosoma sp. (イソギンチャク)
分子量理論値: 122.191227 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAGSDY KDDDDKGSAD FYLPGDYLLG GLFSLHANMK GIVHLNFLQV PMCKEYEVKV IGYNLMQAMR FAVEEINND SSLLPGVLLG YEIVDVCYIS NNVQPVLYFL AHEDNLLPIQ EDYSNYISRV VAVIGPDNSE SVMTVANFLS L FLLPQITY ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAGSDY KDDDDKGSAD FYLPGDYLLG GLFSLHANMK GIVHLNFLQV PMCKEYEVKV IGYNLMQAMR FAVEEINND SSLLPGVLLG YEIVDVCYIS NNVQPVLYFL AHEDNLLPIQ EDYSNYISRV VAVIGPDNSE SVMTVANFLS L FLLPQITY SAISDELRDK VRFPALLRTT PSADHHIEAM VQLMLHFRWN WIIVLVSSDT YGRDNGQLLG ERVARRDICI AF QETLPTL QPNQNMTSEE RQRLVTIVDK LQQSTARVVV VFSPDLTLYH FFNEVLRQNF TGAVWIASES WAIDPVLHNL TEL RHLGTF LGITIQSVPI PGFSEFREWG PQAGPPPLSR TSQSYTCNQE CDNCLNATLS FNTILRLSGE RVVYSVYSAV YAVA HALHS LLGCDKSTCT KRVVYPWQLL EEIWKVNFTL LDHQIFFDPQ GDVALHLEIV QWQWDRSQNP FQSVASYYPL QRQLK NIQD ISWHTINNTI PMSMCSKRCQ SGQKKKPVGI HVCCFECIDC LPGTFLNHTE DEYECQACPN NEWSYQSETS CFKRQL VFL EWHEAPTIAV ALLAALGFLS TLAILVIFWR HFQTPIVRSA GGPMCFLMLT LLLVAYMVVP VYVGPPKVST CLCRQAL FP LCFTICISCI AVRSFQIVCA FKMASRFPRA YSYWVRYQGP YVSMAFITVL KMVIVVIGML ATGLSPTTRT DPDDPKIT I VSCNPNYRNS LLFNTSLDLL LSVVGFSFAY MGKELPTNYN EAKFITLSMT FYFTSSVSLC TFMSAYSGVL VTIVDLLVT VLNLLAISLG YFGPKCYMIL FYPERNTPAY FNSMIQGYTM RRDGSSGLEV LFQGPSGGDS TEAVIKEFMR FKVHMEGSMN GHEFEIEGE GEGRPYEGTQ TAKLRVTKGG PLPFSWDILS PQFMYGSRAF TKHPADIPDY WKQSFPEGFK WERVMNFEDG G AVSVAQDT SLEDGTLIYK VKLRGTNFPP DGPVMQKKTM GWEASTERLY PEDVVLKGDI KMALRLKDGG RYLADFKTTY RA KKPVQMP GAFNIDRKLD ITSHNEDYTV VEQYERSVAR H

UniProtKB: Taste receptor type 1 member 2

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分子 #2: Taste receptor type 1 member 3,mNeonGreen

分子名称: Taste receptor type 1 member 3,mNeonGreen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Branchiostoma lanceolatum (無脊椎動物)
分子量理論値: 124.906602 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAGSDY KDDDDKGSAP LCLSQQLRMK GDYVLGGLFP LGEAEEAGLR SRTRPSSPVC TRFSSNGLLW ALAMKMAVE EINNKSDLLP GLRLGYDLFD TCSEPVVAMK PSLMFLAKAG SRDIAAYCNY TQYQPRVLAV IGPHSSELAM V TGKFFSFF ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAGSDY KDDDDKGSAP LCLSQQLRMK GDYVLGGLFP LGEAEEAGLR SRTRPSSPVC TRFSSNGLLW ALAMKMAVE EINNKSDLLP GLRLGYDLFD TCSEPVVAMK PSLMFLAKAG SRDIAAYCNY TQYQPRVLAV IGPHSSELAM V TGKFFSFF LMPQVSYGAS MELLSARETF PSFFRTVPSD RVQLTAAAEL LQEFGWNWVA ALGSDDEYGR QGLSIFSALA AA RGICIAH EGLVPLPRAD DSRLGKVQDV LHQVNQSSVQ VVLLFASVHA AHALFNYSIS SRLSPKVWVA SEAWLTSDLV MGL PGMAQM GTVLGFLQRG AQLHEFPQYV KTHLALATDP AFCSALGERE QGLEEDVVGQ RCPQCDCITL QNVSAGLNHH QTFS VYAAV YSVAQALHNT LQCNASGCPA QDPVKPWQLL ENMYNLTFHV GGLPLRFDSS GNVDMEYDLK LWVWQGSVPR LHDVG RFNG SLRTERLKIR WHTSDNQKPV SRCSRQCQEG QVRRVKGFHS CCYDCVDCEA GSYRQNPDDI ACTFCGQDEW SPERST RCF RRRSRFLAWG EPAVLLLLLL LSLALGLVLA ALGLFVHHRD SPLVQASGGP LACFGLVCLG LVCLSVLLFP GQPSPAR CL AQQPLSHLPL TGCLSTLFLQ AAEIFVESEL PLSWADRLSG CLRGPWAWLV VLLAMLVEVA LCTWYLVAFP PEVVTDWH M LPTEALVHCR TRSWVSFGLA HATNATLAFL CFLGTFLVRS QPGCYNRARG LTFAMLAYFI TWVSFVPLLA NVQVVLRPA VQMGALLLCV LGILAAFHLP RCYLLMRQPG LNTPEFFLGG GPGDAQGQND GNTGNQGKHE GSSGLEVLFQ GPSGGVSKGE EDNMASLPA THELHIFGSI NGVDFDMVGQ GTGNPNDGYE ELNLKSTKGD LQFSPWILVP HIGYGFHQYL PYPDGMSPFQ A AMVDGSGY QVHRTMQFED GASLTVNYRY TYEGSHIKGE AQVKGTGFPA DGPVMTNSLT AADWCRSKKT YPNDKTIIST FK WSYTTGN GKRYRSTART TYTFAKPMAA NYLKNQPMYV FRKTELKHSK TELNFKEWQK AFTDVMGMDE LYKGSENLYF QSS GHHHHH HHHH

UniProtKB: Taste receptor type 1 member 3, mNeonGreen

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84470
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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